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癌細胞における癌関連遺伝子の増幅や欠失を検出するため、100種類の癌関連遺伝子、106種類の癌関連領域をカバーする506個のBACクローンを単離し、BAC-DNAマイクロアレイを作製した。これらのアレイを用いて検定標品に扁平上皮癌由来のA431細胞ゲノムを使用し、コントロールとして用いた正常リンパ芽球細胞株と比較したところ、FISH法等で示されていたEGF受容体遺伝子の増幅を再現性良く検出できた。さらに乳癌や膵臓癌、腎細胞癌などの細胞株についても同様の検討を行ったところ、いくつかの細胞で増幅を認める遺伝子を見い出すことができた。これらの遺伝子増幅の結果はFISH法でも確認できた。
全ゲノムをカバーするBAC-DNAマイクロアレイを作製するため、慶應BACクローンの収集を行った。21番、22番染色体をカバーするBACクローンの単離はほぼ完了した。また、8番染色体については約4000個のクローンを得たので、それぞれのクローンの末端シーケンスを解読して8番ドラフトシークエンス上へ配置している。さらに4万個のBACクローンの末端シークエンシングを行い、ヒトドラフト、ヒト完成シークエンスに対して末端シーケンスを照合することにより、全ゲノムを網羅的にカバーするBACクローンの整列化を進めている。
ゲノムBAC-DNAマイクロアレイの検出感度を高めるため、ニトロセルロース膜固定化スライドガラス上にBAC-DNAを固定し、高いS/N比で検出する手法を確立した。さらに、金属粒子を用いた標識法を導入することにより、蛍光色素を使う方法と比べ高感度の検出を可能にした。その結果一桁低いプローブ濃度でも同等のS/N比のシグナルを検出できた。
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