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脊椎動物とホヤのPax1/9遺伝子の転写制御機構を比較して、Pax1/9の硬節での新しい発現とシスエレメントの進化を結びつけることを目指した。まず、カタユウレイボヤCiona intestinalisのPax1/9遺伝子の転写制御に関しては、鰓裂の発現に関わる4つのシスエレメントを同定した。このうち二つの強い活性をもつエレメントに関しては、その塩基配列に近縁種のC.savignyiとの間に類似性が検出された。メダカのPax1、Pax9について、他の脊椎動物と同様に鰓裂と硬節で発現していることを確認した。Pax1の第一イントロンと上流3kbを含む領域には活性が見られないようなので、BACクローンを単離してさらに上流を調べている。またゲノム情報の公開されているフグについてPax1の上流約7kbのメダカにおける活性を調べたところ、鰓及び硬節での発現が活性化された。このフグとメダカのシス領域の塩基配列の比較からトランスの因子の推定も行っていく。骨芽細胞や軟骨細胞の分化に関わるscleraxis、Sox9、CBFA1に関して、ホヤから遺伝子を単離し、これらがホヤでプロトタイプのような遺伝子の関係性を有していたかについて調べた。
これらのホヤでの発現を調べたところ、scleraxisは胚の筋肉細胞で、CBFA1は幼若個体の血球で発現していることがわかった。Sox9の発現についても、変態中に消化管の後方で発現が見られることまでは明らかにでき、どのタイプの細胞科について現在検討している。いずれにしても、これら3つの遺伝子が関連した発現をしているわけではないので、脊椎動物で新しく骨形成や軟骨形成にリクルートされたと考えられる。
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