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2013 年度 実績報告書

コフィリンが飽和結合したアクチン繊維の分子間相互作用を近原子分解能で解き明かす

研究課題

研究課題/領域番号 13J02335
研究機関名古屋大学

研究代表者

田中 康太郎  名古屋大学, 大学院理学研究科, 特別研究員(DC1)

キーワードコフィリン / アクチン / 細胞骨格 / 単粒子解析
研究概要

コフィリンが飽和結合したアクチン繊維(以下、アクチン・コフィリン繊維)の極低温透過電子顕微鏡像の単粒子解析により、現在までに8.9Å分解能の3次元密度マップを得た。また、その密度マップを用いて分子動力学計算による原子モデル構築を行った。今回の構造で新たにわかった注目すべき点としで、アクチンサブユニットのD-loop部分が、αヘリックス構造をとる可能性が強く示唆された事が挙げられる。これまでの研究では、アクチン単量体・繊維状態の両方において、D-loopはループ構造をとるとされている。またアクチン繊維においては、D-loopを介したサブユニット間相互作用が、繊維構造の維持に必要だとわかっている。私が今回、アクチンのD-loop領域がループ構造をとっている構造(PDBID 2ZWH, Oda et al., 2009)と、D-loop領域の一部がαヘリックス構造をとっている構造(PDBID 1J6Z, Otterbein et al., 2001)を初期構造としてモデル構築したところ、D-loop領域がαヘリックス構造をとる方が、密度マップを良く説明する事がわかった。また、D-loop領域は、繊維軸方向のアクチンサブユニット間結合に寄与しなくなる事もわかった。このことから、コフィリンの結合によって、アクチン繊維の繊維軸方向のアクチンサブユニット同士をつなぐD-loopを介した結合が破壊され、D-loopはループ構造からαヘリックス構造へと構造相転移する事が強く示唆された。コフィリンの作用機構において、D-loopがαヘリックス構造をとる事に重要な意義がある可能性がある。また、少なくともコフィリンが結合した場合にはD-loopはαヘリックス構造をとりそうだとわかった事は、アクチン研究における進展である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

分解能が目標値に及んでいないが、電子顕微鏡撮影・単粒子解析・分子動力学法によるモデル構築という一連の流れは実施でき、これまでにない知見も得られた。分解能を向上させるための追加の電子顕微鏡写真の収集を既に行っており、その新しいデータを含めた計算を現在行っている。これまでに単粒子解析のアルゴリズム改良・モデル構築の試行錯誤は良く進められたため、新たな計算は比較的スムースに完了すると期待している。また、コフィリンの大量発現系の改善も行ったので、変異導入蛋白質実験実施の準備も進んだといえる。

今後の研究の推進方策

当初の研究計画通り、高分解能構造決定・変異導入蛋白質を用いた実験・分子シミュレーションによる計算機実験を行う。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2014

すべて 学会発表 (1件)

  • [学会発表] Structural analysis of the cofilin-decorated actin filament by cryo trans mission electron microscopy2014

    • 著者名/発表者名
      田中 康太郎
    • 学会等名
      平成25年度IGER年次報告会(名古屋大学 グリーン自然科学国際教育研究プログラムの報告会)
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2014-01-08

URL: 

公開日: 2015-07-15  

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