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I 現生在来馬の塩基配列の決定
日本在来馬を含むアジア5カ国の在来馬181個体についてミトコンドリアDNA d-loop領域613bpの塩基配列決定を行った。
全181個体のd-loop領域のハプロタイプは79タイプ観察され、国あるいは地域に特異的なハプロタイプは存在していない。また、日本在来馬集団の場合、特に集団間変異の割合が集団内変異の割合を上回っており、日本在来馬集団としてプールすることができず、他のアジア諸国の在来馬とは特徴が異なっている。また、集団の系統関係では。日本在来馬は他の在来馬から離れる傾向が強く、この原因としては、集団サイズの減少に伴う遺伝的浮動の影響が考えられた。
II 遺跡出土古骨試料からのDNA抽出と塩基配列の決定
現在、鎌倉時代を中心に、日本各地で出土した馬骨試料からのDNA抽出を完了し、塩基配列決定を行っている。PCR増幅プライマーにより、現生と同様613bpの塩基配列を分析しているが、現在そのうち8割が完了した。今後、残りの領域の解読を進め、現生の在来馬との比較を行っていく。
III 新たな変異マーカーの検索
在来馬DNA試料を元に10merのランダムプライマーを用いたRAPD解析を行っている。現在70種類のプライマー検索が終了したなかで、馬種特異的な変異パターンが得られたものが15種類見られた。今後さらに別のプライマーを検索していくとともに、特異的変異バンドの抽出とクローニングを行う。
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