DNAチップを用いた結核菌の疫学的解析法の開発

2001 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12470105
• 研究機関: 大阪府立公衆衛生研究所
• 研究代表者: 鈴木 定彦 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 主任研究員 (90206540)
• 研究分担者: 田丸 亜貴 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 研究員 (70270767) ; 織田 肇 大阪府立公衆衛生研究所, 労働衛生部, 部長兼副所長 (00132845)
• キーワード: 直位反復配列 / スペーサーオリゴヌクレオチド / IS6110優先挿入領域 / PCR / 分子疫学 / 挿入配列

研究概要

1)拡張型スペーサーオリゴヌクレオチドチップの作製
昨年度作成した直位反復配列(ダイレクトリピート)領域に存在するスペーサー配列43をポリカルポジイミド樹脂でコートしたスライドグラスにスポットしたスペーサーオリゴDNAチップ(SPONC43)を用いて臨床分離結核菌48株についてハイブリダイゼーションを行いスポットの検出を行った。しかしながら独立した感染例においても類似したハイブリダイゼーションスポットパターンを示すものが複数見られた。そこでDNAデータベースをサーチすることにより新たに56種類のスペーサー配列をみいだし、拡張型スペーサーオリゴヌクレオチドチップ(SPONC96)を作成し臨床分離結核菌48株についてハイブリダイゼーションを行いスポットの検出を行った。その結果SPONA43では別けることが不可能であった菌株のうちの一部を型別することが可能となった(結核病学会2001、沖縄にて報告)。しかしながらSPONC96でも型別不可能な菌株が存在していたため、新たに2)の実験を行った。
2)IS6110優先挿入領域(ipl)オリゴヌクレオチドチップの作製
結核菌の染色体上には挿入配列IS6110が優先的に挿入される領域(ipl:約600塩基)がありiplでの挿入位置は菌株ごとに異なっており6種類に分類されることが報告されている。本研究ではIS6110のiplでの挿入位置を特定するためのオリゴヌクレオチドチップのデザインを行いチップの作製を外注した。
3)結核菌株の収集およびDNAの抽出
122検体の結核菌DNAを新たに抽出しストックとした。

研究成果

• [文献書誌] Suzuki Y., Suzuki A., Tamaru A., et al.: "Rapid detection of pyrazinamide resistant Mycobacterium tuberculosis by PCR based in vitro system"J. Clin. Microblol.. 40. 501-507 (2002)
• [文献書誌] Ohtani K, Suzuki Y, Eda S et al.: "The membrane type collectin CL-P1 is a scavenger receptor on vascular endothelial cells"J. Biol. Chem.. 276. 44222-44228 (2001)
• [文献書誌] Yoda T., Terano Y., Suzuki Y.et al.: "Characterization of Norwalk virus GI specific monoclonal antibodies generated against Escherichia coli expressed capsid protein and reactivity of two …"BMC Micobiol.. 1. 24 (2001)
• [文献書誌] Tsuji S, Uehori J, Matsumoto M, Suzuki Y et al.: "Hunan intelectin is a novel soluble lectin that recognizes galactofuranose in carbohydrate chains of bacterial cell-wall"J Biol. Chem.. 276. 23456-23463 (2001)
• [文献書誌] 鈴木定彦, 田丸亜貴, 鈴木文, 勝川千尋: "結核菌の薬剤耐性"感染症. 31. 75-83 (2001)
• [文献書誌] 鈴水定彦, 若宮伸隆: "感染防御とコレクチンファミリー"Annual Review 免疫2002. 217-225 (2001)