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2005 年度 実績報告書

分子プログラミング

研究課題

研究課題/領域番号 14085101
研究機関東京大学

研究代表者

萩谷 昌己  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)

研究分担者 塩谷 光彦  東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (60187333)
陶山 明  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90163063)
横森 貴  早稲田大学, 教育学部, 教授 (60139722)
山村 雅幸  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (00220442)
小野 治  明治大学, 理工学部, 教授 (50130802)
キーワードDNAコンピュータ / 生態生命情報学 / 自己組織化 / ナノバイオ / バイオテクノロジー
研究概要

分子コンピューティングは,特にDNA等の生体分子が潜在的に持っている計算能力を引き出し,計算能力を有する分子システムを構築することを目標としている.本特定領域「分子プログラミング」は,従来の分子コンピューティング研究を発展させるとともに,分子コンピューティングを実現するためのシステマティックな設計論を確立することを目指している.特に本年度は,本特定領域をさらに発展させるために,「DNAに基づく計算論的ナノテクノロジー」および「構成的生物学」という二つの大きな研究方向と,それらを先導する「新たしい計算モデル」およびそれらの設計を支える「分子プログラミング技術」という研究方向を明確にした.これらの方向を実現するために,昨年度までの「抽象分子計算系」と「実証分子計算系」の2研究項目,5計画研究に,新たに2計画研究を加え,これらを「応用分子計算系」と名づけた.これらの計画研究は,個別技術の研究を行い応用分野への貢献を目指している.以上の計画研究間を含む領域全体の連携をはかるために,およそ月に1回のペースで全体会合を行って来た.全体会合では,各分担者の研究の進捗状況を報告するとともに,ほぼ毎回,関連する分野の著名な研究者を招待して講演を依頼した.特に夏季セミナーを北大で開催し計画研究間の交流を諮った(2005年8月3-4日).また,関連の深い横森班,山下班,萩谷班が中心となって理論系研究会を開催した.FIT2005においては,本特定領域の研究を中心に,チュートリアル「分子計算のしくみ」を企画実施した(2005年9月9日).さらに年度末には,年次成果報告のための公開シンポジウムを開催した(2006年3月10日).また,ソウル大学で行われた日韓中のワークショップに多くの班員が参加した(2005年9月28-29日).

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (17件)

  • [雑誌論文] DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architecture into molecular computing2006

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      BioSystems Vol.83, No.1

      ページ: 18-25

  • [雑誌論文] データマイニング技術を用いた組換えタンパク質の発現量解析2006

    • 著者名/発表者名
      吉良聡, 礒合敦, 山村雅幸
    • 雑誌名

      人工知能学会誌 Vol.21, No.1

      ページ: 481-491

  • [雑誌論文] Computing with Hairpins and Secondary Structures of DNA2005

    • 著者名/発表者名
      Masami Hagiya, Satsuki Yaegashi, Keiichiro Takahashi
    • 雑誌名

      Nanotechnology : Science and Computation, Natural Computing Series, Springer

      ページ: 293-308

  • [雑誌論文] Minimum Basin Algorithm : An Effective Analysis Technique for DNA Energy Landscapes2005

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Kubota, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing : 10^<th> International Workshop on DNA Computing, DNA10, Lecture Notes in Science Vol.3384

      ページ: 202-214

  • [雑誌論文] Photo- and Thermoregulation of DNA Nanomachines2005

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Takahashi, Satsuki Yaegashi, Hiroyuki Asanuma, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA11, Eleventh International Meeting on DNA Based Computers, Preliminary Proceedings

      ページ: 147-156

  • [雑誌論文] Chain Reaction Systems Based on Loop Dissociation of DNA2005

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Takahashi, Satsuki Yaegashi, Atsushi Kameda, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA11, Eleventh International Meeting on DNA Based Computers, Preliminary Proceedings

      ページ: 343-353

  • [雑誌論文] A simple classifications of the volvocine algae by formal languages2005

    • 著者名/発表者名
      H.Yoshida, T.Yokomori, A.Suyama
    • 雑誌名

      Bull.Math.Biol. 67

      ページ: 1339-1354

  • [雑誌論文] DigiTag assay for multiplex single nucleotide polymorphism typing with high success rate2005

    • 著者名/発表者名
      N.Nishida, T.Tanabe, K.Hashido, K.Hirayasu, M.Takasu, A.Suyama, K.Tokunaga
    • 雑誌名

      Anal.Biochem. 346

      ページ: 281-288

  • [雑誌論文] Methods for manipulating DNA molecules in a micrometer scale using optical techniques2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura, T.Kawakami, F.Sumiyama, S.Irie, A.Suyama, J.Tanida
    • 雑誌名

      Lect.Notes Comput.Sc. 3384

      ページ: 258-267

  • [雑誌論文] Control of DNA molecules on a microscopic bead using optical techniques for photonic DNA memory2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura, T.Beppu, M.Takinoue, A.Suyama, J.Tanida
    • 雑誌名

      Preliminary proceedings of DNA 11(A.Carbone, M.Daley, L.Kari, I.McQuillan, N.Pierce, Eds.,)

      ページ: 78-88

  • [雑誌論文] DNAコンピュータ制御コードの最適化2005

    • 著者名/発表者名
      阿部正佳, 萩谷昌己, 瀬川修
    • 雑誌名

      日本ソフトウェア科学会第22回大会論文集

  • [雑誌論文] A Retargetable Code Generator for the Genetic Intermediate Language in COINS2005

    • 著者名/発表者名
      Seika Abe, Masami Hagiya, Ikuo Nakata
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Programming Vol.46, No.SIG14

      ページ: 12-29

  • [雑誌論文] Two mappings to unify melocular computing models based on DNA complementarity2005

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Onodera, Takashi Yokomori
    • 雑誌名

      Proceedings of 11th International Meeting on DNA Based Computers, London, Ontario

      ページ: 139-150

  • [雑誌論文] 分子強化学習の実現に関する研究2005

    • 著者名/発表者名
      新野 賢央, 山村 雅幸
    • 雑誌名

      計測自動制御学会 第32回知能システムシンポジウム 資料集

      ページ: 333-338

  • [雑誌論文] アクエアスコンピューティングのスケールアップ2005

    • 著者名/発表者名
      山村 雅幸, 清尾 康志, 藤本 健造
    • 雑誌名

      計測自動制御学会 第32回知能システムシンポジウム資料集

      ページ: 339-344

  • [雑誌論文] Predicting the Expression Levels of Recombinant Protein by using Reinforcement Learning2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kira, Masayuki Yamamura, Seiki Kuramitsu
    • 雑誌名

      Proc.of the 8th IASTED International Conference on Intelligence Systems and Control (ISC2005)

      ページ: 471-476

  • [雑誌論文] 分子コンピューティングの現状と新展開2005

    • 著者名/発表者名
      山村雅幸, 萩谷昌己
    • 雑誌名

      日本建築学会第28回情報・システム・利用・技術シンポジウム論文集

      ページ: 286-293

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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