ゲノム統合データベースからの知識発見

2004 年度 研究成果報告書概要

• 研究課題/領域番号: 12208003
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 森下 真一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
• 研究分担者: 後藤 修 京都大学, 大学院・情報学研究科, 教授 (40142111) ; 土井 晃一郎 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 科学技術振興特任教員 (10345126) ; 瀬々 潤 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 科学技術振興特任教員 (40361539)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2004
• キーワード: バイオインフォマティクス / ゲノム解読 / siRNA / 転写開始点 / 比較ゲノム / 表現型 / フェノーム / 顕微鏡画像解析

研究概要

ゲノム配列の決定により,遺伝子配列に関する知識はより完備な状態に近づくと考えられる。われわれは,平成12年度より一貫して,大規模なゲノムデータを高速に解析し,知識発見を促すようなソフトウエアについて研究した。主な成果を以下に示す。
・高感度ゲノミックPCRプライマ設計技術の開発とチンパンジーY染色体の解析
・ヒト/マウス遺伝子阻害のためのsiRNA配列設計ソフトウエアの研究開発と公開
・5'SAGE解析ソフトウエアの研究開発と公開
・ゲノム配列を解読するWhole Genome Shotgun Assemblerの研究開発
・メダカゲノム概要配列決定
・5'SAGE法を使った遺伝子推定アルゴリズムの研究
・比較ゲノムのための高速アラインメントソフトウエアの研究開発と公開
・脊椎動物ゲノム進化の全体像の解明
・新規繰返し配列を推定するソフトウエアの研究開発
・ゲノム配列をアノテーションするためのゲノムブラウザーの研究開発と公開
・遺伝子発現量等のデータから機能予測するデータマイニング技術の研究開発
・蛋白質コード領域予測技術の研究
・ショウジョウバエの翅脈解析ソフトウエアの研究

研究成果

• [雑誌論文] Accelerated off-target search algorithm for siRNA (2005)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(8) ページ: 1316-1324
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 5'SAGE : 5'-end Serial Analysis of Gene Expression database (2005)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiko Kasai, Shin-ichi Hashimoto, Tomoyuki Yamada, Jun Sese, Sumio Sugano, Kouji Matsushima, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. Database Issue 33 ページ: D550-D552
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Accelerated off-target search algorithm for siRNA. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki.Yamada, Shinichi Morishita.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(8) ページ: 1316-1324
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 5'SAGE : 5'-end Serial Analysis of Gene Expression database. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiko Kasai.Shin-ichi Hashimoto, Tomoyuki Yamada, Jun Sese, Sumio Sugano, Kouji Matsushima, Shinichi Morishita.
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. Database Issue 33 ページ: D550-D552
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Constrained Clusters of Gene Expression Profiles with Pathological Features (2004)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Yukinori Kurokawa, Morito Monden, Kikuya Kato, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 3137-3145
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 5' -end SAGE for the analysis of transcriptional start sites (2004)
  • 著者名/発表者名: Shin-ichi Hashimoto, Yutaka Suzuki, Yasuhiro Kasai, Kei Morohoshi, Tomoyuki Yamada, Jun Sese, Shinichi Morishita, Sumio Sugano, Kouji Matsushima
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 22 ページ: 1146-1149
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] siDirect : highly effective, target-specific siRNA design software for mammalian RNA interference (2004)
  • 著者名/発表者名: Yuki Naito, Tomoyuki Yamada, Kumiko Ui-Tei, Shinichi Morishita, Kaoru Saigo
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res 32 ページ: W124-W129
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Computing Highly Specific and Noise Tolerant Oligomers Efficiently (2004)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 2 ページ: 21-46
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The Genome Sequence of Silkworm, Bombyx mori (2004)
  • 著者名/発表者名: Kazuei Mita, Masahiro Kasahara, Shin Sasaki, Yukinobu Nagayasu, Tomoyuki Yamada, Hiroyuki Kanamori, Nobukazu Namiki, Masanari Kitagawa, Hidetoshi Yamashita, Yuji Yasukochi, Keiko Kadono-Okuda, KimikoYamamoto, Masahiro Ajimura, Gopalapillai Ravikumar, Michihiko Shimomura, Yoshiaki Nagamura, Tadasu Shin-i, Hiroaki Abe, Toru Shimada, Shinichi Morishita, Takuji Sasaki
  • 雑誌名: DNA RESEARCH 11 ページ: 27-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Constrained Clusters of Gene Expression Profiles with Pathological Features (2004)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Yukinori Kurokawa, Morito Monden, Kikuya Kato, Shinichi Morishita.
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 3137-3145
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 5'-end SAGE for the analysis of transcriptional start sites. (2004)
  • 著者名/発表者名: Shin-ichi Hashimoto, Yutaka Suzuki, Yasuhiro Kasai, Kei Morohoshi, Tomoyuki Yamada, Jun Sese, Shinichi Morishita, Sumio Sugano, Kouji Matsushima.
  • 雑誌名: Nature Biotechnology. 22 ページ: 1146-1149
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] siDirect : highly effective, target-specific siRNA design software for mammalian RNA interference. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yuki Naito, Tomoyuki Yamada, Kumiko Ui-Tei, Shinichi Morishita, Kaoru Saigo
  • 雑誌名: Nucl.Acids Res. 32 ページ: W124-129
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Computing Highly Specific and Noise Tolerant Oligomers Efficiently (2004)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita.
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol.2, No.1 ページ: 21-46
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Genome Sequence of Silkworm (2004)
  • 著者名/発表者名: Kazuei Mita, Masahiro Kasahara, Shin Sasaki, Yukinobu Nagayasu, Tomoyuki Yamada, Hiroyuki Kanamori, Nobukazu Namiki, Masanari Kitagawa, Hidetoshi Yamashita, Yuji Yasukochi, Keiko Kadono-Okuda, Kimiko Yamamoto, Masahiro Ajimura, Gopalapillai Ravikumar, Michihiko Shimomura, Yoshiaki Nagamura, Tadasu Shin-i, Hiroaki Abe, Toru Shimada, Shinichi Morishita, Takuji Sasaki.
  • 雑誌名: Bombyx mori. DNA RESEARCH Vol.11, No.1 ページ: 27-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Fast and Sensitive Algorithm for Aligning ESTs to Human Genome (2003)
  • 著者名/発表者名: Jun Ogasawara, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 1 ページ: 363-386
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Computing Highly Specific and Mismatch Tolerant Oligomers Efficiently (2003)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Proc. of Second IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2003) ページ: 316-325
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Body Expression Map of the Human Genome (2003)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita, Asao Fujiyama
  • 雑誌名: Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine 2 ページ: 75-85
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Minimum Recombiant Haplotype Configuration on Tree Pedigrees (2003)
  • 著者名/発表者名: Koichiro Doi, Jing Li, Tao Jiang
  • 雑誌名: WABI 2003 ページ: 339-353
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Fast and Sensitive Algorithm for Aligning ESTs to Human Genome (2003)
  • 著者名/発表者名: Jun Ogasawara, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol.1, No.2 ページ: 363-386
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Computing Highly Specific and Mismatch Tolerant Oligomers Efficiently (2003)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Proc. of Second IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2003) (Stanford University)(Palo Alto, CA August) 11・14 ページ: 316-325
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Body Expression Map of the Human Genome, Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine (2003)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita, Asao Fujiyama
  • 雑誌名: 2nd Edition Wiley-Vch ページ: 75-85
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Fast and Sensitive Algorithm for Aligning ESTs to Human Genome (2002)
  • 著者名/発表者名: Jun Ogasawara, Shinichi Morisita
  • 雑誌名: Proc. of First IEEE Computer Society Bioinformatics Conference ページ: 43-53
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Answering the Most Correlated N Association Rules Efficiently (2002)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Proc. of 6th European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD' 02)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] KDD Cup 2001 Report (2002)
  • 著者名/発表者名: Jie Cheng, Christos Hatzis, Hisashi Hayashi, Mark-A. Krogel, Shinichi Morishita, David Page, Jun Sese
  • 雑誌名: ACM SIGKDD Explorations 3 ページ: 47-64
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Computing Optimal Hypotheses Efficiently for Boosting (2002)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Progress in Discovery Science ページ: 471-481
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The Gene Resource Locator : gene locus maps for transcriptome analysis (2002)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Honkura, Jun Ogasawara, Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 30 ページ: 221-225
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Fast and Sensitive Algorithm for Aligning ESTs to Human Genome. (2002)
  • 著者名/発表者名: Jun Ogasawara, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Proc. of First IEEE Computer Society Bioinformatics Conference Stanford University Palo Alto, CA ページ: 43-53
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Answering the Most Correlated N Association Rules Efficiently. (2002)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Proc. of 6thEuropean Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD'02) Helsinki, Finland
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] KDD Cup 2001 Report. (2002)
  • 著者名/発表者名: Jie Cheng, Christos Hatzis, Hisashi Hayashi, Mark-A. Krogel, Shinichi Morishita, David Page, Jun Sese
  • 雑誌名: ACM SIGKDD Explorations Volume 3, Issue 2 ページ: 47-64
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Computing Optimal Hypotheses Efficiently for Boosting. (2002)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Progress in Discovery Science (Springer) 2002 ページ: 471-481
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Gene Resource Locator : genelocus maps for transcriptome analysis. (2002)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Honkura, Jun Ogasawara, Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research, 2002 Vol.30, No.1 ページ: 221-225
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Efficient Construction of Regression Trees with Range and Region Splitting. Machine Learning (2002)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiko Morimoto, Hiromu Ishii, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Kluwer Academic 45 ページ: 235-259
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Efficient Construction of Regression Trees with Range and Region Splitting (2001)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiko Morimoto, Hiromu Ishii, Shinichi Morishita
  • 雑誌名: Machine Learning, Kluwer Academic 45 ページ: 235-259
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] BodyMap incorporated PCR-based expression profiling data and a gene ranking system (2001)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Hitoshi Nikaidou, Shoko Kawamoto, Yuichi Minesaki, Shinichi Morishita, Kousaku Okubo
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 29 ページ: 156-158
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Data Mining with Optimized Two-Dimensional Association Rules. (2001)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Fukuda, Yasuhiko Morimoto, Shinichi Morishita, Takeshi Tokuyama
  • 雑誌名: ACM Transactions on Database Systems (TODS) 26 ページ: 179-213
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] BodyMap incorporated PCR-based expression profiling data and a gene ranking system. (2001)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese, Hitoshi Nikaidou, Shoko Kawamoto, Yuichi Minesaki, Shinichi Morishita, Kousaku Okubo
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 29 ページ: 156-158
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Data Mining with Optimized Two-Dimensional Association Rules. (2001)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Fukuda, Yasuhiko Morimoto, Shinichi Morishita, Takeshi Tokuyama
  • 雑誌名: ACM Transactions on Database Systems (TODS) Volume 26, Issue 2 ページ: 179-213
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より