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1. GBSS1 mRNAの半減期の測定: 表現型の解析により，atccr4a/4bの二重変異株がより多くのアミロースを蓄積させていることを明らかにした。さらにマイクロアレイを用いた遺伝子の網羅的な解析により，アミロース合成酵素の1つであるGBSS1の発現量が二重変異株で増加していることを明らかにし，かつLM-PAT法により二重変異株では長いポリA鎖を持つGBSS1 mRNAが蓄積していることを明らかにした。ポリA鎖はmRNAの安定性や翻訳効率に影響を与え得ることから，転写阻害剤を用い，野生型株と二重変異株でGBSS1 mRNAの安定性を測定した。その結果，二重変異株はGBSS1 mRNAが長いポリA鎖を持つにも関わらず，その安定性は野生型株と二重変異株で差が見られなかった。このことから，二重変異株におけるGBSS1のポリA鎖はmRNAの安定性ではなく，タンパク質の翻訳効率に影響を与えていることが示唆された。
2. 時計遺伝子の挙動: マイクロアレイを用いた解析により，二重変異株でmRNAの蓄積量が変化している遺伝子群に，発現が日周リズムを刻む遺伝子が有意に濃縮されていることが明らかとなった。植物の日周リズムは光シグナルや温度によって制御されており，リズム形成の中心を担うのが時計遺伝子である。そこで，二重変異株における時計遺伝子の発現パターンを解析したところ，時計遺伝子であるCCA1の発現が二重変異株において有意に遅れることを明らかにした。さらにCCA1のポリA鎖の長さをLM-PAT法により測定したところ，二重変異株では長いポリA鎖を持つCCA1が検出された。このことから，CCA1はAtCCR4による脱アデニル化反応を受ける標的遺伝子であることが明らかになった。
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