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アサガオの突然変異体のほとんどを誘発しているTpn1ファミリーはトウモロコシのEn/Spmに類似のトランスポゾンであり、全て共通の、両端の28塩基対からなるTIR、その内側の多数の反復配列を含むsubterminal領域、またその内側の自律型因子に由来すると考えられる配列を含んでいる。Tpn1ファミリーは、さらに内部にアサガオゲノム由来の種々の遺伝子、例えばミオシン、βガラクトシダーゼ、AP2B等を持っており、これらの配列から複数のグループに分類される。これらのTpnトランスポゾンは体細胞、生殖細胞を通じて現象レベル、分子レベルにおける解析によって転移している証拠が得られており、Tpnファミリー共通の末端配列を認識して転移を起こすトランスポゼースをコードしている自律型のトランスポゾンを含むと考えられるが、現在まで同定されていない。この自律型のトランスポゾンを単離するために、他の、En/Spmファミリーで保存されている部分のプライマーを設計し、易変性を示す系統由来のmRNAからRT-PCRによって増幅される断片を得た。自律型因子はこれまで得られているTpn1ファミリーより大型の可能性があるためterminal配列を持たなかった。そのため、アサガオの自律型の因子は他の植物で明らかになっているようにゲノムに組み込まれている可能性もある。他の方法として、網羅的に解析したTpn1ファミリーの中で長いORFを持ち、他の植物遺伝子と相同性の無いグループが存在し、これが自律型因子またはその欠失型の可能性があり、この内部配列をプローブにしてより長いTpnを探索している。
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