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2006 年度 研究成果報告書概要

ミトコンドリア翻訳系の特異な分子間ネットワークと機能特性

研究課題

研究課題/領域番号 14035206
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所 (2004-2006)
東京大学 (2002-2003)

研究代表者

渡辺 公綱  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究センター長 (00134502)

研究分担者 岡田 典弘  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (60132982)
鈴木 勉  東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教授 (20292782)
研究期間 (年度) 2002 – 2006
キーワードミトコンドリア / tRNA / EF-Tu / EF-G / リボソーム / 線形動物 / アミノアシルtRNA合成酵素 / 修飾塩基
研究概要

動物ミトコンドリアの遺伝情報翻訳システムは通常の原核生物のシステムと比較して、次のような顕著な特徴を持っている。(1)線形動物ミトコンドリアではTアームの欠けたtRNAとそれを認識するC末の長い特異的な翻訳因子EF-Tuが存在する。(2)生物種によらずどんなtRNAをも認識するアミノアシルtRNA合成酵素が存在する。(3)RNAと蛋白質の含量比が大腸菌のものと逆転しているが(大腸菌では2:1、ミトコンドリアでは1:3)、機能的には等価なリボソームからなる。これら諸分子の分子間ネットワークの解析を通して、生命現象の根幹をなす翻訳システムの構築原理を解明することを目的として研究を行い、以下の結果を得た。
(1)線形動物ミトコンドリアでは、Tアームの欠けたセリルtRNAを認識するEF-T1と、Dアームの欠けたセリルtRNAを認識するEEF-Tu2とが存在する。EF-Tu1はtRNAの構造のみならず、tRNAに結合したセリン残基をも認識する。この識別に関わるアミノ酸残基も特定した。またTアーム欠失tRNAに共通に存在するm^1A9も結合に必須である。
(2)ミトコンドリア・セリルtRNA合成酵素(SerRS)は構造の全く異なる2種類のセリンtRNAを認識する。この酵素は、大腸菌の酵素と全体の構造は極めて類似するが、N末にαヘリックス領域、C末にテイル領域という余分な領域をもつ。これらが特にDステムを欠くセリンtRNAに決定的な役割をもつ。構造の全く異なる2種類のセリンtRNAの認識に関与するアミノ酸残基に明確な相違が見られたことから、この酵素は2つのtRNAを異なる様式で結合する(dual mode recognition)。
(3)ミトコンドリア(mt)EF-Gは大腸菌リボソーム上で機能するが、大腸菌EF-Gはミトコンドリア・リボソーム上では機能せず、それはストーク蛋白質L7/L12にのみ由来することを明らかにした。

  • 研究成果

    (56件)

すべて 2006 2005 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (40件) (うち査読あり 24件) 学会発表 (10件) 図書 (6件)

  • [雑誌論文] Temperature-dependent biosynthesis of 2-thioribothymidine of Thermus thermophilus tRNA2006

    • 著者名/発表者名
      N. Shigi
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 281

      ページ: 2104-2113

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of two tRNA・thiolation genes required for cell growth at extremely high temperatures2006

    • 著者名/発表者名
      N. Shigi
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 281

      ページ: 14296-14306

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A protein extension to shorten RNA : elongated elongation factor-Tu recognizes the D・arm of T・armless tRNAs in nematode mitochondria2006

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      Biochemical J. 399

      ページ: 249-256

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the residues involved in the unique serine specificity of Caenorhabditis elegans mitochondrial EF-Tu22006

    • 著者名/発表者名
      A. Sato
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 10920-10927

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of two tRNA-thiolation genes required for cell growth at extremely high temperatures2006

    • 著者名/発表者名
      N. Shigi
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 281

      ページ: 14296-14306

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A protein extension to shorten RNA: elongated elongation factor-Tu recognizes the D-arm of T-armless tRNAs in nematode mitochondria2006

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      BiochemicalJ. 399

      ページ: 249-256

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Mitochondria-specific RNA-modifying enzymes responsible for the biosynthesis of the wobble base in mitochondrial tRNAs : Implications for the molecular pathogenesis of human mitochondrial diseases.2005

    • 著者名/発表者名
      N. Umeda
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 280

      ページ: 1613-1624

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modification at position g with 1-methyladenosine is crucial for structure and function of nematode mitochondrial tRNAs lacking the entire T-arm.2005

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 33

      ページ: 1653-1661

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unusual usage of wobble modifications in mitochondrial tRNAs of the nematode Ascaris suum2005

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      FEBS lett. 579

      ページ: 2767-2772

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Wobble modification deficiency in mutant tRNAs in patients with mitochondrial diseases2005

    • 著者名/発表者名
      T. Yasukawa
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 579

      ページ: 2948-2952

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dual Mode Recognition of Noncanonical tRNAsSer by Seryl-tRNA Synthetase in Mammalian Mitochondria2005

    • 著者名/発表者名
      S. Chimnaronk
    • 雑誌名

      EMBO J. 24

      ページ: 3369-3379

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antibiotic susceptibility of mammalian mitochondrial translation2005

    • 著者名/発表者名
      L. Zhang
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 579

      ページ: 6423-6427

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondria-specific RNA-modifying enzymes responsible for the biosynthesis of the wobble base in mitochondrial tRNAs: Implications for the molecular pathogenesis of human mitochondrial diseases2005

    • 著者名/発表者名
      N. Umeda
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 280

      ページ: 1613-1624

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Modification at position 9 with 1-methyladenosine is crucial for structure and function of nematode mitochondrial tRNAs lacking the entire T-arm.2005

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 33

      ページ: 1653-1661

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Unusual usage of wobble modifications in mitochondrial tRNAs of the nematode Ascaris suum2005

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      FEBS left. 579

      ページ: 2767-2772

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Wobble modification deficiency in mutant tRNAs in patients with mitochondrial diseases2005

    • 著者名/発表者名
      T. Yasukawa
    • 雑誌名

      FEBS lett. 579

      ページ: 2948-2952

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Dual Mode Recognition of Noncanonical tRNAsSer by SeryHRNA Synthetase in Mammalian Mitochondria2005

    • 著者名/発表者名
      S. Chimnaronk
    • 雑誌名

      EMBO J. 24

      ページ: 3369-3379

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Antibiotic susceptibility of mammalian mitochondrial translation2005

    • 著者名/発表者名
      L. Zhang
    • 雑誌名

      FEBS lett. 579

      ページ: 6423-6427

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Yeast Nfslp is involved in thio-modification of both mitochondrialand cytoplasmic tRNAs.2004

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakai
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 279

      ページ: 12363-12368

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The pathogenic A4269G mutation in human mitochondrial tRNAIlealters the T・stem structure and decreases the binding affinity of elongation factor Tu2004

    • 著者名/発表者名
      N. Hino
    • 雑誌名

      Genes Cells 9

      ページ: 243-252

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional compatibility of elongation factors between mammalian mitochondrial and bacterial ribosomes : Characterization of GTPase activity and translation elongation by hybrid ribosomes bearing heterologous L7/12 proteins2004

    • 著者名/発表者名
      M. Terasaki
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 336

      ページ: 331-342

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Codon-specific translational defect caused by a wobble modification deficiency inmutant tRNA from a human mitochondrial disease2004

    • 著者名/発表者名
      Y. Kirino
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101

      ページ: 15070-15075

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Glimpses of transitions from the RNA world to the RNP world in protein compensation for RNA deficit in animal mitochondrial translation systems.2004

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 雑誌名

      Endocytobiosis Cell Res. 15

      ページ: 110-122

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The pathogenic A4269G mutation in human mitochondrial tRNAIle alters the T-stem structure and decreases the binding affinity of elongation factor Tu2004

    • 著者名/発表者名
      N. Hino
    • 雑誌名

      Genes Cells 9

      ページ: 243-252

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Functional compatibility of elongation factors between mammalian mitochondrial and bacterial ribosomes: Characterization of GTPase activity and translation elongation by hybrid ribosomes bearing heterologous L7/12 proteins2004

    • 著者名/発表者名
      M. Terasaki
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 336

      ページ: 331-342

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Codon-specific translational defect caused by a wobble modification deficiency in mutant tRNA from a human mitochondrial disease2004

    • 著者名/発表者名
      Y. Kirino
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101

      ページ: 15070-15075

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Wobble modification defferences and subcellular lacalization of tRNA in Leishmania tarentolal2003

    • 著者名/発表者名
      T. Kaneko
    • 雑誌名

      EMBO. J. 22

      ページ: 657-667

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] S-peptide as a potent peptidyl linker for protein crosslinking by microbial transglutaminase from Streptomyces mobaraensis.2003

    • 著者名/発表者名
      N. Kamiya
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chemistry 14

      ページ: 351-357

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An RNA-modifying enzyme that governs both the codon and amino acid specificities of isoleucine tRNA.2003

    • 著者名/発表者名
      A. Soma
    • 雑誌名

      Mol. Cell 12

      ページ: 689-698

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quick two-step RNA ligation employing periodate oxidation.2003

    • 著者名/発表者名
      S. Kurata
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 31

      ページ: e145

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Wobble modification differences and subcellular lacalization of tRNA in Leishmania tarentolal2003

    • 著者名/発表者名
      T. Kaneko
    • 雑誌名

      EMBO. J. 22

      ページ: 657-667

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Characterization of the interaction between the nucleotide exchange fact or from nematode mf.2002

    • 著者名/発表者名
      T. Ohtsuki
    • 雑誌名

      Nucl. Acids. Res. 30

      ページ: 1-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Taurine aw a constituent of mitochondrial tRNAs2002

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 雑誌名

      EMBO. J. 21

      ページ: 6581-6589

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Wobble modification defect suppresses translational activity of tRNA from MERRF and MELAS.2002

    • 著者名/発表者名
      T. Yasukawa
    • 雑誌名

      Mitochondrian 2

      ページ: 129-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A unique serine-specific elongation factor Tu found in nematode mitochondria2002

    • 著者名/発表者名
      T. Ohtsuki
    • 雑誌名

      Nature Str. Biol. 9

      ページ: 669-672

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The minimal tRNA : unique structure of Ascaris suum mitochondrial tRNA SerUCU2002

    • 著者名/発表者名
      T. Ohtsuki
    • 雑誌名

      FEBS Letters. 514

      ページ: 37-43

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the interaction between the nucleotide exchange factor from nematode mf.2002

    • 著者名/発表者名
      T. Ohtsuki
    • 雑誌名

      Nucl. Acids. Res. 30

      ページ: 1-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Wobble modification defect suppresses translational activity of tRNA from MERRF and MELAS.2002

    • 著者名/発表者名
      T. Yasukawa
    • 雑誌名

      Mitochoiidrian 2

      ページ: 129-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The minimal tRNA: unique structure of Ascaris suum mitochondrial tRNA SerUCU2002

    • 著者名/発表者名
      T. Ohtsuki
    • 雑誌名

      FEBS Letters. 514

      ページ: 37-43

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Yeast Nfslp is involved in thio-modification of both mitochondrial and cytoplasmic tRNAs.

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakai
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 279

      ページ: 12363-12368

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [学会発表] Discovery of Modified Nucleosades : The Early Days2005

    • 著者名/発表者名
      渡辺 公綱
    • 学会等名
      第21回 tRNAワークショップ
    • 発表場所
      インド科学研究所(インド)
    • 年月日
      2005-12-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] Discovery of Modified Nucleosades : The Early Days2005

    • 著者名/発表者名
      K. Watanabe
    • 学会等名
      The 21st tRNA Workshop
    • 発表場所
      Science Research Institute of India
    • 年月日
      2005-12-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [学会発表] RNA研究の新しい展開2004

    • 著者名/発表者名
      渡辺 公綱
    • 学会等名
      第一回びわ湖バイオ国際セミナー「ゲノムから産業へ」
    • 発表場所
      長浜ロイヤルホテル
    • 年月日
      2004-12-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] New development of RNA research2004

    • 著者名/発表者名
      K. Watanabe
    • 学会等名
      The first Lake Biwa Biointernational seminor
    • 発表場所
      Nagahama Royal Hotel
    • 年月日
      2004-12-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [学会発表] ウシ・ミトコンドリアのセリルtRNAシンセターゼのTRNAに対する二重認識機構2004

    • 著者名/発表者名
      渡辺 公綱
    • 学会等名
      ARS2004国際会議
    • 発表場所
      ソウル国際大学(韓国)
    • 年月日
      2004-07-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] Dual mode recognition mechanism of bovine mitochondrial seryl-tRNA synthetase toward tRNA2004

    • 著者名/発表者名
      K. Watanabe
    • 学会等名
      ARS2004 International Meeting
    • 発表場所
      Seoul International University
    • 年月日
      2004-07-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [学会発表] 哺乳動物ミトコンドリア翻訳システムのユニークな特徴2004

    • 著者名/発表者名
      渡辺 公綱
    • 学会等名
      Fritz-Cramer博士記念シンポジウム
    • 発表場所
      マックスプランク研究所(ドイツ)
    • 年月日
      2004-07-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] Unique characteristics of bovine mitochondrial translation system2004

    • 著者名/発表者名
      K. Watanabe
    • 学会等名
      International symposium in commemoration of the late Fritz Cramer
    • 発表場所
      Max PlanckInstitut fur Experimentelle Medizi(Germany)
    • 年月日
      2004-07-02
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [学会発表] Caracteristic features of mammalian mitochondrial translation systems and functional equivalency of mitochondrial tRNA and translation factors to E. coli counterparts.2003

    • 著者名/発表者名
      渡辺 公綱
    • 学会等名
      開設記念国際シンポジウム(愛媛大学無細胞生命科学工学研究センター)
    • 発表場所
      松山全日空ホテル
    • 年月日
      2003-05-16
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [学会発表] Caracteristic features of mammalian mitochondrial translation systems and functional equivalency of mitochondrial tRNA and translation factors to E. coli counterparts.2003

    • 著者名/発表者名
      K. Watanabe
    • 学会等名
      International Symposium to commemorate opening of Cell-free Science
    • 発表場所
      Matsuyama All Nippon Airway hotel
    • 年月日
      2003-05-16
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] 蛋白質核酸酵素「遺伝暗号の普遍性と進化的変遷」2006

    • 著者名/発表者名
      渡辺公綱,鈴木勉
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      共立出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] Protein, Nucleic Acids and Enzyme Universality and evolutional deviation of the genetic code2006

    • 著者名/発表者名
      Kimitsuna Watanabe, Tsutomu Suzuki
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      Kyouritu Shuppan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] RNA修飾異常と疾患/細胞工学(9月号)2003

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉,桐野陽平,渡辺公綱
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      秀潤社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] 生命化学II・遺伝子の働きとその応用2003

    • 著者名/発表者名
      渡辺公綱,姫野俵太
    • 総ページ数
      255
    • 出版者
      丸善
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] Human diseases in association with RNA modification disorder (Cell Technology (September issue))2003

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki, Youhei Kirino, Kimitsuna
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      Shu-iunsha
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] Life Chemistry II-Gene function and its application2003

    • 著者名/発表者名
      Kimitsuna Watanabe, Hyouta Himeno
    • 総ページ数
      255
    • 出版者
      Maruzen
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2010-06-09  

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