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2013 年度 実績報告書

第一原理計算とX線自由電子レーザーを用いた構造解析システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 12J05357
研究機関京都大学

研究代表者

大村 訓史  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2012 – 2014-03-31
キーワード密度汎関数法 / 分子動力学法 / 多価イオン / ヨウ化ウラシル / 分子解離 / 電子温度
研究概要

本研究では、X線自由電子レーザー(X-FEL)照射によって生じる多価イオン化した分子のイオンダイナミクスの解明および、X-FELを用いた構造解析法を構築する目的で、第一原理分子動力学法に基づく計算機シミュレーションを行っている。前年度は、ベンゼン環にOH基と臭素原子が付加した臭化フェーノールの多価イオン化状態(~+10価)における崩壊メカニズムを明らかにした。本年度は、計算に励起状態の効果を取り入れるため、軌道の占有数をより広く分布させ、電子系の温度を上げた計算を行った。さらに、実際にX-FELの実験で用いられたヨウ化ウラシルをターゲットとし、X-FELで実現される高価数イオン化状態のシミュレーションを行い、その分子解離プロセスの詳細を明らかにした。この研究で得られた成果は以下の通りである。
臭化フェノールの励起状態を取り入れた計算により、適切な電子温度を選ぶことで、実験結果から予想される解離プロセスをよく再現できることが分かった。さらにヨウ化ウラシルに対する計算から、ヨウ化ウラシルの分子解離メカニズムにも臭化フェノールと同様の価数依存性が存在することが明らかとなった。比較的低価数においては、分子はいくつかのフラグメントに解離する。一方、ある程度高価数以上になると、リングの外縁にある水素、酸素、ヨウ素が多価イオン化と同時に解離する。この結果と臭化フェノールの結果を比較することにより、解離プロセスの分子形状依存性を明らかにした。本研究によって、X線自由電子レーザーを用いた実験における分子の崩壊は非常に複雑であるが、分子を高価数にすることで外縁原子に関しては比較的分子の形状を残した状態で解離するということが分かった。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Ab initio Molecular-Dynamics Study of Dissociation Mechanism of Highly Charged Molecules2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohmura, Kiyonobu Nagaya, Fuyuki Shimojo and Makoto Yao
    • 雑誌名

      Journal of Physics : Conference Series.

      巻: (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A divide-conquer-recombine algorithmic paradigm for large spatiotemporal quantum molecular dynamics simulations2014

    • 著者名/発表者名
      F. Shimojo, S. Hattori, R. K. Kaila, M. Kunaseth, W. Mou, A. Nakano, K. Nomura, S. Ohmura, P. Rajak, K. Shimamura, and P. Vashishta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 140 ページ: 18A529-1-18A529-14

    • DOI

      10.1063/1.4869342

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic asymmetry of self-diffusion in liquid ZnCl_2 under pressure : ab initio molecular dynamics study2013

    • 著者名/発表者名
      Akihide Koura Satoshi Ohmura Fuyuki Shimojo
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138 ページ: 134504-1-134504-7

    • DOI

      10.1063/1.4798376

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Structure of a Molecular Liquid S_<0.5> Cl_<0.5> : ab initio Molecular-Dvnamics Simulations2013

    • 著者名/発表者名
      S. Ohmura, H. Shimakura, Y. Kawa kita. F. Shimojo, and M. Yao
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 82 ページ: 074602-1-074602-7

    • DOI

      10.7566/JPSJ.82.074602

    • 査読あり
  • [学会発表] 第一原理分子動力学法による液体酸素の超高圧下における構造と電子状態2014

    • 著者名/発表者名
      大村訓史、土屋卓久、下條冬樹、八尾誠
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学、平塚市
    • 年月日
      20140327-30
  • [学会発表] 趣旨説明(先端科学技術が拓く構造不規則系研究の新展開)2014

    • 著者名/発表者名
      大村訓史
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学, 平塚市
    • 年月日
      20140327-30
  • [学会発表] 第一原理分子動力学法による液体酸素の超高圧下における構造2013

    • 著者名/発表者名
      大村訓史、下條冬樹、八尾誠
    • 学会等名
      日本物理学会2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学、徳島市
    • 年月日
      20130925-28
  • [学会発表] Non-equilibrium dynamics in disordered materials : ab initio molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohmura
    • 学会等名
      15^<th> Liquid and Amorphous Metals Confer ence
    • 発表場所
      Beijing, Chaina
    • 年月日
      20130915-20
    • 招待講演
  • [学会発表] Dissociation mechanism of highly charged molecules : Ab molecular-dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohmura, Kiyonobu Nagaya, Fuyuki Shimojo and Makoto Yao
    • 学会等名
      1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
    • 発表場所
      Waseda University Tokyo, Japan
    • 年月日
      20130910-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics study of dissociation mechanism of highly charged molecules.2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohmura, Kiyonobu Nagaya, Fuyuki Shimojo and Makoto Yao
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics 2013
    • 発表場所
      Moscow, Russia
    • 年月日
      20130820-24
  • [学会発表] High pressure structure of covalent liquids : ab initio molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Ohmura, Fuyuki Shimojo and Makoto Yao
    • 学会等名
      1st International Symposium on Kumamoto Synchrotron Radiation (ISKSR1)
    • 発表場所
      Kumamoto, Japan
    • 年月日
      2013-10-25
    • 招待講演

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公開日: 2015-07-15  

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