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2012 年度 実績報告書

新規ペルオキシダーゼDyPの反応機構を分子レベルで明らかにする

研究課題

研究課題/領域番号 12J08664
研究機関東京工業大学

研究代表者

吉田 徹  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 特別研究員(DC2)

キーワードDyP / ペルオキシダーゼ / X線結晶構造解析 / 基質結合部位 / アスコルビン酸
研究概要

本研究では、Dye decolorizing peroxidase(DyP)-type peroxidaseの基質結合部位の解明を目指した。
そこでこのファミリーに属する酵素DyPを用いて、(1)DyP-基質複合体X線結晶構造解析、(2)大腸菌を用いた発現系の構築、を行った。
(1)麹菌を宿主とするDyPの発現系から精製したDyPを使用し、様々な基質についてソーキングによる複合体結晶化と共結晶化を試みた。その結果、2種類の基質、ascorbic acidと2,6-dimethoxyphenolについて、DyP-基質複合体のX線結晶構造解析に成功した。活性部位にあるヘムは分子内部に埋まっているが、分子表面とヘムは2つの空洞によってつながっている。そのうちの1つの空洞に、両基質とも結合していた。
この結合部位は、ascorbate peroxidaseに対するascorbic acidの結合部位とよく似ていた。本結果は、DyP-type peroxidaseにおける基質結合部位の初の報告である。さらに、両基質ともDyP-type peroxidaseのみならず、他のヘムペルオキシダーゼにも利用される基質である、という点で意義がある。
(2)麹菌を宿主とする発現系は変異体を作製することが出来ない。変異体を用いた生化学研究を行うために、大腸菌を宿主とするDyPの発現系を構築した。大腸菌内で発現したDyPはヘムを持っていなかったが、粗精製後にヘムを添加することで、活性を持ったDyPを精製することが出来た。精製DyPの分子量、円偏光二色性スペクトル、比活性、紫外可視吸収スペクトルは、麹菌を宿主とする発現系から精製したDyPと全く同じであった。そのため、大腸菌を宿主とするDyPの発現系の構築に成功したと判断した。現在、基質結合に関与するアミノ酸残基の変異体を作製し、活性の変化を調べている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

基質との複合体結晶構造解析が終了し、現在は変異体を用いた生化学的解析を進めている。また、触媒サイクルを明らかにするために、ストップトフロー分光光度計を用いた中間体の補足も進めている。これらを引き続き行うことで、研究の目的であるDyPの反応機構解明を行うことが出来ると考えられる。

今後の研究の推進方策

現在進行中の、変異体を用いた生化学実験、ストップトフロー分光光度計を用いた中間体の補足実験を継続する。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2012

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] Crystal structures of dye- decolorizing peroxidase with ascorbic acid and2,6-dimethoxyphenol.2012

    • 著者名/発表者名
      Yoshida T, Tsuge H, Hisabori T, Sugano Y.
    • 雑誌名

      FEBS lett.

      巻: 586 ページ: 4351-4356

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2012.10.049.

    • 査読あり

URL: 

公開日: 2014-07-16  

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