2002 年度実績報告書

SNPの数理解析とSNP利用研究のための新規統計解析手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号	14013016
研究機関	東京大学
研究代表者	大橋順東京大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (80301141)
キーワード	SNP / 連鎖不平衡 / 関連解析 / 統計検定 / ゲノムワイド連鎖不平衡検定 / サンプルサイズ / 検出力 / 感受性変異マッピング
研究概要	本研究の目的は、SNPマーカーを用いたgenome-wide screeningおよびcandidate gene approachにおける統計学上の問題点を分析し、common diseaseの感受性遺伝子を効率的に探索するためのガイドラインの作成(マーカーの選択や配置も含む)および統計解析手法の開発を行なうことであった。さらに、歴史的背景の異なる複数のアジア人集団およびオセアニア集団を対象にDNAタイピングを行い、連鎖不平衡の理論予測と現実のデータとを比較し、理論予測の妥当性についても評価することを計画した。 SNPマーカーを用いて疾患感受性変異の同定を目的とするgenome-wide screeningにおいて、感受性変異を同定する検出力の計算を行った。世代の経過とともに減衰する連鎖不平衡強度を考慮することで、SNPマーカー配置の最適戦略を立てることが可能となった(成果は国際誌に報告した)。2遺伝子座2対立遺伝子モデルの理論的な考察を行ない、連鎖の強い2SNP間で期待される連鎖不平衡の期待強度の計算を行なった。その結果をコンピュータシミュレーションによって確認したが、理論予測値に比して大きな標準誤差を伴うことが明らかとなった(成果は平成14年度日本人類遺伝学会大会において報告した)。さらに、連鎖不平衡の程度を実在集団において検討すべく、11番染色体単腕テロメア近傍の170kbにおよぶ領域のSNP探索を行い、115SNPを検出し、64人に対して検出された全てのSNPタイピングを行った。また、IL13遺伝子約7kbのスクリーニングを行ったところ、-1055C>T多型を見出し、当該SNPと重症マラリア抵抗性との間に関連が見出された(成果は国際誌に報告した)。

研究成果

(6件)

すべてその他

すべて文献書誌 (6件)

[文献書誌] Omi K et al.: "CD36-polymorphicm is associated with protection from cerebral malaria"American Journal of Human Genetics. 72. 364-374 (2003)
[文献書誌] Ohashi J, Tokunaga K: "The expected power of genome-wide linkage disequilibrium testing using single nucleotide polymorphism markers for detecting a low-frequence disease variant"Annals of Human Genetics. 66. 297-306 (2002)
[文献書誌] Ohashi J et al.: "Significant association of longer forms of CCTTT microsatellite repeat in inducible nitric oxide synthase (iNOS) promoter with severe malaria in Thailand"Journal of Infectious Diseases. 186. 578-581 (2002)
[文献書誌] Ohashi J et al.: "A single nucleotide substitution from C to T at position -1055 in the IL-13 promoter is associated with protection from severe malaria in Thailand"Genes and Immunity. (in press).
[文献書誌] Omi et al.: "Fcγ receptor IIA and IIIB polymorphisms are associated with susceptibility to cerebral malaria"Parasitology International. 51. 361-366 (2002)
[文献書誌] Omi et al.: "Absence of Association between the Fcγ receptor IIIA-176F/V Polymorphism and the Severity of Malaria in Tha"Japanese Journal of Infectious Diseases. 55. 167-169 (2002)

2002 年度 実績報告書

SNPの数理解析とSNP利用研究のための新規統計解析手法の開発

研究代表者

大橋 順 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (80301141)

研究成果

[文献書誌] Omi K et al.: "CD36-polymorphicm is associated with protection from cerebral malaria"American Journal of Human Genetics. 72. 364-374 (2003)

[文献書誌] Ohashi J, Tokunaga K: "The expected power of genome-wide linkage disequilibrium testing using single nucleotide polymorphism markers for detecting a low-frequence disease variant"Annals of Human Genetics. 66. 297-306 (2002)

[文献書誌] Ohashi J et al.: "Significant association of longer forms of CCTTT microsatellite repeat in inducible nitric oxide synthase (iNOS) promoter with severe malaria in Thailand"Journal of Infectious Diseases. 186. 578-581 (2002)

[文献書誌] Ohashi J et al.: "A single nucleotide substitution from C to T at position -1055 in the IL-13 promoter is associated with protection from severe malaria in Thailand"Genes and Immunity. (in press).

[文献書誌] Omi et al.: "Fcγ receptor IIA and IIIB polymorphisms are associated with susceptibility to cerebral malaria"Parasitology International. 51. 361-366 (2002)

[文献書誌] Omi et al.: "Absence of Association between the Fcγ receptor IIIA-176F/V Polymorphism and the Severity of Malaria in Tha"Japanese Journal of Infectious Diseases. 55. 167-169 (2002)

2002 年度実績報告書

大橋順東京大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (80301141)