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2015 年度 実績報告書

PDIファミリー酵素による酸化的フォールディング中間体の認識機構とその生理的意義

研究課題

研究課題/領域番号 13J04030
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 多元物質科学研究所, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードoxidative folding / PDI / SAXS / 高速AFM
研究実績の概要

小胞体には20種類以上ものPDIファミリータンパク質が存在し、それぞれが機能を分担することで小胞体中での酸化的フォールディングが効率よく進行すると考えられている。PDIは形や大きさ、ジスルフィド結合の本数が違う基質フォールディング中間体に働きかけることで、複数の基質に天然型ジスルフィド結合を導入することが知られるが、その分子認識における作用機序は明らかでない。そこで、PDIのX線小角散乱実験を行った結果、PDIの散乱プロファイルは結晶構造から見積もられた散乱プロファイルと一致せず、溶液構造は結晶構造と異なるドメイン配向をもつ可能性を示した。そこで高速AFMによるPDIの1分子動態解析を行った結果、酸化還元状態および基質の結合に依存したPDIの構造制御機構が明らかとなった。すなわち、酸化型のPDIは還元型に比べドメイン間の揺らぎが大きく、この揺らぎを利用してPDIが基質のフォールディングステージに応じて効率よく基質を捕獲し基質にジスルフィド結合を導入することが考えられる。興味深いことに数種のアンフォールド基質存在下において、PDIは基質のフォールディング状態を識別し、アンフォールド状態の基質が存在する時のみ二量体を形成することが本観測により初めて示された。これはPDIが単量体と二量体あるいはそれ以上の会合体の形成と解離を繰り返しており、PDI会合体が形成する空洞の疎水的かつジスルフィド交換反応性に富む環境において、効率的に多様な基質のフォールディングが促進されていると考える。動的光散乱から、変性基質存在下でPDIは二量体あるいはそれ以上の会合体を形成する一方、folded基質存在下でPDIは単量体であることから、PDIは基質のフォールディング状態をセンスし会合することがわかった。これは構造や機能が異なる複数の基質を認識するPDIの機能的役割と構造に関する全く新しい概念である。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2015

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Cysteines 208 and 241 in Ero1α are required for maximal catalytic turnover2015

    • 著者名/発表者名
      T. Ramming, S. Kanemura, M. Okumura, K. Inaba and C. Appenzeller-Herzog.
    • 雑誌名

      Redox Biology

      巻: 7 ページ: 14-20

    • DOI

      10.1016/j.redox.2015.11.004.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural Stability of Amyloid Fibrils Depends on the Existence of the Peripheral Sequence near the Core Cross-03B2 Region2015

    • 著者名/発表者名
      M. Saiki, K. Shiba, and M. Okumura.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 589 ページ: 3541-3547

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2015.10.015.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A PDI-catalyzed thiol/disulfide switch regulates the production of hydrogen peroxide by human Ero12015

    • 著者名/発表者名
      T. Ramming, M. Okumura, S. Kanemura, S. Baday, J. Birk, S. Moes, P. Jenö, S. Bernèche, K. Inaba and C. Appenzeller-Herzog
    • 雑誌名

      Free Radic Biol Med.

      巻: 83 ページ: 361-372

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.011.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] One-dimensional sliding of p53 along DNA is accelerated in the presence of Ca2+ or Mg2+ at millimolar concentrations2015

    • 著者名/発表者名
      A. Murata, Y. Ito, R. Kashima, S. Kanbayashi, K. Nanatani, C. Igarashi, M. Okumura, K. Inaba, T. Tokino, S. Takahashi, and K. Kamagata
    • 雑誌名

      J. Mol Biol.

      巻: 427 ページ: 2663-2678

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2015.06.016.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural and mechanistic basis of the PDI family members producing disulfides within the ER2015

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura, H. Kadokura, and K. Inaba.
    • 雑誌名

      Free Radic Biol Med.

      巻: 83 ページ: 314-322

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.010.

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 高速AFMが明らかにしたPDIによる基質の酸化的フォールディング触媒機構の解明2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、野井 健太郎、金村 進吾、秋山 修志、小椋 光、稲葉 謙次
    • 学会等名
      第38回 分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸市)
    • 年月日
      2015-12-04 – 2015-12-04
  • [学会発表] 小胞体におけるタンパク質の品質管理;酵素による基質触媒反応を活写する2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      関西学院大学、理工学部講演
    • 発表場所
      関西学院大学(三田市)
    • 年月日
      2015-11-30 – 2015-11-30
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体におけるタンパク質の品質管理2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      東海大学
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス(平塚市)
    • 年月日
      2015-11-17 – 2015-11-17
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-time monitoring of PDI-catalyzed oxidative protein folding by high-speed atomic force microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第53回 生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(金沢)
    • 年月日
      2015-09-14 – 2015-09-14
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-time monitoring of PDI-catalyzed oxidative protein folding by high-speed atomic force microscopy.2015

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura, K. Noi, S. Kanemura, S. Masui, T. Hikima, S. Akiyama, T. Ogura, and K. Inaba.
    • 学会等名
      ER&Redox Club Meeting
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 年月日
      2015-04-14 – 2015-04-14
    • 国際学会
  • [図書] 生物物理2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、金村 進吾、稲葉 謙次
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      ERp46とPDIの異なる構造と機能的役割

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公開日: 2016-12-27  

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