2003 年度実績報告書

ゲノムの死と再生:DNA二重鎖切断とその帰結のバイオロジー

研究課題

研究課題/領域番号	13141201
研究機関	東京大学
研究代表者	小林一三東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30126057)
研究分担者	板谷光泰三菱化学生命科学研究所, 主任研究員
キーワード	ゲノム再編 / 染色体切断 / ゲノム安定性 / 制限酵素 / 利己的遺伝子 / 動く遺伝子 / ゲノム進化 / 細菌ゲノム
研究概要	A.染色体切断とその帰結。大腸菌で自然に起きる染色体切断を、パルスフィールドゲル電気泳動で検出し、遺伝型と培地への依存性を調べた。染色体の自然切断を遺伝子間の相互の「遺伝的中毒」によって説明した。EcoRI制限酵素修飾酵素の細胞内での安定性を、定常状態および制限酵素修飾酵素遺伝子の細胞からの喪失後に測定した。大腸菌での制限修飾遺伝子のサブゲノム間の転移について、制限酵素活性への依存性を検討した。制限酵素修飾酵素遺伝子の枯草菌染色体上での自己増幅を検出するために、その増幅の迅速なアッセイ系を作り、増幅の引き金になるシグナルを探索した。 B.制限酵素修飾酵素遺伝子とゲノム多型。 Neisseria meningitidisの種内二株のゲノム配列の比較によって、制限修飾遺伝子とISの関与する、ゲノム再編の新しいメカニズムを発見した。 Staphylococcus hominisゲノムの薬剤耐性に関係する動く遺伝子単位の中に、制限酵素遺伝子の痕跡を発見した。 Pyrococcus属の二つの種のゲノム比較などから制限酵素と予想されたORFについて、制限酵素をin vitroで発現した。部分精製し、温度、pH,塩などの反応条件、認識配列、切断様式を決定した。新規の切断様式が示された。 C.制限酵素修飾酵素の命名法。制限酵素修飾酵素およびそれらの遺伝子の多様性の認識に基づいて、それらの新しい命名法を提唱した。

研究成果
(22件)

すべてその他

すべて文献書誌 (22件)

[文献書誌] N.Handa, I.Kobayashi: "Accumulation of large non-circular forms of the chromosome in recombination-defective mutants of Escherichia coli"BMC Molecular Biology. 4. 5 (2003)
[文献書誌] M.Sadykov, Y.Asami, H.Niki, N.Handa, M.Itaya, M.Tanokura, I.Kobayashi: "Multiplication of a restriction modification gene complex"Mol.Microbiol. 48. 417-427 (2003)
[文献書誌] N.Takahashi, Y.Naito, N.Handa, I.Kobayashi.: "A DNA methyltransferase can protect the genome from post-disturbance attack by a restriction-modification gene complex."J.Bacteriol. 184. 6100-6108 (2002)
[文献書誌] Y.Fujitani, S.Mori, I.Kobayashi: "A reaction-diffusion model for interference in meiotic crossing-over."Genetics. 161. 365-372 (2002)
[文献書誌] I.Kobayashi.: "Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution."Nucleic Acids Research. 29. 3742-3756 (2001)
[文献書誌] M.Kuroda, et al.: "Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus."The Lancet. 35. 1225-1240 (2001)
[文献書誌] N.Handa, Y.Nakayama, M.Sadykov, I.Kobayashi.: "Experimental genome evolution : large-scale genome rearrangements associated with resistance to replacement of a chromosomal restriction-modification gene complex."Mol.Microbiol. 40. 932-940 (2001)
[文献書誌] 小林一三, 石川健: "制限酵素修飾酵素遺伝子の自己増殖の発見"海洋. 号外33号. 128-136 (2003)
[文献書誌] 小林一三: "メイナードスミス博士京都賞受賞記念ワークショップ講演:ゲームの場としてのゲノム…あるいは、遺伝子はなぜ愛し合うのか?"遺伝. 56. 70-76 (2002)
[文献書誌] 小林一三: "ゲノム比較:ゲノムを造り替えていた制限酵素修飾酵素遺伝子"蛋白質核酸酵素、臨時増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46. 2393-2399 (2001)
[文献書誌] 小林一三: "ゲノムはなぜ変わるのか?利己的な動く遺伝子たちのコミュニティーとしてのゲノム"科学. 70. 335-345 (2000)
[文献書誌] 柘植謙爾, 板谷光泰: "枯草菌ゲノムベクターを用いた遺伝子集積技術"Bioベンチチャー. 4・2. 34-37 (2004)
[文献書誌] Ohashi, Y., Ohshima, H., Tsuge, K., Itaya, M.: "Far different levels of gene expression provided by an oriented cloning system in Bacillus subtilis and Escherichia coli"FEMS Microbiol.Lett. 221. 125-130 (2003)
[文献書誌] Kaneko, S., K.Tsuge, T.Takeuchi, M.Itaya: "Conversion of Submegasized DNA to Desired Structures Using A Novel Bacillus subtilis Genome Vector"Nucleic Acids Res. 31・18. 112 (2003)
[文献書誌] Itaya, M., K.Fujita, M.Koizumi, T.Ikeuchi, K.Tsuge: "Stable Positional Cloning of Long Continuous DNA in the Bacillus subtilis genome vector"J.Biochem. 134. 513-519 (2003)
[文献書誌] Sato, A., A.Kanai, M.Itaya, M.Tomita: "Cooperative regulation for Okazaki fragment processing by RNase HII and FEN-1 purified from a hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus furiosus."BBRC. 309. 247-252 (2003)
[文献書誌] Tsuge, K., K.Matsui, M.Itaya: "One step assembly of multiple DNA fragments with designed order and orientation in Bacillus subtilis plasmid."Nucleic Acids Res. 31. 133 (2003)
[文献書誌] Tomita, S., Tsuge, K., Kikuchi, Y., M.Itaya: "Targeted isolation of a designated region of the Bacillus subtilis 168 genome by Recombinational transfer."Appl.Environ.Microbiol. 70(刊行中). (2004)
[文献書誌] Qiu-Dongru, et al.: "Comparative analysis of the structure of complete physical maps of four Bacillus subtilis(natto)genome"Appl.Environ.Microbiol. (刊行中). (2004)
[文献書誌] Tomita, S., Tsuge, K., Kikuchi, Y., M.Itaya: "Regional dependent efficiency for recombinational transfer of the Bacillus subtilis 168 genome."Biosci.Biotech.Biochem. (刊行中). (2004)
[文献書誌] I.Kobayashi: "Genetic addiction---a principle in symbiosis of genes in a genome"ASM Press, Washington, D.C.(刊行中). (2004)
[文献書誌] I.Kobayashi: "Restriction Endonucleases"Springer Verlag(刊行中). (2004)

2003 年度 実績報告書

ゲノムの死と再生:DNA二重鎖切断とその帰結のバイオロジー

研究代表者

小林 一三 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30126057)

研究成果

[文献書誌] N.Handa, I.Kobayashi: "Accumulation of large non-circular forms of the chromosome in recombination-defective mutants of Escherichia coli"BMC Molecular Biology. 4. 5 (2003)

[文献書誌] M.Sadykov, Y.Asami, H.Niki, N.Handa, M.Itaya, M.Tanokura, I.Kobayashi: "Multiplication of a restriction modification gene complex"Mol.Microbiol. 48. 417-427 (2003)

[文献書誌] N.Takahashi, Y.Naito, N.Handa, I.Kobayashi.: "A DNA methyltransferase can protect the genome from post-disturbance attack by a restriction-modification gene complex."J.Bacteriol. 184. 6100-6108 (2002)

[文献書誌] Y.Fujitani, S.Mori, I.Kobayashi: "A reaction-diffusion model for interference in meiotic crossing-over."Genetics. 161. 365-372 (2002)

[文献書誌] I.Kobayashi.: "Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution."Nucleic Acids Research. 29. 3742-3756 (2001)

[文献書誌] M.Kuroda, et al.: "Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus."The Lancet. 35. 1225-1240 (2001)

[文献書誌] N.Handa, Y.Nakayama, M.Sadykov, I.Kobayashi.: "Experimental genome evolution : large-scale genome rearrangements associated with resistance to replacement of a chromosomal restriction-modification gene complex."Mol.Microbiol. 40. 932-940 (2001)

[文献書誌] 小林一三, 石川健: "制限酵素修飾酵素遺伝子の自己増殖の発見"海洋. 号外33号. 128-136 (2003)

[文献書誌] 小林一三: "メイナードスミス博士京都賞受賞記念ワークショップ講演:ゲームの場としてのゲノム…あるいは、遺伝子はなぜ愛し合うのか?"遺伝. 56. 70-76 (2002)

[文献書誌] 小林一三: "ゲノム比較:ゲノムを造り替えていた制限酵素修飾酵素遺伝子"蛋白質核酸酵素、臨時増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46. 2393-2399 (2001)

[文献書誌] 小林一三: "ゲノムはなぜ変わるのか?利己的な動く遺伝子たちのコミュニティーとしてのゲノム"科学. 70. 335-345 (2000)

[文献書誌] 柘植謙爾, 板谷光泰: "枯草菌ゲノムベクターを用いた遺伝子集積技術"Bioベンチチャー. 4・2. 34-37 (2004)

[文献書誌] Ohashi, Y., Ohshima, H., Tsuge, K., Itaya, M.: "Far different levels of gene expression provided by an oriented cloning system in Bacillus subtilis and Escherichia coli"FEMS Microbiol.Lett. 221. 125-130 (2003)

[文献書誌] Kaneko, S., K.Tsuge, T.Takeuchi, M.Itaya: "Conversion of Submegasized DNA to Desired Structures Using A Novel Bacillus subtilis Genome Vector"Nucleic Acids Res. 31・18. 112 (2003)

[文献書誌] Itaya, M., K.Fujita, M.Koizumi, T.Ikeuchi, K.Tsuge: "Stable Positional Cloning of Long Continuous DNA in the Bacillus subtilis genome vector"J.Biochem. 134. 513-519 (2003)

[文献書誌] Sato, A., A.Kanai, M.Itaya, M.Tomita: "Cooperative regulation for Okazaki fragment processing by RNase HII and FEN-1 purified from a hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus furiosus."BBRC. 309. 247-252 (2003)

[文献書誌] Tsuge, K., K.Matsui, M.Itaya: "One step assembly of multiple DNA fragments with designed order and orientation in Bacillus subtilis plasmid."Nucleic Acids Res. 31. 133 (2003)

[文献書誌] Tomita, S., Tsuge, K., Kikuchi, Y., M.Itaya: "Targeted isolation of a designated region of the Bacillus subtilis 168 genome by Recombinational transfer."Appl.Environ.Microbiol. 70(刊行中). (2004)

[文献書誌] Qiu-Dongru, et al.: "Comparative analysis of the structure of complete physical maps of four Bacillus subtilis(natto)genome"Appl.Environ.Microbiol. (刊行中). (2004)

[文献書誌] Tomita, S., Tsuge, K., Kikuchi, Y., M.Itaya: "Regional dependent efficiency for recombinational transfer of the Bacillus subtilis 168 genome."Biosci.Biotech.Biochem. (刊行中). (2004)

[文献書誌] I.Kobayashi: "Genetic addiction---a principle in symbiosis of genes in a genome"ASM Press, Washington, D.C.(刊行中). (2004)

[文献書誌] I.Kobayashi: "Restriction Endonucleases"Springer Verlag(刊行中). (2004)

2003 年度実績報告書

小林一三東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30126057)