疾患関連SNP検査のための新規DNAアレイ法の開発

2001 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12557237
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 徳永 勝士 東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (40163977)
• 研究分担者: 唐木 幸子 オリンパス工学工業株式会社, 基礎技術研究所, 主任研究員(研究職) ; 北條 浩彦 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (60238722) ; 土屋 尚之 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (60231437) ; 山根 明男 湧永製薬株式会社, 創薬研究所, 副所長(研究職)
• キーワード: 疾患感受性遺伝子 / SNP(単一塩基多型) / DNAマイクロアレイ / HLA遺伝子 / 一分子蛍光検出法

研究概要

代表的なリウマチ性疾患である慢性関節リウマチおよび全身性エリテマトーデス、代表的な炎症性腸疾患のひとつクローン病、また代表的な睡眠疾患であるナルコレプシーを対象として選び、候補遺伝子の変異スクリーニングとcase-control関連分析によって、これらの疾患感受性と関連する単一塩基多型(SNP : single nucleotide polymorphism)を探索している。今年度は新たにFCGR2B遺伝子の膜貫通領域をコードする部分で、アミノ酸を変えるSNPと全身性エリテマトーデスの関連などを新たに報告した。さらに、Blys、NKG2C、CD94、NKp30などの候補遺伝子について多数の新たなSNPを見出した。
これに平行して、信頼性の高いDNAマイクロアレイ技術の確立を目指して、ヒトの遺伝子としては最高度の多型を示すHLA遺伝子群を対象とした、新規SNPタイピングシステムを開発している。今年度は従来のマイクロタイタープレートと同様にハイブリダイゼーション、洗浄操作ができるよう、チャンバー付きのガラスアレイを開発し、また焦点深度の深い測定スキャナーを新たに開発した結果、22種のオリゴヌクレオチドプローブでHLA-DRB1対立遺伝子型を決定することに成功した。従って、この方法はHLA遺伝子検査の簡易化、低コスト化に非常に有用であると考えられた。また配列特異的PCR増幅法と一分子蛍光検出法という新規技術を組み合わせて、低コスト、高信頼性、ハイスループットな実用レベルのSNPタイピングシステムを構築することができた。

研究成果

• [文献書誌] Ohashi J, Yamamoto S, Tsuchiya N, Tokunaga K, et al.: "Comparison of statistical power between 2×2 allele frequency and allele positivity tables in case-control studies of complex diseases genes"Ann.Hum.Gene.. 65・2. 130-135 (2001)
• [文献書誌] Kawasaki A, Tsuchiya N, Fukazawa T, Hashimoto H, Tokunaga K: "Presence of four major haplotypes in human BCMA gene : Lack of association with systemic lupus erythematosus and rheumatoid arthritis"Genes Immun.. 2・5. 276-279 (2001)
• [文献書誌] Tsuchiya N, Kawasaki A, Tsao BP, Komata T, Grossman JM, Tokunaga K: "Analysis of the association of HLA-DRBl, TNFα promoter and TNFR2 (TNFRSF1B) polymorphisms with SLE using transmission disequilibrium test"Genes Immun.. 2・6. 317-322 (2001)
• [文献書誌] Sato M, Yabe T, Ohashi J, Tsuchiya N, Tadokoro K, Tokunaga K, et al.: "Identification of novel single nucleotide substitutions in the NKp30 gene expressed in human natural killer cells"Tissue Antigens. 58・4. 255-258 (2001)
• [文献書誌] Miyamasu M, Sekiya T, Ohta K, Ra C, Tsuchiya N, Tokunaga K, et al.: "Variation in the human CC chemokine eotaxin gene"Genes Immun.. 2・8. 461-463 (2001)
• [文献書誌] Kyogoku C, Dijstelboem M.H, Tsuchiya N, Tokunaga K, et al.: "Association of Fcγ receptor gene polymorphisms in Japanese patients with systemic lupus erythematosus : contribution of FEGR2B to the genetic susceptibility to SLE"Arthritis Rheum.. (in press). (2002)