疾患関連SNP検査のための新規DNAアレイ法の開発

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 12557237
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 徳永 勝士 東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (40163977)
• 研究分担者: 山根 明男 湧永製薬株式会社, 創薬研究所, 副所長(研究職) ; 唐木 幸子 オリンパス光学工業株式会社, 基礎技術研究所, 主任研究員(研究職) ; 土屋 尚之 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (60231437)
• キーワード: 疾患感受性遺伝子 / SNP(単一塩基多型) / DNAマイクロアレイ / DNAマイクロキャピラリーアレイ / 一分子蛍光検出法

研究概要

「疾患関連SMP検査のための新規DNAアレイ法の開発」
代表的なリウマチ性疾患である関節リウマチおよび全身性エリテマトーデス、を対象として選び、候補遺伝子の変異スクリーニングとcase-control関連分析によって、これらの疾患感受性と関連する単一塩基多型(SNP : single nucleotide polymorphism)を探索している。今年度は、LIR1のSNPと関節リウマチとの関連、BlysとBAFF-RのSNPの組み合わせと関節リウマチとの関連を新たに見出した。また、昨年度に開発した、一分子蛍光検出法という新規技術と配列特異的PCR増幅法の組み合わせによるSNPタイピングシステムを実用化して、日常検査に導入した。この方法は500以上の多数検体をタイピングするのに適した、ハイスループットかつ比較的低コストなシステムであることを実証した。さらに、アレイ基盤平面上に微小流路を高密度に設けた新規なマイクロキャピラリーアレイを作成して、疾患関連SNP検査を高速高精度に行うことを試みた。対象遺伝子には、昨年度の研究においてリウマチ性疾患との関連を見出したFCGR2A遺伝子R131/H131多型、FCGR3A遺伝子F176/V176多型を用いた。5末端蛍光標識プライマーを用いて、遺伝子多型部位を含む断片をPCR増幅し、反応後溶液を各対立遺伝子特異的なオリゴプローブを固相化したキャピラリーアレイに注入し、ハイブリダイゼーション、洗浄後、蛍光強度を測定した結果、精度良くSNPタイピングが行えることがわかった。ここで用いたマイクロキャピラリアレイは基盤表面上に多数の反応領域を設定できることから、多検体処理を低コストに行うことが可能である。また微量サンプルによる自動化にも適しており、遺伝子検査が汎用化される将来の医療におけるSNP検査システムの候補として期待できる。

研究成果

• [文献書誌] Kyogoku C., et al.: "Fcγ receptor gene polymorphisms in Japanese patients with systemic lupus erythematosus : Contribution of FEGR2B to genetic susceptibility"Arthritis Rheum. 46・5. 1242-1254 (2002)
• [文献書誌] Ohashi J., Tokunaga K.: "The expected power of genome-wide linkage disequilibrium testing using single nucleotide polymorphism makers for detecting a low-frequency disease variant"Ann. Hum. Genet.. 66. 297-306 (2002)
• [文献書誌] Kuroki K., et al.: "Polymorphisms of human CD19 gene : Possible association with susceptibility to systemic lupus erythematosus in Japanese"Genes Immun.. Supple 1. 21-30 (2002)
• [文献書誌] Kawasaki A., et al.: "Analysis on the association of human BLYS (BAFF, TNFSF13B) polymorphisms with systemic lupus erythematosus and rheumatoid arthritis"Genes Immun.. 3・7. 424-429 (2002)
• [文献書誌] 徳永勝士: "疾患感受性遺伝子の探索法"臨床免疫. 37・5. 601-604 (2002)
• [文献書誌] Tsuchiya N., et al.: "Variations in immune response genes and their associations with multifactorial immune disorders"Immunological Reviews. 190. 169-181 (2002)