| 研究課題/領域番号 |
13308013
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
統計科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
岸野 洋久 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987)
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| 研究分担者 |
林 武司 独立法人農業生物資源研究所, ゲノム研究グループ, 研究員
北田 修一 東京海洋大学, 大学院・水産学研究科, 教授 (10262338)
鷲谷 いづみ 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40191738)
中道 礼一郎 医科学研究所, ヒトゲノムセンター, 特別研究員(PD)
立田 晴記 国立環境研究所, 生態リスク評価研究室, 研究員 (50370268)
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| 研究期間 (年度) |
2001 – 2003
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| キーワード | 希少集団と遺伝的浮動 / 集団構造と連鎖不平衡 / 近交弱勢と分離比の歪み / 他殖性生物のQTL解析 / 多型マーカー / ウイルス分子進化 / 進化速度の変化 |
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| 研究概要 |
フィールドワークを主体とする研究者と、統計モデル構築を専門とする研究者が協力してデータ取得からデータ解析まで一貫しておこなうことで、実測データと統計モデル構築の統合を目指した。具体的には、次のような成果を得た。
1.微小生物のリスク管理:ウイルスの分子進化を調べるための最適サンプリング計画を検討し、有効な集団の大きさと進化速度を同時推定する方法を開発した。これによりHIV-1 env遺伝子を解析したところ、潜伏期間において両者の間に負の相関が認められた。また、バクテリアにおける水平伝搬に焦点を当てて、進化速度の変動するパターンを調べた。
2.希少植物としてのサクラソウ:分子マーカーに基づく他殖性生物のQTL解析の方法を開発した。花器形質や開花フェノロジーの形質を効果的にQTLマッピングするための実験的手法を確立した.父性解析により、サクラソウの花粉と種子を通じた遺伝子流動の実態を明らかにした。
3.マラリア原虫のベクターであるハマダラカ:東南アジアの各地からハマダラカを採集し、ミトドリアCOI, COII遺伝子配列およびマイクロサテライトの集団遺伝学的な解析により、遺伝子流動の様相と集団の履歴を、地史・人類史と関連づけつつ推測した。
4.スペインにおけるヒナバッタの交雑帯:交雑帯周辺地域より個体を採集し、交配飼育実験を行った。生殖前隔離の遺伝構造を解析するために、鳴き声を定量化し、AFLPをタイピングした。またこれらのデータを大量に解析するために、音声解析ソフト、AFLPタイピングソフトを開発した。
5.栽培漁業における保全遺伝:放流魚の天然資源に対する遺伝的影響を推定するために、経験ベイズによる集団構造推定法を開発し、マダイのmtDNAのデータを解析した。集団構造がある場合の連鎖不平衡と遺伝的分化の同時推定法を開発し、アユのアイソザイムとヒトSNPデータを解析した。
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