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DNA結合タンパク質には特徴的な正電荷の表面が存在することが判ってきた。
現在その正電荷表面がDNAのリン酸骨格に対応できるような表面であるかどうかを判定するためのソフトウェアーを開発中である。また2本鎖DNAに特異的に結合するDNA結合タンパク質を同定するためのDNAチップも開発した。ある特定の配列のDNAチップに結合するタンパク質を同定できるようになった。現在感度の向上と再現性をチェックしている。またDNA結合タンパク質の立体構造をNMR法により決定し表面構造を計算してDNA結合能との相関を求めた。テロメア結合タンパク質のTRF1のMybモチーフとDNAとの複合体の立体構造とhRap1のMybモチーフの立体構造を決定した。両方のMybモチーフとも構造解析の結果3個のヘリックスを持っていた。TRF1のMybモチーフは1個でテロメアDNAと特異的に結合し、フレキシブルなN末がDNAの小さな溝で特異的に結合し3番目のヘリックスがDNAの大きな溝で塩基配列を認識していた。タンパク質表面はDNAと特異的に結合できるように正の表面電荷分布を持っていた。hRap1のMybモチーフの表面には特異的な正電荷の分布が無かった。DNA結合タンパク質を同定するためのソフトウェアーの開発は世界的に見て独自技術である。またDNA結合タンパク質を同定するためのDNAチップの開発は世界的に種々の方法で行われているがその殆どはタンパク質を何らかの方法でラベルしているが我々はDNA側をラベルしておいてDNA結合タンパク質を同定できる新手法を開発した。hRap1のMybモチーフの構造とテロメアDNAとテロメアタンパク質のhTRF1の複合体の立体構造を世界に先駆けて決定しテロメアDNAの塩基配列の認識機構を解明した。
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