個体をベースとした生物多様性のためのデータベースシステムの開発および構築と運用

2003 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 13554034
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 河田 雅圭 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90204734)
• 研究分担者: 粕谷 英一 九州大学, 大学院・理学研究院, 助教授 (00161050) ; 早瀬 敏幸 東北大学, 流体科学研究所, 教授 (30135313) ; 横山 潤 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (80272011) ; 平山 義治 白山工業株式会社, データマーク事業部, 主任研究員 ; 三中 信宏 独立行政法人農業環境技術研究所, 地球環境部, 主任研究官
• キーワード: 生物多様性 / データベース / NoCode

研究概要

我々は、生物多様性を登録するための新たなシステム,NoCodeを提唱し、それに基づき、データベースシステムを構築している、データベースシステムの改良、および新たな機能の追加を行い、Nocode Database ver 0.2を構築し、試用運行の段階まで到達した。
これまでの多様性データベースは種をベースとして登録、記録が行われるために、生態学進化生物学、保全生物学的な解析には適していない。そこで、本データベースは属性を原初概念とする計算法による個体データベースを実現したものである。本システムは、発展リレーショナルモデルをもとに設計開発を行った。本データベースの特徴は、登録は個体単位で行われ、個体の特性をレコードとして随時追加、登録できる。また、個体を登録するにあたり、登録すべき特性を検索、また追加などが可能である。昨年度からシステムの改良を行い、現在、ログイン、ユーザー管理機能、メニュー、フォーム管理、フォームの編集、フォームを用いた新規個体データの追加、フォームを用いた個体データの検索、個体データの編集を行えるように開発した。
また、本システムの試用運行のために、陸産巻き貝とマルハナバチをモデルにデータベースの試用入力を行った。
このシステムによって、生物の登録を個体ベースで柔軟に行うことが可能になり、個体の特性による検索などが可能になり分類名にこだわらない検索をすることができる。また、位置データをGISなどと連動させることにより、生物保全に役立てることができると期待できる.

研究成果

• [文献書誌] Teshima, H., D.Angus, Y.Kuwahara, J.Yokoyama, S.Chiba, T.Fukuda, H.Ogimura, M.Kawata: "The evolution of extreme shell shape variation in the land snail Ainohelix editha : a phylogeny and hybrid zone analysis"Molecular Ecology. 12. 1869-1878 (2003)
• [文献書誌] Nakamaru, M, M.Kawata: "Evolution of Rumor that discriminate lying defectors"Evolutionary Ecology Reseach. 6. 261-283 (2004)
• [文献書誌] Minaka, N., H.Yamamoto, T.Asano, T.Suemura, K.Machii: "A more efficient heuristic algorithm for the large phylogenetic Steiner problem"Cladistics. 19. 151 (2003)
• [文献書誌] Kasuya E: "Angular transformation-another effect of different sample sizes"Ecological Research. (In press).
• [文献書誌] Tsukaya, H., Fukuda, T., Yokoyama: "Hybridization and introgression between Callicarpa japonica and C.mollis (Verbenaceae) in central Japan, as inferred from nuclearand chloroplast DNA sequences"Moleclar Ecology. 12. 3003-3011 (2003)