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DNAコンピューティング技術を用いて、マルチプレックスのSNPタイピングおよび遺伝子発現解析を行う方法と、それらのパターンを直接判定する方法を開発した。SNPタイピング解析については、Taq DNAリガーゼを用いた特異性の高いエンコード反応と、非対称PCRを用いて同時に増幅とデコードを行う反応を開発した。その方法を、40のゲノムDNA検体を用いた28個のSNPのマルチプレックスタイピングに対して適用した結果、多型が見られなかった1個のSNAPを除くすべてのSNAPでゲノタイプが正確に決定され、高い成功率でSNAタイピングができることがわかった。28個のSNPは、ヒト五番染色体上の1L-4、1L-13遺伝子を含む500kbの領域からランダムに選択した。遺伝子発現解析については、定量性の高い解析を実現するために、規格化エンコード法を開発した。DNAコンピューティング技術を用いたこれまでの発現解析法は、エンコード効率が一様でないために、十分に正確なcDNAの定量牽行うことができなかった。同じ融解温度をもつ100個の標的DNAオリゴのエンコード効率を調べたところ、その効率は標的オリゴによって異なるが標的オリゴの濃度には比例することがわかった。この事実に基づいて、標的遺伝子同定配列をもつDNAオリゴを等量ずつ混ぜた参照試料からのシグナルを用いて、エンコード効率の非一様性を上手く補正した。規格化エンコード法を、0.1pMから10pMの濃度をもつDNAオリゴ混合物の定量と、酵母およびヒトの培養細胞から抽出した1μgのtotal RNAから調製したcDNAの定量に適用した結果、qPCRと同程度に正確な定量を、qPCRより高い並列性で行えることがわかった。cDNAの定量の結果は、市販されているDNAマイクロアレイやDNAチップよりも、qPCRによる定量結果と高い相関を示した。
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