DNAチップを用いた結核菌の疫学的解析法の開発

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12470105
• 研究機関: 大阪府立公衆衛生研究所
• 研究代表者: 鈴木 定彦 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 主任研究員 (90206540)
• 研究分担者: 田丸 亜貴 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 研究員 (70270767) ; 織田 肇 大阪府立公衆衛生研究所, 労働衛生部, 部長兼副所長 (00132845)
• キーワード: 結核菌 / 分子疫学 / ipl / DNAジャイレース

研究概要

1)IS6110優先挿入領域(ipl)の塩基配列の解析
昨年度作成した拡張型スペーサーオリゴヌクレオチドチップ(SPONC96)を用いた臨床分離結核菌48株のイブリダイゼーションによる解析ではスポリゴタイピングでは別けることが不可能であった菌株のうちの一部を型別することが可能となった。しかしながらSPONC96でも型別不可能な菌株が存在していた。結核菌の染色体上には挿入配列IS6110が優先的に挿入される領域(ipl:約600塩基)が存在しておりiplでの挿入位置は菌株ごとに異り、6種類に分類されることが報告されている。本年度の研究では125株の臨床分離より抽出したDNAを鋳型としてPCRを行いipl領域を含むDNA断片の増幅後、塩基配列を決定し、相互に比較した。その結果、我が国の臨床分離株ではイギリスのグループの報告とは異なり、多様性に乏しく、一つのipl型で約80%が占められていることが判明した。この領域を利用することで一部の型別を可能にするキャプチャーオリゴヌクレオチドのデザインがは可能であるものと考えられた。
2)DNAジャイレース(gyrA/B)遺伝子の多型の解析
242株の臨床分離より抽出したDNAを鋳型としてPCRを行いgyrA/B遺伝子を含むDNA断片の増幅後、塩基配列を決定し、薬剤耐性に関与しない塩基置換の存在頻度の分析を行なった。161株において284番目の塩基がGからCへと置換していた。キャプチャーオリゴヌクレオチドとして使用可能であるものと考えられた。
3)結核菌株の収集およびDNAの抽出
日本の各地の病院で分離された135検体の結核菌DNAを新たに抽出しストックとした。

研究成果

• [文献書誌] Suzuki Y., Suzuki A., Tamaru A., et al.: "Rapid detection of pyrazinamide resistant Mycobacterium tuberculosis by PCR based in vitro system"J.Clin.Microbiol.. 40. 501-507 (2002)
• [文献書誌] Ahao H., Wakamiya N., Suzuki Y., et al.: "Identification of human monnose binding lectin (MBL) recognition sites for novel inhibitory antibodies"Hybridoma and Hybridomics. 21. 25-36 (2002)
• [文献書誌] Kawai T., Suzuki Y., Yamashita A., et al.: "Isolation of a novel mouse variant of the drs tumor suppressor gene"Cancer Lett.. 183. 79-86 (2002)
• [文献書誌] Kawai T., Suzuki Y., Eda S., et al.: "Molecular cloning of mouse Collectin Liver 1"Biosci.Biotechnol.Biochem.. 66. 2134-2145 (2002)
• [文献書誌] Shimada T., Inoue K., Suzuki Y., et al.: "Arylhydrocarbon receptor-dependent induction of liver and lung cytochromes P450 1A1, 1A2, and 1B1 by polycyclic aromatic....."Carcinogenesis. 23. 1199-1207 (2002)
• [文献書誌] 若宮伸隆, 鈴木定彦: "MBLその機能と生理学的意義"臨床病理中四会誌. 17. 2-12 (2002)