個体をベースとした生物多様性のためのデータベースシステムの開発および構築と運用

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 13554034
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 河田 雅圭 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90204734)
• 研究分担者: 粕谷 英一 九州大学, 大学院・理学研究院, 助教授 (00161050) ; 早瀬 敏幸 東北大学, 流体科学研究所, 教授 (30135313) ; 横山 潤 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (80272011) ; 平山 義治 白山工業株式会社, データマーク事業部, 主任研究員 ; 三中 信宏 独立行政法人, 農業環境技術研究所・地球環境部, 主任研究官
• キーワード: 生物多様性 / データベース / NoCode

研究概要

我々は、生物多様性を登録するための新たなシステム,NoCodeを提唱し、それに基づき、データベースシステムを構築している、データベースシステムの改良、および新たな機能の追加を行い、Nocode Database ver 0.2を構築した。システムは、レコードの登録、レコードの登録、レコードの検索、レコードの登録、リンクデータの入力、セレクタの入力の基本的な部分を構築した。登録は個体単位で行われ、個体の特性をレコードとして随時追加、登録できる。種名などの分類名はレコードの一つとして扱うことができる。また、現在、特性は、質的特性、量的特性、数値、カテゴリーを登録できる。また、それぞれのレコードを階層的に配置することもできる。また、これまでに登録されたコードを検索することで、ある生物について、どのようなレコードで登録されたかがわかり、それに応じてデータを入力できる。
このシステムによって、生物の登録を個体ベースで柔軟に行うことが可能になり、個体の特性による検索などが可能になり分類名にこだわらない検索をすることができる。今後、画像データの扱いや数値の上限下限検索など、重要な機能を完成させる必要がある。また、現在、いくつかの生物での代表的な登録のためのテンプレートを作成中である。

研究成果

• [文献書誌] Hayashi, I.T., Kawata, M.: "How genes causing unfit hybrid evolve within population? : A review for models of postzygotic isolation"Population Ecology. 43. 179-188 (2002)
• [文献書誌] Echenique, L.M., J.Yokoyama, M.Kawata, S.Abe, Y.Ishibashi: "Isolation and characterization of microsatellite loci in the Bang is leaf-nosed bat Hipposideros turpis"Molecular Ecology Notes. 2. 396-401 (2002)
• [文献書誌] Minaka, N: "Quantitative comparison of parsimoniously reconstructed ancestral character-states in a cladogram"Cladistics. 18. 227 (2002)
• [文献書誌] Kinoshita, M., Kasuya E, Yahara T: "Effects of time-dependent competition for oviposition sites on clutch sizesand offspring sex ratios in a fig wasp"Oikos. 96. 31-35 (2002)
• [文献書誌] Yokoyama, J., Fukuda, T., Yokoyama, A., Maki, M: "The intersectional hybrid between Weigela hortensis and W. maximowiczii (Caprifoliaceae)"Botanical Journal of the Linnean Society. 138. 369-380 (2002)
• [文献書誌] Yukawa, T., Miyoshi, K., Yokoyama, J.: "Phylogenetic relationships among species in the genera Chisocheton and Guarea, which have unique indeterminate leaves, as inferred from sequences of chloroplast DNA"Bulletin of the National Science Museum, Series B(Botany). 28. 129-139 (2002)