ゲノム統合データベースからの知識発見

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12208003
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (90292854)
• 研究分担者: 土井 晃一郎 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 科学技術振興特任教員 (10345126) ; 後藤 修 産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 主任研究員 (40142111)
• キーワード: ゲノム情報 / バイオインフォマティクス / アルゴリズム / データマイニング

研究概要

1)成果の内容
A)約400万個のESTをヒトゲノムドラフト配列に1日以内に写像する技術を確立
B)写像したESTを分類し、選択的スプライシングの代表配列を同定し、これら大量の情報を表示する方式の研究と、開発ソフトウエアの公開
C)非数値データでかつ未定義値の多いデータに対しても高精度の予測ができる近接点探索型のクラス分類法の確立と遺伝子機能予測への応用
D)全ゲノム配列が解読された4生物種につき、それぞれ1〜4万のイントロン挿入部位を同定し、種に固有な境界シグナルの導出
E)発現データに基づく細胞の自動分類のために、相対エントロピー最大化に基づいたアルゴリズムを開発
2)国内外での研究の位置づけ
A)写像する技術は、速度および精度ともに世界をリード
B)遺伝子ブラウザーは動的なコンテンツ表示をWWWを通じて可能にし、高頻度のアクセス
C)ACM SIGKDD主催のKDD Cupで遺伝子細胞内局在化部位予測部門で第1位
D)先行する同様のプログラム(GeneWise)と比較して、「ヒト化aln」は明らかに優れた予測精度を示した。現時点では世界最高峰の性能
E)数値列データに対するGIBBSサンプリングおよび位置依存スコア行列の推定は、国内外に類似研究の無い独創的な研究成果

研究成果

• [文献書誌] Jun Ogasawara, Shinichi Morishita: "Fast and Sensitive Algorithm for Aligning ESTs to Human Genome"Proc. of First IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 43-53 (2002)
• [文献書誌] Jun Sese, Shinichi Morishita: "Answering the Most Correlated N Association Rules Efficiently"Proc. of 6th European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD'02). 410-422 (2002)
• [文献書誌] Jie Cheng, Christos Hatzis, Hisashi Hayashi, Mark-A.Krogel, Shinichi Morishita, David Page, Jun Sese: "KDD Cup 2001 Report"ACM SIGKDD Explorations. 3,2. 47-64 (2002)
• [文献書誌] Toshihiko Honkura, Jun Ogasawara, Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita: "The Gene Resource Locator : gene locus maps for transcriptome analysis"Nucleic Acids Research. 30,1. 221-225 (2002)
• [文献書誌] Hashimoto SI, Nagai S, Sese J, Suzuki T, Obata A, Sato T, Toyoda N, Dong HY, Kurachi M, Nagahata T, Shizuno KI, Morishita S, Matsushima K.: "Gene expression profile in human leukocytes"Blood. (印刷中). (2003)
• [文献書誌] Gotoh, O: "Bioinformatics analysis of genes and proteins of cytochrome P450 superfamily"Proc. of International Conference on Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine. 61 (2002)