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2014 年度 実績報告書

プルキンエ細胞の分割されたトランスラトームのデジタル表現プロファイリング

研究課題

研究課題/領域番号 13F03704
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

PLESSY Charles  独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, ユニットリーダー (60391984)

研究分担者 KRATZ Anton  独立行政法人理化学研究所, サイエンス技術基盤研究センター, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
キーワードCAGE / プルキンエ細胞 / CAGEscan / リボソーム・キャプチャー / トランスクリプトーム / トランストラトーム / ncRNA
研究実績の概要

私たちはプルキンエ細胞内に存在するRNAを研究した。当該細胞は脳内の小脳と 呼ばれる部位に見られる神経細胞で、その役割の1つは体の動き を制御するこ とである。そのため、また、プルキンエ細胞は大型の細胞で発見しやすいことか ら、脳の可塑性を解明するための数々の研究の対象と なってきた。プルキンエ 細胞のシナプス内にリボソームが存在することが報告されたことを受け、当プロ ジェクトでは、これらのリボソームに関連 するRNAの特徴付けと定量化を目指し た。これらのリボソームがシナプス可塑性を制御するタンパク質の生成あるいは 翻訳自体に関連している可 能性があるためである。

私たちは理化学研究所脳科学総合研究センターLauney研究ユニットとの共同研究 により、リボソーム・キャプチャーと呼ばれる方法を用いて プルキンエ細胞内 のリボソームを選択的に標識化し、これらのリボソームと結合したRNAを収集し た。そして、収集したRNAを理化学研究所ラ イフサイエンス技術基盤研究セン ターが開発したCAGEscan法を用いて解析し、RNAの転写開始点を同定、その量を 計測し、構造の特性を 明らかにした。この方法により私たちはプルキンエ細胞 のための新たなRNAマーカーを発見し、当該リボソームと同時精製されたことか ら翻訳の 制御にかかわっている可能性のあるノンコーディングRNAを同定。この 研究結果は『Genome Research』誌に発表した(Kratz et al. , 2014)。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2014 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons.2014

    • 著者名/発表者名
      Kratz A, Beguin P, Kaneko M, Chimura T, Suzuki AM, Matsunaga A, Kato S, Bertin N, Lassmann T, Vigot R, Carninci P, Plessy C, Launey T
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 24 ページ: 1396-410

    • DOI

      10.1101/gr.164095.113

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons2014

    • 著者名/発表者名
      Anton Kratz
    • 学会等名
      GIW - International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Plaza Heisei, Odaiba, Tokyo, Japan
    • 年月日
      2014-12-15 – 2015-12-17
  • [学会発表] Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons2014

    • 著者名/発表者名
      Anton Kratz
    • 学会等名
      The 37th annual meeting of the molecular biology society of Japan
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [学会発表] Data Infrastructure, Compute Infrastructure, Scalable Algorithmics, Mining Biological Data, Software for Biologists, Knowledge Extraction, Sociology2014

    • 著者名/発表者名
      Anton Kratz
    • 学会等名
      CSHL Biological Data Science
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, USA
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-08
  • [備考] RIKEN press release

    • URL

      http://www.riken.jp/en/pr/press/2014/20140606_1/

  • [備考] Article in the "Asian Scientist"

    • URL

      http://www.asianscientist.com/2014/06/in-the-lab/teasing-purkinje-proteins-2014/

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公開日: 2016-06-01  

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