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2007 年度 実績報告書

分子プログラミング

研究課題

研究課題/領域番号 14085101
研究機関東京大学

研究代表者

萩谷 昌己  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)

研究分担者 有川 節夫  九州大学, 理事(研究職), 教授 (40037221)
小林 重信  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (40016697)
米澤 明憲  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (00133116)
佐藤 雅彦  京都大学, 大学院・情報学研究科, 教授 (20027387)
小長谷 明彦  独立行政法人理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, プロジェクトディレクター (00301200)
キーワードDNAコンピュータ / 生体生命情報学 / 自己組織化 / ナノバイオ / バイオテクノロジー
研究概要

本研究領域「分子プログラミング」の研究成果の公開を促進するとともに、領域の研究をさらに発展させるために、以下のような活動を行った。1.前年度までと同様に定例研究会を開催した。具体的に、2007年5月10日、2007年6月29日、2007年8月3日(夏季セミナー)、2007年10月1日、2007年11月19日、2007年12月20日、2008年1月4日の7回にわたって開催した。これらの定例研究会は公開として領域の研究成果の公表に努めるとともに、領域の旧メンバーのさらなる研究交流をはかり、具体的な共同研究の検討の場として活用した。今年度は以上に加えて、領域の研究分野の今後の発展方向に関する議論の場を提供した。また、定例研究会の他にも、人工知能学会ナチュラルコンピューチィング研究会(7月28-29日、2007年11月10日)、「細胞を創る」研究会(2007年ll月26日)、2nd International Workshop on Natural Computing(2007年12月)、生物物理学会年会(2007年12月)などで、領域の旧メンバーが講演を行った。2.領域の旧メンバーが国際的な研究協力を行うことを支援した。具体的には、第13回DNAコンピューティング(2007年6月)などの国際会議への参加を支援し、領域の研究成果を国際的に公表することを促進した。また、海外の研究者を招聘し国際的な研究協力を推進した。具体的には、カリフォルニア工科大学のSung Ha Park博士に定例研究会における講演を依頼するとともに、共同研究の計画を立案した。さらに、平成18年度と同様に,人工遺伝子回路に関する国際コンテストiGEMへの支援を行い、領域の旧メンバーの研究室を中心にした東京アライアンスのチームがiGEM(2007年11月)に参加し活躍した。3.領域のためのウェブ・サーバを立ち上げ、領域の研究成果を取りまとめ発信するとともに、日常的な研究交流を支援した。4.研究領域の研究成果を集め解説記事や入門書の執筆を進めた。

  • 研究成果

    (27件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (26件) (うち査読あり 24件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Multi-fueled Approach to DNA Nano-robotics2008

    • 著者名/発表者名
      Akio Nishikawa, Satsuki Yaegashi, Kazumasa Ohtake, and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing: 13th International Workshop on DNA Computing, DNAl3, LNCS Vol.4848

      ページ: 79-88

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Combining randomness and a high-capacity DNA memory2008

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing: 13th International Workshop on DNA Computing, DNA13, LNCS Vol.4848

      ページ: 109-118

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 生命的コンピューティング2008

    • 著者名/発表者名
      萩谷昌己
    • 雑誌名

      人工知能学会誌 Vol.23, No.3

      ページ: 404-414

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Design and Feasibility Study of Reactions Comprising DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sekiguchi, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Masayuki Yamamura
    • 雑誌名

      Natural Computing # DOI: 10.1007/

      ページ: 11047-008-9077-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Realization of DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sekiguchi, Ken Komiya, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura
    • 雑誌名

      LNCS (DNA13) 4848

      ページ: 54-65

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Interface for a Computing Model Using Methylation to Allow Precise Population Control by Quantitative Monitoring2008

    • 著者名/発表者名
      K. Komiya, N. Hirayama, M. Yamamura
    • 雑誌名

      LNCS (DNA13) 4848

      ページ: 191-200

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞ウェアの理論的・システム科学的側面2008

    • 著者名/発表者名
      山村雅幸*
    • 雑誌名

      第21回回路とシステム軽井沢ワークショップ 1

      ページ: 291-293

  • [雑誌論文] SYANAC: SYnthetic biological Automaton for Noughts And Crosses2007

    • 著者名/発表者名
      S. Ayukawa, A. Kobayashi, Y. Nakashima, H. Takagi, S. Hamada, M. Uchiyama, K. Yugi, S. Murata, Y. Sakakibara, M. Hagiya, M. Yamamura and D. Kiga
    • 雑誌名

      IET Synthetic Biology Vol.1, No.1-2

      ページ: 64-67

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupled Equilibrium Model of Hybridization Error for the DNA Microarray and Tag-Antitag Systems2007

    • 著者名/発表者名
      John A. Rose, Russell J. Deaton, Masami Hagiya, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Nanobioscience Vol.6, No.1

      ページ: 18-27

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unravel Four Hairpins!2007

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kemada, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Satsuki Yaegashi, and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing: 12th International Workshop on DNA Computing, DNA12, LNCS Vol.4287

      ページ: 381-392

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Experimental Validation of the Statistical Thermodynamic Model for Prediction of the Behavior of Autonomous Molecular Computers Based on Hairpin Formation2007

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya, Akira Suyama, and John A. Rose
    • 雑誌名

      DNA Computing: 12th International Workshop on DNA Computing, DNA12, LNCS Vol.4287

      ページ: 428-438

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Displacement Whiplash PCR: Optimized architecture and experimental Validation2007

    • 著者名/発表者名
      John A, Rose, Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, and Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing: 12th International Workshop on DNA Computing, DNA12, LNCS Vol.4287

      ページ: 393-403

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Computation Using Hairpins and Secondary Structures of DNA2007

    • 著者名/発表者名
      Masami Hagiya
    • 雑誌名

      Handbook of Theoretical and Computational Nanotechnology, American Scientific Publishers Vol.6, Chapter 18

      ページ: 817-840

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子プログラミング,ソフトウェア工学の基礎XIV2007

    • 著者名/発表者名
      萩谷昌己, 山村雅幸
    • 雑誌名

      レクチャーノート/ソフトウェア学, 近代科学社 Vol.33

      ページ: 1-4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA鎖に基づくナノシステム2007

    • 著者名/発表者名
      萩谷昌己
    • 雑誌名

      高分子 Vol.56, No.6

      ページ: 440

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Implementation of Aqueous Memory Molecules with Light Responsive DNAs2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamura*, M., Hirayama, N., Komiya, K.
    • 雑誌名

      Proc. CEC2007 1

      ページ: 1843-1848

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子計算のための一点から開始される探索法2007

    • 著者名/発表者名
      染谷博司*, 山村雅幸, 坂本健作
    • 雑誌名

      人工知能学会論文誌 Vo1.22,No.4

      ページ: 405-415

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 局所負荷に基づきエージェントのLoop-Free移動制約を適切に使い分けるAntNetの提案と評価2007

    • 著者名/発表者名
      土居茂雄, 山村雅幸*
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌和文A 5月号 Vol.J90-A,No.5

      ページ: 450-490

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子メモリと分子機械の実現と利用法2007

    • 著者名/発表者名
      山村雅幸*
    • 雑誌名

      高分子12月号 1

      ページ: 986

  • [雑誌論文] Heat-resistant DNA tile arrays constructed by template-directed photoligation through 5-carboxyvinyl-2' -deoxyuridine2007

    • 著者名/発表者名
      Miho Tagawa, Koh-ichiroh Shohda, Kenzo Fujimoto, Tadashi Sugawara, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      NucIeic Acids Res doi:10.1093/nar/gkm872 35(21)

      ページ: 40

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Further development of multiplex single nucleotide polymorphism typingmethod, the DigiTag2 assay.2007

    • 著者名/発表者名
      Nao Nishida, Tetsuya Tanabe, Miwa Takasu, Akira Suyama, and Katsushi Tokunaga
    • 雑誌名

      Anal. Biochem 364

      ページ: 78-85

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupled equilibrium model of hybridization error for the DNA microarray and tag-antitag systems2007

    • 著者名/発表者名
      John A. Rose, Russell J. Deaton, Masami Hagiya, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Nanobioscience 6(1)

      ページ: 18-27

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of Code Words for DNA Computers and Nanostructures with Consideration of Hybridization Kinetics2007

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Kitajima, Masahiro Takinoue, Koh-ichiroh Shohda, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of DNA 13, Max Garzon and Hao Yan, Eds 1

      ページ: 289-296

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Autonomous molecular computer encapsulated into liposome2007

    • 著者名/発表者名
      Koh-ichiroh Shohda, Daisuke Kiga, Masahiro Takinoue, Taro Toyota, Yoshiyuki Kageyama, Tadashi Sugawara, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of DNA 13, Max Garzon and Hao Yan, Eds 1

      ページ: 370

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heat-resistant DNA arrays constructed by self-assembly2007

    • 著者名/発表者名
      Miho Tagawa, Koh-ichiroh Shohdal, Kenzo Fujimoto, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      Proc. FNANO 2007-Self-Assembled Architectures and Devices. John Reif, Ed., Science Technica 1

      ページ: 70

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oscillator for self-assembled DNA nanomachines2007

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Koh-ichiroh Shohda, and Akira Suyama
    • 雑誌名

      Proc. FNANO 2007-Self-Assembled Architectures and Devices. John Reif, Ed., Science Technica 1

      ページ: 103-105

    • 査読あり
  • [図書] 生命システムをどう理解するか(浅島誠編)DNAでつくられたコンピュータ2007

    • 著者名/発表者名
      陶山明(学術著書・分担執筆)
    • 総ページ数
      14
    • 出版者
      共立出版

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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