2000 年度実績報告書

ゲノム統合データベースからの知識発見

研究課題

研究課題/領域番号	12208003
研究種目	特定領域研究(C)
研究機関	東京大学
研究代表者	森下真一東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (90292854)
研究分担者	松田秀雄大阪大学, 大学院・基礎工学研究科情報数理系専攻, 助教授 (50183950) 阿久津達也東京大学, 医科学研究所, 助教授 (90261859)
キーワード	ゲノム / データマイニング / アルゴリズム / データベース
研究概要	研究代表者の森下らは「ゲノムデータベースからの知識発見」をサブテーマに、250万個のヒトESTをヒトゲノム配列上に約1日でexon-intron分解しつつ写像する高精度のソフトウェア技術Squallを確立し、WWWから公開した。 Gene Resource Locator Project http://grl.gi.k.u-tokyo.ac.jp/また森下らは1万3000個のヒト遺伝子の30臓器での発現量(BodyMap iAFLP法)をクラスタリングし、遺伝子ランキング機能を公開している。 BodyMap Project http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/さらに森下らはQTL情報を従来より格段のスピードで解析するソフト技術AprioriSMPを開発した。研究分担者の阿久津らは「発現情報からの遺伝子ネットワークの推定」をサブテーマに、遺伝子の発現情報から腫瘍などの細胞の分類を行うことを目標として、数千の遺伝子の中から分類に有用な数十程度の遺伝子群を発現情報に基づき選択するアルゴリズムを開発した。研究分担者の松田らは「配列情報からの遺伝子クラスタリング」をサブテーマに、遺伝子配列(アミノ酸配列)相互の類似度を基に遺伝子の集合をクラスタリングする手法を使って、配列中のモチーフを検出する方法を開発した。また、酵素のEC番号の類似性を基に代謝反応パスウェイの中で類似した反応経路のアラインメントを行った。

研究成果
(7件)

すべてその他

すべて文献書誌 (7件)

[文献書誌] Shinichi Morishita and Jun Sese: "Traversing Itemset Lattices with Statistical Metric Pruning"Proc. of ACM SIGACT-SIGMOD-SIGART Symp. on Database Systems (PODS). 226-236 (2000)
[文献書誌] Sese,J.,Nikaidou,H.,Kawamoto,S.,Minesaki,Y.,Morishita,S.,and Okubo,K.: "BodyMap Incorporated PCR-based Expression Profiling Data and a Gene Ranking System"Nucleic Acids Res.. Vol.29. 156-158 (2001)
[文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.,Kuhara,S.: "Inferring qualitative relations in genetic networks"Bioinformatics. Vol.16. 727-734 (2000)
[文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.,Kuhara,S.: "Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function"Journal of Computational Biology. Vol.7. 331-343 (2000)
[文献書誌] Matsuda,M: "Detection of conserved domains in protein sequences using a maximum-density subgraph algorithms"IEICE Trans. Fundamentals. E83A. 713-721 (2000)
[文献書誌] Tohsato,Y.,Matsuda,H.and Hashimoto A.: "A multiple alignment algorithm for metabolic pathway analysis using enzyme hierarchy"Proc. of International Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). 376-383 (2000)
[文献書誌] 森下真一,宮野悟編: "bit別冊「発見科学とデータマイニング」"共立出版. 320 (2000)

2000 年度 実績報告書

ゲノム統合データベースからの知識発見

研究代表者

森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (90292854)

研究成果

[文献書誌] Shinichi Morishita and Jun Sese: "Traversing Itemset Lattices with Statistical Metric Pruning"Proc. of ACM SIGACT-SIGMOD-SIGART Symp. on Database Systems (PODS). 226-236 (2000)

[文献書誌] Sese,J.,Nikaidou,H.,Kawamoto,S.,Minesaki,Y.,Morishita,S.,and Okubo,K.: "BodyMap Incorporated PCR-based Expression Profiling Data and a Gene Ranking System"Nucleic Acids Res.. Vol.29. 156-158 (2001)

[文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.,Kuhara,S.: "Inferring qualitative relations in genetic networks"Bioinformatics. Vol.16. 727-734 (2000)

[文献書誌] Akutsu,T.,Miyano,S.,Kuhara,S.: "Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function"Journal of Computational Biology. Vol.7. 331-343 (2000)

[文献書誌] Matsuda,M: "Detection of conserved domains in protein sequences using a maximum-density subgraph algorithms"IEICE Trans. Fundamentals. E83A. 713-721 (2000)

[文献書誌] Tohsato,Y.,Matsuda,H.and Hashimoto A.: "A multiple alignment algorithm for metabolic pathway analysis using enzyme hierarchy"Proc. of International Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). 376-383 (2000)

[文献書誌] 森下真一,宮野悟 編: "bit別冊「発見科学とデータマイニング」"共立出版. 320 (2000)

2000 年度実績報告書

森下真一東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (90292854)

[文献書誌] 森下真一,宮野悟編: "bit別冊「発見科学とデータマイニング」"共立出版. 320 (2000)