ヒトゲノム構造解析ツールとしての高密度genomic DNAマイクロアレイの開発

2001 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 13204025
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 井本 逸勢 (橘 逸勢) 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610)
• 研究分担者: 稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
• キーワード: ゲノム / マイクロアレイ / 構造解析

研究概要

ポストゲノムシークエンスの時代を迎え、ゲノムの一次構造の異常をhigh-throughputに探索していくツールの開発は、隣接遺伝子症候群などの先天異常や癌など病型が同じでありながら複雑な表現型を示す疾患をはじめヒト疾患の遺伝的要因を迅速に明らかにしていく上で必須である。このため、網羅的かつ高精度にゲノムDNAコピー数の変化を検出する高密度・高感度ゲノムDNAマイクロアレイの開発研究を推進し、以下の成果を得た。
1.マイクロアレイ作成に必要なゲノムDNAの単離、標的DNAの作成、試作アレイの作製:マイクロアレイの標的DNAとして、癌関連遺伝子特異的、染色体特異的CGHアレイ用などのBAC/PACクローンからのDNA単離をほぼ終了した。このDNAを材料として、実際にスポットするDNA断片のPCR法による作製を開始した。さらに、作製されたDNA断片の一部を用いて、試作アレイの作製を行い、また小規模の実用アレイの作製に着手しその評価を開始した。
2.試作レベルのマイクロアレイを用いた解析技術・結果の評価:試作レベルのマイクロアレイ(癌関連遺伝子特異的アレイなど)を用いたゲノムDNAコピー数解析を、これまでの基礎技術開発により確立したプロトコールに従い行った。正常DNAならびにCGHやFISH法によりゲノムコピー数の変化を詳細に解析済みである食道癌細胞株から得られたDNAなどを対象にした検討によって、これまでに、再現性、分解能、1コピーの変化まで検出できる感度を確認している。また、得られた結果を元にさらに実用アレイ用に、プロトコールの改良を行った。

研究成果

• [文献書誌] Nakakuki K., et al.: "Novel targets for the 18p11.3 amplification frequently observed in esophageal squamous cell carcinomas"Carcinogenesis. 23・1. 19-24 (2002)
• [文献書誌] Imoto I., et al.: "Identification of cIAP1 as a candidate target gene within an amplicon at 11q22 in esophageal squamous cell carcinomas"Cancer Res.. 61・18. 6629-6634 (2001)
• [文献書誌] Yasui K., et al.: "Identification of target genes within an amplicon at 14q12-q13 in esophageal squamous cell carcinoma"Gene Chromosom Cancer. 32・2. 112-118 (2001)
• [文献書誌] Imoto I., et al.: "Identification and characterization of human PKNOX2, a novel homeobox-containing gene"Biochem.Biophys.Res.Commun. 287・1. 270-276 (2001)
• [文献書誌] Imoto I., et al.: "SNO is a probable target for gene amplification at 3q26 in squamous-cell carcinomas of the esophagus"Biochem.Biophys.Res.Commun. 286・3. 559-565 (2001)
• [文献書誌] Watanabe T, . et al.: "Human arylhydrocarbon receptor repressor (AHRR) gene : genomic structure and analysis of polymorphism in endometriosis"J.Hum.Genet. 46・6. 342-346 (2001)