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2005 年度 実績報告書

蛋白質動的高次構造検出法の開発及びそれを用いた蛋白質構造・機能相関の解明

研究課題

研究課題/領域番号 14001004
研究機関大学共同利用機関法人自然科学研究機構(共通施設)

研究代表者

北川 禎三  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(共通施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (40029955)

研究分担者 水谷 泰久  神戸大学, 分子フォトサイエンス研究センター, 助教授 (60270469)
内田 毅  北海道大学, 理学研究科, 助手 (30343742)
キーワード蛋白質ダイナミクス / 共鳴ラマン分光 / 蛋白質高次構造 / アミロイド / 顕微赤外分光 / 紫外共鳴ラマン分光 / 時間今解共鳴ラマン / センサー蛋白
研究概要

本研究で用いた主たる方法論は時間分解共鳴ラマン分光法と顕微赤外分光法である。サブテーマとして掲げているのは、1)ピコ秒時間分解可視共鳴ラマン分光法による発色団の速い構造変化の検出、2)サブナノ秒時間分解紫外共鳴ラマン分光法による蛋白質高次構造変化の検出、3)レーザー温度ジャンプ法による蛋白質フォールディング/アンフォールディング、4)機能を軸とした新規分光法の開発、5)DNAフォトリアーゼによるDNA光修復過程の解明、6)蛋白質会合による高次構造変化とそのトリガーの顕微赤外分光法による検出である。2)、3)、5)、6)は岡崎で、1)、4)は神戸大学で実験しているが、1つの蛋白分子の動的構造と機能の相関を調べる場合には、ピコ秒領域の速い構造変化とナノ秒からミリ秒にかけて起こる遅い構造変化を合わせて考える必要があるので、1)と2)については同じ蛋白試料を岡崎と神戸の両方で測定する協力体制で研究を進めた。論文リスト中のヘモグロビンや可溶性グアニレートシクラーゼの一酸化炭素光解離過渡分子種の構造研究がそれに当る。4)では振動スペクトルのバンド形の時間変化を通じて蛋白質の構造揺らぎを検出する新しい視点に立つもので、ピコ秒の時間分解共鳴ラマンスペクトルを高いシグナル/ノイズ比で観測し、広幅化したバンドのどの部分が先に反応して消えていくかを見る"反応ホールバーニング"の手法を編み出し、ミオグロビンのFe-His伸縮振動に適用した。また6)では、β_2ミクログロブリンのアミロイド化をフーリエ変換赤外分光法で調べ、アミロイドフィブリルコアーの構造を議論した。特に#21-31ペプチドによるアミロイド化に関しては、^<13>C同位体ラベルアミノ酸でフィブリルを形成し、その残基がどの2次構造をとるかについて詳しい解析をした。研究は順調に進行している。

  • 研究成果

    (43件)

すべて 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (37件) 図書 (6件)

  • [雑誌論文] Intramolecular Arene Hydroxylation versus Intermolecular Olefin Epoxidation by (μ-η^2:η^2-Peroxo)dicopper(II) Complex Supported by Dinucleating Ligand2006

    • 著者名/発表者名
      T.MAMATSUMOTO
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 128

      ページ: 3874-3875

  • [雑誌論文] Sequential Reaction Intermediates in Aliphatic C-H Bond Functionalization Initiated by a Bis(μ-oxo)dinickel(III) Complex2006

    • 著者名/発表者名
      J.CHO
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry 45

      ページ: 2873-2885

  • [雑誌論文] Structural and Spectroscopic Characterization of (μ-Hydoxo or μ-Oxo)(μ-Peroxo)Diiron(II) Complexes : Models for Peroxo Intermediates of Non-Heme Diiron Proteins2005

    • 著者名/発表者名
      X.ZHANG
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 826-827

  • [雑誌論文] Reversible O-O Bond Cleavage and Formation of a Peroxo Moiety of a Peroxocarbonate Ligand Mediated by an Iron(III) Complex2005

    • 著者名/発表者名
      H.FURUTACHI
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 4550-4551

  • [雑誌論文] Synthesis and Reactivity of a (μ-1,1-Hydroperoxo)(μ-Hydroxo)Dicopper(II) Complex : Ligand Hydrowylation by a Bridging Hydroperox Ligand2005

    • 著者名/発表者名
      K.ITOH
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 5212-5223

  • [雑誌論文] Energy Funneling of 1R Photons Captured by Dendritic Antennae and Acceptor Mode Specificity : Anti-Stokes Resonance Raman Studies on Iron(III) Porphyrin Complexes with a Poly(Aryl Ether) Dendrimer Framework2005

    • 著者名/発表者名
      Y.J.MO
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 10020-10027

  • [雑誌論文] Structural Model of the Amyloid Fibril Formed by β_2-Microglobulin #21-31 Fragment Based on Vibrational Spectroscopy2005

    • 著者名/発表者名
      H.HIRAMATSU
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 7988-7989

  • [雑誌論文] Spectroscopic and Redox Properties of a CooA Homologue from Carboxydothermus Hydrogenoformans2005

    • 著者名/発表者名
      S.INAGAKI
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280

      ページ: 3269-3274

  • [雑誌論文] Structural Diversities of Active Site in Clinical Azole-Bound Forms between Sterol 14α-Demethylases (Cyp51s) from Human and MvcobacteriumTtuberculosis2005

    • 著者名/発表者名
      K.MATSUURA
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280

      ページ: 9088-9096

  • [雑誌論文] CU-Dependent Activity-Controlling Mechanism of Heme-Containing CO-Senser Protein, Neuronal PAS Domain Protein2005

    • 著者名/発表者名
      T.UCHIDA
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280

      ページ: 21358-21368

  • [雑誌論文] Resonance Raman Evidence or the Presence of Two Heme Pocket Conformations with Varied Activities in CO-Bound Bovine Soluble Guanylate Cyclase and Their Conversion2005

    • 著者名/発表者名
      Z.Q.LI
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 939-946

  • [雑誌論文] UV Resonance Raman Study of Model Complexes of the Cu_B Site of Cytochrome c Oxidase2005

    • 著者名/発表者名
      Y.NAGANO
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Structure 735-736

      ページ: 279-291

  • [雑誌論文] Stopped-Flow spectrophotometric and Resonance Raman Analyses of Aldoxime Dehydratase Involved in Carbon-Nitrogen Triple Bond Synthesis2005

    • 著者名/発表者名
      K.OINUMA
    • 雑誌名

      FEBS Letters 579

      ページ: 1394-1398

  • [雑誌論文] Interactions of Soluble Guanylate Cyclase with Diatomics as Probed by Resonance Raman Spectroscopy2005

    • 著者名/発表者名
      B.PAL
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Chemistry 99

      ページ: 1394-1398

  • [雑誌論文] Synthesis Characterization, and Thermal Stability of New Mononuclear Hydrogenperoxocopper(II) Complexes with N_3O-Type Tripodal Ligands Bearing Hydrogen-Bonding Interaction Sites2005

    • 著者名/発表者名
      S.YAMAGUCHI
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan 78

      ページ: 116-124

  • [雑誌論文] Spectroscopic Characterization of the Isolated Heme-Bound PAS-B Domain of Neuronal PAS Domain Protein 2 (NPAS2) Associated with Circadian Rhythms2005

    • 著者名/発表者名
      K.KOUDO
    • 雑誌名

      FEBS JOURNAL 272

      ページ: 4153-4162

  • [雑誌論文] Isotope Dilution Effects on the Hydroxyl Stretch Bands of Alcohols2005

    • 著者名/発表者名
      T.UEMURA
    • 雑誌名

      Molecular Physics 103

      ページ: 37-44

  • [雑誌論文] Quaternary Structures of Intermediately Ligated Hemoglobin and Influences from Strong Allosteric Effectors ; Resonance Raman Investigation2005

    • 著者名/発表者名
      S.NAGATOMO
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 89

      ページ: 1203-1213

  • [雑誌論文] Mechanism for Transduction of the Ligand-Binding Signal in Heme-Based Gas Sensory Proteins Reavealed by Resonance Raman Spectroscopy2005

    • 著者名/発表者名
      T.UCHIDA
    • 雑誌名

      Accounts of Chemical Research 38

      ページ: 662-670

  • [雑誌論文] Structural Characterization of the Proximal and Distal Histidine Environment of Cytoglobin and Neuroglobin2005

    • 著者名/発表者名
      H.SAWAI
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 13257-13265

  • [雑誌論文] Picosecond Structural Dynamics of Myoglobin following Photodissociation of Carbon Monoxide as Revealed by Ultraviolet Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy2005

    • 著者名/発表者名
      A.SATO
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 14709-14714

  • [雑誌論文] Structure and Dioxygen-Reactivity of Copper(I) Complexes Supported by Bis(6-methylpyridin-2-ylmethyl)amine Tridentate Ligands2005

    • 著者名/発表者名
      T.OSAKO
    • 雑誌名

      Dalton Transactions 21

      ページ: 3514-3521

  • [雑誌論文] Axial Ligand Substituted Nonheme Fe^<IV>=O complexes : Observation of Near-UV LMCT Bands and Fe=O Raman Vibrations2005

    • 著者名/発表者名
      C.V.SASTRI
    • 雑誌名

      Journal of American Chemical Society 127

      ページ: 12494-12495

  • [雑誌論文] Oxidizing Intermediates from the Sterically Hindered Salen Iron Complex Related to the Oxygen Activation by Nonheme Iron Enzymes2005

    • 著者名/発表者名
      T.KURAHASHI
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry 44

      ページ: 8156-8166

  • [雑誌論文] Biophysical Properties of a c-type Heme in Chemotaxis Signal Transducer Protein DcrA2005

    • 著者名/発表者名
      S.YOSHIOKA
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 15406-14513

  • [雑誌論文] Detection of the His-heme Fe^<2+>-NO Species in the Reduction of NO to N_2O by ba_3-oxidase from thermus thermophilus2005

    • 著者名/発表者名
      E.PINAKOULAKI
    • 雑誌名

      Journal of American Chemical Society 127

      ページ: 15161-15167

  • [雑誌論文] Excited State Property of Hardly Photodissociable Heme-CO Adduct Studied by Time-Dependent Density Functional Theory2005

    • 著者名/発表者名
      T.OHTA
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 109

      ページ: 21110-21117

  • [雑誌論文] Dynamic Ligation Properties of the Escherichia coli Heme Chaperone CcmE to Non-Covalently Bound Heme2005

    • 著者名/発表者名
      J.M.STEVENS
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 281

      ページ: 6144-6151

  • [雑誌論文] Discovery of a Reaction Intermediate of Aliphatic Aldoxime Dehydratase Involving Heme as an Active Center2005

    • 著者名/発表者名
      K.KONISHI
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103

      ページ: 564-568

  • [雑誌論文] ^<17>O NMR Study of Oxo Metalloporphyrin complexes correlation with Electronic Structure of M=O Moiety

    • 著者名/発表者名
      H.FUJII
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry (in press)

  • [雑誌論文] On the Relationship of Coral Allene Oxide Synthase to Catalase : a Single Active Site Mutation That Induces Catalase Activity in Coral Allene Oxide Synthase

    • 著者名/発表者名
      T.TOSHA
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society (in press)

  • [雑誌論文] Nonheme Iron(II) Complexes of Macrosyclic Ligands in the Generation of Oxoiron(IV) Complexes and the Catalytic Epoxidation of Olefins

    • 著者名/発表者名
      Y.SUH
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry (in press)

  • [雑誌論文] Evidence for displacements of the C-helix by CO ligation and DNA binding to CooA revealed by UV resonance raman spectroscopy

    • 著者名/発表者名
      M.KUBO
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry (in press)

  • [雑誌論文] Spectroscopic and Substrate Binding Properties of Heme-containing Aldoxime Dehydratases, OxdB and OxdRE

    • 著者名/発表者名
      K.KOBAYASHI
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry (in press)

  • [雑誌論文] Resonance Raman Enhancement of Fe(IV)O Stretch in High-valent Iron Porphyrin : An Insight from TD-DFT calculations

    • 著者名/発表者名
      P.M.KOZLOWSKI
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry (in press)

  • [雑誌論文] Characterization or a Biometallic-budging Intermediate in the Reduction of NO to N_2O : a Density Functional Study

    • 著者名/発表者名
      T.OHTA
    • 雑誌名

      Inorganic Chemisty (in press)

  • [雑誌論文] Raman Evidence for Specific Substrate-induced Structual Changes in the Heme Pocket of Human Cytochrome P450 Aromatase during the Three Consecutive Oxigen Activation Step

    • 著者名/発表者名
      T.TOSHA
    • 雑誌名

      Biochemistry (in press)

  • [図書] Journal of Inorganic Biochemistry "Interactions of Soluble Guanylate Cyclase with Diatomics as Probed by Resonance Raman Spectroscopy"2005

    • 著者名/発表者名
      B.PAL
    • 総ページ数
      267-279(3)
    • 出版者
      ELSEVIER
  • [図書] Biochemical society Transactions "Covalent Cofactor Attachment to Proteins : Cytochrome c Biogenesis"2005

    • 著者名/発表者名
      J.M.STEVENS
    • 総ページ数
      792-795(4)
    • 出版者
      Portland Press
  • [図書] Accounts of Chemical Research "Mechanism for Transduction of the Ligand-Binding Signal in Heme-Based Gas Sensory Proteins Reavealed by Resonance Raman Spectroscopy"2005

    • 著者名/発表者名
      T.UCHlDA
    • 総ページ数
      758-769(2)
    • 出版者
      American Chemical Society
  • [図書] Inorganic Chemisty "Resonance Raman Investigation on the specific Sensing Mechanism of a Target Molecule by Gas Sensory Proteins"2005

    • 著者名/発表者名
      T.OHTA
    • 総ページ数
      758-769(12)
    • 出版者
      American Chemical Society
  • [図書] Biochimica et Biophysica Acta "FT-IR Approaches on Amyloid Fibril Structure"2005

    • 著者名/発表者名
      H.HIRAMATSU
    • 総ページ数
      100-107(8)
    • 出版者
      ELSEVIER
  • [図書] 化学と工業「チトクロムcの合成におけるヘムシャペロン(CcmE)の役割」2005

    • 著者名/発表者名
      内田 毅
    • 総ページ数
      503(1)
    • 出版者
      日本化学会

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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