キャピラリー電気泳動による超高速SNP分析法の開発

2001 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 13470102
• 研究機関: 岡山大学
• 研究代表者: 石津 日出雄 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (70033157)
• 研究分担者: 吉留 敬 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (40304307) ; 宮石 智 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助教授 (90239343) ; 山本 雄二 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 講師 (30136379) ; 稲垣 幸代 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (00325086)
• キーワード: DNA多型 / 一塩基多型(SNPs) / ABO式血液型 / HLA-DRB1型 / 性染色体 / 高速分析法 / キャピラリー電気泳動

研究概要

本年度の研究経過および成績は以下に示すとおりである。
ABO式血液型、HLA-DRB1型、Y染色体上のSNP座位等の複数の多型DNA部位をPCRにより増幅し,それらの産物の一部を鋳型として、蛍光ラベルddNTPと各塩基置換部位(SNP)に対応した塩基長の異なる10本程度の非蛍光ラベルプライマを用いた一塩基プライマー伸長反応により複数座位のSNPの同時分析を行った。次いで、プライマー伸長反応により得られた蛍光ラベルDNAフラグメントを、キャピラリー電気泳動装置(ABI PRISM 310 Genetic Analyzer)を用いて検出し、GeneScan Analysis Softwareを用いて解析することにより各SNP座位の塩基配列を決定した。
ABO式血液型遺伝子内の7個のSNPを本法により同時分析し、遺伝子型を明確に判定することが可能であった。
また、本法により、Y染色体上の15座位のSNPが同時の検出され、そのハプロタイプ解析が可能であった。
なお、HLA-DRB1遺伝子座のSNP検出については、DRB1座の各対立遺伝子を大きく3つのグループに分け、それぞれのグループ毎に複数のSNP部位を検出してHLA-DRB1遺伝子型をイピングする方法について検討し、現在までにDR4グループの対立遺伝子をタイピングする分析系をほぼ確立した。次いでDR3,5,6,およびDR8を含むグループの分析法につき検討を行っている。