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2012 年度 実績報告書

次世代シーケンサーを用いた骨髄異形成症候群の新規標的遺伝子の探索

研究課題

研究課題/領域番号 12J04216
研究機関東京大学

研究代表者

吉田 健一  東京大学, 医学部附属病院, 特別研究員(DC2)

キーワード骨髄異形成症候群 / RNAスプライシング / 遺伝子変異 / 次世代シーケンサー / 全エクソンシーケンス
研究概要

次世代シーケンサーを用いた骨髄異形成症候群(MDS)の全エクソンシーケンスおよびSNP arrayによるコピー数解析については現在60例について解析が終了している。これまでに、我々の研究室ではMDSでは高頻度にU2AF1, SRSF2, SLF3B1, ZRSR2などのRNAスプライシング経路の遺伝子変異がみられることを報告したが(Ybshida et al. Nature 2011)、60例の全エクソンシーケンスでも同様の結果がえられている。また、それ以外にも新たな複数の症例で共通して変異が観察される遺伝子が見つかっており、多数例での変異検索・機能解析を行っている。60例の全エクソンシーケンスの結果から、上記のRNAスプライシング因子やTET2,遺伝子の変異はほとんどの病型のMDSに変異がみられることからMDS発症の初期に起こっていると考えられた。一方、N/KRAS、CBLなどの遺伝子変異はより進行した病型のMDSにみられていたことからMDSの進行に関わっていることが示され、最近これらの遺伝子変異を持つMDS症例は予後不良であることが報告されていることから予後予測に有用である可能性が示唆された。また、MDSにおける標的遺伝子に標的を絞って行ったMultiplexed Barcoded SequencingではやはりRNAスプライシング因子の遺伝子変異が高頻度かつ変異を持つ症例で排他的に変異がみられていて、MDS発症における重要な遺伝子変異であることが示された。また、SF3B1遺伝子はRARSやRCMD-RSといった環状鉄芽球が増加している病型のMDSの約75%と高頻度に変異が見られており、SF3B1遺伝子変異が診断に有用であることが示唆された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

次世代シーケンサーを用いた全エクソンシーケンス、Multiplexed Barcoded Sequencingについてはほぼ当初の計画通りに進行している。また、その成果という点では多くの新規標的遺伝子が同定されてきており、期待された以上の成果が得られている。

今後の研究の推進方策

全エクソンシーケンスで見つかった新規標的遺伝子について、今後は多数例での変異解析、機能解析を行う予定である。また、これまでの成果で骨髄異形成症候群において高頻度にRNAスプライシング因子の変異がみつかっていることから、RNAシーケンスによりMDSにおいてRNAスプライシングの異常がみられているのか検討する。
また、全ゲノムシーケンスにより全エクソンシーケンスでは見つけられないnon-coding領域の解析も行う予定である。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] ACTN1 Mutations Cause Congenital Macrothrombocytopenia2013

    • 著者名/発表者名
      國島伸治、吉田健一
    • 雑誌名

      Am J Hum Genet

      巻: 92 ページ: 431-438

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2013.01.015.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clinical and genetic characteristics of congenital sideroblastic anemia: comparison with myelodysplastic syndrome with ring sideroblast (MDS-RS)2013

    • 著者名/発表者名
      大場理恵、吉田健一
    • 雑誌名

      Ann Hematol

      巻: 92 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1007/s00277-012-1564-5.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detectionfrom cancer genome sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      白石友一、吉田健一
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: ([Epub ahead of print])

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clonal selection in xenografted TAM recapitulates the evolutionary process of myeloid leukemia in Down syndrome.2013

    • 著者名/発表者名
      才田聡、吉田健一
    • 雑誌名

      Blood

      巻: ([Epub ahead of print])

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deep sequencing in cancer research2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 雑誌名

      Jpn J Clin Oncol

      巻: 43 ページ: 110-115

    • DOI

      10.1093/jjcc/hys206.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel splicing-factor mutations in juvenile myelomonocytic leukemia2012

    • 著者名/発表者名
      滝田順子、吉田健一
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 26 ページ: 1879-1881

    • DOI

      10.1038/leu.2012.45.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] SRSF2 mutations in 275 cases with chronic myelomonocytic leukemia (CMML).2012

    • 著者名/発表者名
      Meggendorfer M, Yoshida K
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 120 ページ: 3080-3088

    • DOI

      10.1182/blood-2012-01-404863.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 骨髄異形成症候群におけるIDH1/2遺伝子変異2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 雑誌名

      臨床血液

      巻: 53 ページ: 391-395

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 骨髄異形成症候群の新たな分子メカニズム2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 雑誌名

      日本内科学会雑誌

      巻: 101 ページ: 1994-2001

    • 査読あり
  • [学会発表] Genetic Basis of Myeloid Proliferation Related to Down Syndrome2012

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshida
    • 学会等名
      2012 ASH Annual Meeting and Exposition
    • 発表場所
      Georgia World Congress Center(Atlanta, U.S.A.)
    • 年月日
      2012-12-10
  • [学会発表] Whole genome and whole exome sequencing of congenital hematological disorders2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第54回小児血液・がん学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-12-02
  • [学会発表] Whole genome and whole exome sequencing in MDS and leukemia2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第54回小児血液・がん学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-12-01
  • [学会発表] Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第54回小児血液・がん学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜市)
    • 年月日
      2012-11-30
  • [学会発表] Spectrum of gene mutations in myelodysplastic syndromes revealed by whole-exome sequencing2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第74回日本血液学会学術集会
    • 発表場所
      京都国際会館(京都市)
    • 年月日
      2012-10-19
  • [学会発表] Intratumor heterogeneity in myelodysplastic syndromes revealed by high-throughput sequencing2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第74回日本血液学会学術集会
    • 発表場所
      京都国際会館(京都市)
    • 年月日
      2012-10-19
  • [学会発表] Spectrum of gene mutations and intratumor heterogeneity inmyelodysplastic syndromes revealed by whole-exome and whole genome sequencing2012

    • 著者名/発表者名
      吉田健一
    • 学会等名
      第71回日本癌学会学術集会
    • 発表場所
      札幌市教育文化会館(札幌市)
    • 年月日
      2012-09-21
  • [学会発表] Spectrum of gene mutations and their intratumoral structurein myelodysplasia revealed by high-throughput sequencing2012

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshida
    • 学会等名
      17th Congress of EHA
    • 発表場所
      RAI Exhibition and Convention Centre (Amsterdam, the Netherland)
    • 年月日
      2012-06-16

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公開日: 2014-07-16  

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