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2013 年度 実績報告書

多種反応系の見せる多階層的挙動の理論的研究

研究課題

研究課題/領域番号 12J08104
研究機関東京大学

研究代表者

上村 淳  東京大学, 大学院総合文化研究科, 特別研究員(PD)

キーワード触媒反応ネットワーク / 分子の少数性 / 栄養律速
研究概要

本研究では, 一般の化学反応系と生命現象の大きな違いとして, 遺伝情報などの重要な情報がどのような条件下で確率性の高い反応系の中で頑強に保持・伝達できるのかを数値シミュレーションにより探求する. 今年度は主に触媒増殖反応系において分子複製に必須な栄養・資源が枯渇しているような状況での振る舞いについて研究を進めた. これまで研究代表者が行った研究成果のひとつである、分子の少数性と混雑性に起因した分子の局在構造の形成過程の新奇性は、個々の分子レベルから局在した分子集団レベルへと一段階上の選択・進化の単位の形成の可能性を提示した点にある. 少数分子と接触できる微小空間の取り合い(混雑性)を、反応を進める"資源"を取り合う効果として一般化し、触媒反応増殖系の増殖速度が速いというだけでない新規な選択の方向性を探求できないか? という着想に至った.
まず単純な2種相互触媒増殖系に対して複製反応を進めるために必要な資源を表す変数を導入したモデルを提案した. 一般に資源が減少することで反応レートが減少するが、確率的な化学反応において反応レートが減少するのに伴い揺らぎも減少してしまい、先行研究で指摘されてきた揺らぎの大きさと進化可能性の性質を失う. 本研究では資源を複数の細胞間で取り合う効果を導入した結果、資源が枯渇し平均的な複製レートが減少した状況下でも、細胞間の揺らぎの効果により進化可能性を保持することを確認した. その後、多種類の分子種がランダムに触媒・基質関係を構成しながら複製・増殖する触媒反応ネットワークを形成する細胞集団に適用し、資源が枯渇した状況下では細胞の多様性が転移的に増す振る舞いを見せることを発見した. この結果は複雑な機構を持ち合わせない化学反応系においても、資源が枯渇した状況下で再帰的な増殖を続けながら多様性を増す様子が普遍的に見られることを示唆する結果である.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究の遂行状況についてほぼ当初の計画通りに結果を得ており、学会発表・論文発表も順調に行っている。

今後の研究の推進方策

本研究課題は、おおむね順調に進展しており、これまで通り研究を遂行することで問題点はないと考えている。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Delayed pursuit-escape as a model for virtual stick balancing2013

    • 著者名/発表者名
      J. G. Milton, A. Fuerte, C. Belair, J. Lippai, A. Kamimura, T. Ohira
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Applications, IEICE

      巻: 4 ページ: 129-137

    • DOI

      10.1588/nolta.4.129

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 確率的細胞システムにおけるベイズ情報処理2013

    • 著者名/発表者名
      小林徹也、上村淳
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 53 ページ: 086-089

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞のふるまいを読み解く時系列に潜む情報量2013

    • 著者名/発表者名
      小林徹也、上村淳
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 31 ページ: 1239-1244

  • [学会発表] 相互触媒増殖系における資源枯渇効果2014

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学(神奈川県平塚市)
    • 年月日
      2014-03-27
  • [学会発表] Resource competition in protocells with a minority molecule of a catalytic reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      The Second Annual Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      ヒルトンワイコロアビレツジ(ハワイ・アメリカ)
    • 年月日
      2014-02-19
  • [学会発表] 触媒増殖反応系における栄養律速効果2013

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2013-09-25
  • [学会発表] Relevance of minority molecules to reproductions of protocell swith a limiting resource for replications2013

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      Protocells : Back to the Future Workshop (ECAL 2013 Satellite)
    • 発表場所
      ホテルVilla Diodoro(タオルミーナ・イタリア)
    • 年月日
      2013-09-02

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公開日: 2015-07-15  

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