1p36のBACコンティグを用いた神経芽腫の癌抑制遺伝子の探索とその臨床応用

2003 年度 研究成果報告書概要

• 研究課題/領域番号: 13470156
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 小児科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 滝田 順子 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00359621)
• 研究分担者: 小林 美由紀 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (60205391) ; 井田 孔明 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128) ; 林 泰秀 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (30238133)
• 研究期間 (年度): 2001 – 2003
• キーワード: neuroblastoma / 1p36欠失 / KIF1B-β gene / DFF45 / 癌抑制遺伝子 / KIF1B-α gene / BACコンティグ / Charcot-Marie Tooth disease type 2

研究概要

神経芽腫において1番染色体短腕(1p)のp35-36領域をカバーするBACコンティグにより、神経芽腫の細胞株(NB-1)にホモ欠失領域を検出し、7個の既知の遺伝子(E4,KIF1B, SCYA5,PGD, Cortistatin, DFF45,PEX14)を同定した。これらの遺伝子のうちキネシンfamilyであるKIF1B-βのゲノム構造を決定した。またPCR-SSCP法による変異解析とヘテロ接合体欠失(LOH)解析から、KIF1B-βは神経芽腫の候補癌抑制遺伝子の可能性は低いと考えられた。またCharcot-Marie-Tooth disease 2A型(CMT2A)の患者検体でミスセンス変異を検出し、この遺伝子がCMT2Aの原因遺伝子であることをみいだした。さらにKIF1B-βのmajor isoformであるKIF1B-αを単離し、神経芽腫で検討したが、神経芽腫の原因遺伝子ではないことを明らかにした。NB-1株でホモ欠失がみられたDFF45は、神経芽腫において腫瘍特異的な多数のisoformがみられたが、神経芽腫の癌抑制遺伝子の可能性は低いと思われた。今年度は1p36に座位するcaspase 9の検討を行ったが、変異はみられず、神経芽腫の原因遺伝子ではないと思われた。さらにCancer arrayを用いて神経芽腫の進展例と早期例で発現プロファイルの検討を行い、発現パターンに差のみられる遺伝子を約500個検出した。Real-time PCR法を用いて発現に差のみられた遺伝子の定量解析を行ったところ、API2、p19INK4Dは非進展例で高発現が認められ、BAF60cは進展例で高発現が認められた。これらの遺伝子は神経芽腫の新たな予後因子として臨床的に応用できる可能性が示唆された。

研究成果

• [文献書誌] Takita J: "Gene Expression Profiling and Identification of Novel Prognostic Maker Gene in Neuroblastoma."Genes Chromosomes Cancer. (in press). (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Obana K: "Aberrations of p16INK4A, p14ARF and p15INK4B genes in pediatric solid tumors."Int J Oncol.. 23・4. 1151-1157 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Chen YY: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1Balpha gene located at 1p36.2 in neuroblastoma."Int J Oncol.. 23・3. 737-744 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Taketani T: "AML1/RUNX1 mutations are infrequent, but related to AML-M0, acquired trisomy 21, and leukemic transformation in pediatric hematologic malignancies."Genes Chromosomes Cancer.. 38・1. 1-7 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Nagura M: "The kinesin superfamily protein Rab6KIFL is not involved in the pathophysiology of Charcot-Marie-Tooth disease type 4C."Int J Mol Med.. 11・1. 45-47 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Xu G: "Frequent mutations in the GATA-1 gene in the transient myeloproliferative disorder of Down syndrome."Blood. 102・8. 2960-2968 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Taketani T: "Mutation of the AML1/RUNX1 gene in a transient myeloproliferative disorder patient with Down syndrome."Leukemia. 16・9. 1866-1867 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Yang HW: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1B gene which is homozygously deleted in neuroblastoma at chromosome 1p36.2."Oncogene. 20・36. 5075-5083 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Takita J: "Allelic imbalance on chromosome 2q and alterations of the caspase 8 gene in neuroblastoma"Oncogene. 20・32. 4424-4432 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Chen YZ: "Homozygous deletion in a neuroblastoma cell line defined by a high-density STS map spanning human chromosome band 1p36."Genes Chromosomes Cancer. 31・4. 326-332 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Yang HW: "DNA fragmentation factor 45 (DFF45) gene at 1p36.2 is homozygously deleted and encodes variant transcripts in neuroblastoma cell line."Neoplasia. 3・2. 165-169 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Zhao C: "Charcot-Marie-Tooth disease type 2A caused by mutation in a microtubule motor KIF1Bbeta."Cell. 105・5. 587-597 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Liu M: "Loss of p73 gene expression in lymphoid leukemia cell lines is associated with hypermethylation."Leuk Res.. 25・6. 441-447 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Takita J.: "Gene Expression Profiling and Identification of Novel Prognostic Maker Gene in Neuroblastoma."Genes Chromosomes Cancer. (in press). (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Obana K: "Aberrations of p16INK4A, p14ARF and p15INK4B genes in pediatric solid tumors."Int J Oncol. 23. 1151-1157 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Chen YY: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1Balpha gene located at 1p36.2 in neuroblastoma."Int J Oncol. 23. 737-744 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Taketani T: "AML1/RUNX1 mutations are infrequent, but related to AML-M0, acquired trisomy 21, and leukemic transformation in pediatric hematologic malignancies."Genes Chromosomes Cancer. 38. 1-7 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Nagura M: "The kinesin superfamily protein Rab6KIFL is not involved in the pathophysiology of Charcot-Marie-Tooth disease type 4C."Int J Mol Med. 11. 45-47 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Xu G.: "Frequent mutations in the GATA-1 gene in the transient myeloproliferative disorder of Down syndrome."Blood.. 102.8. 2960-2968 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Taketani T: "Mutation of the AML1/RUNX1 gene in a transient myeloproliferative disorder patient with Down syndrome."Leukemia. 16. 1866-1867 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Yang HW: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1B gene which is homozygously deleted in neuroblastoma at chromosome 1p36.2."Oncogene. 20. 5075-5083 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Takita J: "Allelic imbalance on chromosome 2q and alterations of the caspase 8 gene in neuroblastoma"Oncogene. 20. 4424-4432 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Chen YZ: "Homozygous deletion in a neuroblastoma cell line defined by a high-density STS map spanning human chromosome band 1p36."Genes Chromosomes Cancer. 31. 326-332 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Yang HW: "DNA fragmentation factor 45 (DFF45) gene at 1p36.2 is homozygously deleted and encodes variant transcripts in neuroblastoma cell line."Neoplasia. 3. 165-169 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Zhao C: "Charcot-Marie-Tooth disease type 2A caused by mutation in a microtubule motor KIF1Bbeta."Cell. 105. 587-597 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Liu M: "Loss of p73 gene expression in lymphoid leukemia cell lines is associated with hypermethylation"Leuk Res. 25. 441-447 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より