個体をベースとした生物多様性のためのデータベースシステムの開発および構築と運用

2001 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 13554034
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 河田 雅圭 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90204734)
• 研究分担者: 粕谷 英一 九州大学, 大学院・理学研究院, 助教授 (00161050) ; 早瀬 敏幸 東北大学, 流体科学研究所, 教授 (30135313) ; 横山 潤 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (80272011) ; 平山 善治 白山工業株式会社, データマーク事業部, 主任研究員 ; 三中 信宏 独立行政法人農業環境技術研究所, 地球環境部, 主任研究官
• キーワード: 生物多様性 / データベース / NoCode

研究概要

われわれは、生物の多様性を登録するための新たなシステムnoCodeを提唱した(Kawata et al. submitted)。本年度は、おもにそのシステムのべ一ター版の開発を行ってきた。「種」の枠組みを離れて多様な生物個体を扱うとき、全ての個体に渡って共通な属性をそこに見いだすのは難しい。すなわち、生物個体に共通するフォーマットには、個体であるという識別自体、従って個体識別のためのコード-NoCodeしかありえない。
以上の問題点が生じるのは、既存のリレーショナル型データベースが、レコードの登録前にフォーマットを決める必要があるためである。レコードの登録後にフォーマットを決めることが可能ならば、この問題は解決する。すなわち、今や、個体の属性は、レコードの一部である。言い換えれば、レコード毎にフォーマットを変えていることになる。もちろん、登録済みのレコードに対して、そのフォーマットに新しい属性を追加し、その値を記録することも可能である。
これらの登録は、WEBぺ一ジから可能なように設定され、さらに、サーバーコンピュータは一つではなく、複数のサーバーに存在するデータを自由に登録検索できるシステムである。現在、この試用版の開発がほぼ完成し、今後は、テスト登録をして、多様性の解析を行い、問題点を検討する予定である。

研究成果

• [文献書誌] Kawata, M.: "Invasion of vacant niches and subsequent sympatric speciation"Proceedings of the Royal Socity of London B. 269. 55-63 (2002)
• [文献書誌] Hayashi, I.T., Kawata, M.: "Evolution of postmating isolation : comparison of three models based on possible genetic mechanisms"Population Ecology. 43. 179-188 (2001)
• [文献書誌] Kasuya, E.: "Mann-Whitney U test when variances are unequal"Animal Behaviour. 61. 1247-1249 (2001)
• [文献書誌] Tsuji, K., Kasuya, E.: "What do indices of reproductive skew measure?"American Naturalist. 158. 155-165 (2001)
• [文献書誌] Kjellberg, F., Jousselin, E., Bronstein, JL., Patel, A., Yokoyama, J., Rasplus, J.-Y.: "Pollination mode in fig wasps : the predictive power of correlated traits."Proceedings of the Royal Society of London, Series B, Biological Sciences. 268. 1113-1121 (2001)
• [文献書誌] Fujiwara, S., M.Kawachi, N.Minaka, I.Inouye, M.Tsuzuki: "Molecularphylogeny of the Prymnesiophyta based on the rbcL gene and sequencevariation in the spacer region of the RuBisCO operon"Journal of Phycology. 37. 121-129 (2001)