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2013 年度 実績報告書

PDIファミリー酵素による酸化的フォールディング中間体の認識機構とその生理的意義

研究課題

研究課題/領域番号 13J04030
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 多元物質科学研究所, 特別研究員(PD)

キーワードフォールディング / 小胞体 / ジスルフィド結合 / PDI / X線小角散乱 / 結晶構造解析 / ERp46 / Prx4
研究概要

近年 ER oxidoreductin 1 (Ero1)以外のprotein disulfide isomerase (PDI)酸化酵素が相次いで同定され、小胞体にはジスルフィド結合形成のための複数の酸化経路が複雑なネットワークを形成しているという新たな概念が確立されつつある。
我々は新規に見つかったPDI酸化酵素peroxiredoxin-4 (Prx4)を介したジスルフィド結合導入経路の同定と機能的役割の解明を目的として研究を進めた。その結果、Ero1はPDIを特異的に酸化するのに対し、Prx4はPDIファミリータンパク質のうちERp46とP5の酸化に特化した酸化酵素であることを明らかにした。これら異なる複数の酸化経路は、協同的かつ相乗的に酸化的フォールディングを促進することも明らかにした。さらにP5のチオレドキシンドメイン(Trx)とPrx4の活性部位システインを含むC末端tail領域の複合体の結晶構造によりPrx4によるチオレドキシンドメイン認識の詳細な分子機構が解明された(Scientific Reports 2013)。
ERp46は3つのTrxから成るが、このうちTrx1, Trx2のX線結晶構造をそれぞれ2.5Å, 0.95Åの分解能で決定し、X線小角散乱法によりERp46の全長構造のモデリングを行った結果、ERp46は他PDIファミリータンパク質にはみられない新規な「開いたV字構造」をとっていることが明らかにした。系統的な機能解析により、Prx4-ERp46経路は酸化的フォールディング初期におけるジスルフィド結合導入のステップを促進するのに対し、Ero1-PDI経路は酸化的フォールディング後期における中間状態から最終天然状態への移行ステップを促進することを見い出した。ERp46とPDIの異なる構造と機能的役割が明らかとなった(Structure 2014)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

Prx4がPDIファミリーの1つであるP5やERp46を選択的に酸化することを明らかにし、小胞体における複雑なジスルフィドネットワークの一端を解明した(Scientific Reports 2013)。ERp46の構造情報を得ることに成功し、PDIとの機能や構造の違いを明らかにし、ERp46によるジスルフィド導入機構を提唱するに至った(Structure 2014)。これら成果は本申請の年次計画より早い段階で成果報告に繋がっており、区分②の選択とした。

今後の研究の推進方策

今後、酵素間の認識機構の解明を目指した複合体の構造解析に着手する。さらに、PDIファミリーと基質フォールディング中間体の構造解析も並行して行う。手法としては、NMRや結晶構造解析、小角散乱を駆使したアプローチを予定通り行っていく。機能解析も概ね申請書通りの進行で問題ない。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Disulfide-mediated Peptide and Protein Folding2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Shimamoto, S., and Hidaka, Y.
    • 雑誌名

      Current Protocols in Protein Science

      巻: 76 ページ: 7.1-7.13.

    • DOI

      10.1002/0471140864.ps2807s76.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Radically different thioredoxin domain arrangement of ERp46, an efficie nt disulfide-bond introducer of the mammalian PDI family2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 22 ページ: 431-443

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.12.013.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemical Methods and Approaches to the Regioselective Formation of Multiple Disulfide Bond2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Current Protocols in Protein Science

    • DOI

      10.1002/0471140864.ps2808s76.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A pH-Dependent Conformational Change in a Soluble Extracellular Dom ain of Amyloid Precursor Protein2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 337-338

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Folding of de novo Peptide Regulated by Intra-molecular Chaperones2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 219-220

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synergistic cooperation of PDI family member proteins in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding2013

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 3 ページ: 2456

    • DOI

      10.1038/srep02456.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bisphenol A induces a conformational change in protein disulfide isomerase2013

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 331-332

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of disulfide bond formation in the bacterial periplasm and ER2013

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Life Science

      ページ: 1-11

    • DOI

      10.1002(2013)

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural basis for selective disulfide transfer from Prx4 to PDI family proteins.2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      The 10th G-COE international symposium and 7th young investigators forum
    • 発表場所
      Singapore, Singapore
    • 年月日
      2014-03-04
  • [学会発表] Structural basis of disulfide bond formation in the mammalian ER2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      231st IMEG seminars & Minisymposium Recent advances and future directions in high-speed AFM imaging of ATP/GTP-driven molecular machinery
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2014-02-20
    • 招待講演
  • [学会発表] Positively charged redox agents accelerate disulfide coupled protein folding2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      アメリカ生物物理学会
    • 発表場所
      California, USA
    • 年月日
      2014-02-16
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Folding of de novo Designed Precurs or Protein2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      アメリカ生物物理学会
    • 発表場所
      California, USA
    • 年月日
      2014-02-16
  • [学会発表] SOLUTION STRUCTURAL STUDIES OF SOLUBLE EXTRACELL ULAR DOMAIN OF AMYLOID PRECURSOR PROTEIN2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      The 12th Meeting of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      香港、中国
    • 年月日
      2013-12-08
  • [学会発表] A radically different thioredoxin domain arrangement explains the efficient catalysis of disulfide-bond introduction by the PDI family member, ERp462013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2013-12-04
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Protein Folding by A Positively Chareed Redox Agent2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      ペプチド討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-11-07
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Folding of de novo Designed Precurs or Protein2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      ペプチド討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-11-07
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質細胞外領域sAPPαの溶液構造"日本結晶学会2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2013-10-12
  • [学会発表] プロテオスタシス : 細胞内タンパク質の恒常性2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      細胞生物学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-06-20
    • 招待講演
  • [学会発表] PDI酸化酵素Prx4とPDIファミリータンパク質ERp46による新たなジスルフィド結合導入経路の構造基盤2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-14
  • [学会発表] 正電荷を有する酸化還元試薬によるジスルフィド結合含有蛋白質の立体構造形成反応の制御2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-13
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子内シャペロンの生理活性ペプチドのデザインへの応用と立体構造制御機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-12
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質の可溶性細胞外領域sAPPαのpH依存的構造変化2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-12
  • [学会発表] Solution Structural Studies of Soluble Extracellular Domain of Amyloid Precursor Protein2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      4th International Symposium on Diffraction Struc tural Biology
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-05-27
  • [学会発表] Structural basis of the newly identified disulfide-introducing pathway composed of Prx4 and ERp46.2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      NIH-Tohoku university-JSPS Symposium
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2013-05-10
  • [図書] 実験医学2014

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 出版者
      羊土社(印刷中)

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公開日: 2015-06-25  

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