遺伝子発現プロファイル解析による肝細胞癌診断法の開発

2000 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12217031
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教授 (10202657)
• キーワード: 発現プロファイリング / 肝細胞癌 / クラスタ分析 / 判別遺伝子 / 重み付け場合分け

研究概要

肝細胞癌特異的な発現プロファイルを同定することにより新規の診断アルゴリズムを確立し、また、肝発癌で発現する遺伝子を同定する目的で最大6万個の遺伝子あるいはEST(Expressed Sequence Tag)についてオリゴヌクレオチドアレイを用いて肝細胞癌における遺伝子発現プロファイルの解析をおこなった。2方向クラスタリングによるクラスター解析による癌部、非癌部の分類に加えて、肝癌の分化度による分類、非癌部では正常肝と慢性肝炎、肝硬変にそれぞれ分類することが可能であった。さらに症例数は少ないものの、肝硬変組織についてはB型・C型肝炎ウイルスにより分類することも可能であった。一方、正常、慢性肝炎、肝硬変、早期癌である高分化型肝癌、古典的肝癌である中分化型肝癌、小児肝腫瘍である肝芽腫に特異的な判別遺伝子の選定が可能であり、各グループへの重み付け場合分け解析が可能であった。今後、複数の腫瘍マーカーによる肝癌の診断、オーダーメイド医療、予後判定、肝癌進展のメカニズムの解明が可能であると考えられた。
また、Unigeneデータベースに登録されているESTクローンのクラスターより最も完全長に近いクローンについての塩基配列を決定し、さらにヒトグノム配列からの遺伝子予測データも参照することにより肝細胞癌に特異的に発現が亢進している新規遺伝子を同定した。さらに、遺伝子発現の組織特異性については、GeneChipデータとともにSAGE(Serial Analysis of Gene Expression)データを統合することにより、遺伝子毎に種々の細胞や臓器での発現レベルが一覧できるようなデータベースを構築中である。

研究成果

• [文献書誌] Hippo,Y: "Differential gene expression profiles of scirrhous gastric cancer cells with highly metastatic potential to peritoneum or lymph nodes."Cancer Research. 61(3). 889-895 (2001)
• [文献書誌] Tsutsumi,Shuichi: "Classification of Hepatocellular Carcinoma by Gene Expression Profiling Analysis."Genome Informatics. 11. 240-241 (2000)
• [文献書誌] Ge X: "A Physics-Inspired algorithm for information visualization with application to gene expression analysis."Journal of the School of Engineering. XLVII. 89-103 (2000)
• [文献書誌] Ishii M: "Direct comparison of GeneChip and SAGE on the quantitative accuracy in the transcript profiling analysis."Genomics. 68(2). 136-43 (2000)
• [文献書誌] Minowa O: "Mmh/Ogg1 gene inactivation results in accumulation of 8-hydroxyguanine in mice"Proc Natl Acad Sci U S A.. 97(8). 4156-61 (2000)
• [文献書誌] Asagoshi K: "Distinct repair activities of human 7,8-dihydro-8-oxoguanine DNA glycosylase and formamidopyrimidine DNA glycosylase for formamidopyrimidine and 7,8-dihydro-8-oxoguanine."J Biol Chem. 275(7). 4956-64 (2000)