分子プログラミング

2007 年度 研究成果報告書概要

• 研究課題/領域番号: 14085101
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 萩谷 昌己 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)
• 研究分担者: 有川 節夫 九州大学, 理事(研究職), 教授 (40037221) ; 小林 重信 東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (40016697) ; 米澤 明憲 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (00133116) ; 佐藤 雅彦 京都大学, 大学院・情報学研究科, 教授 (20027387) ; 小長谷 明彦 独立行政法人理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, プロジェクトディレクター (00301200)
• 研究期間 (年度): 2002 – 2007
• キーワード: DNAコンピュータ / 生体生命情報学 / 自己組織化 / ナノバイオ / バイオテクノロジー

研究概要

本研究領域の目標は,主としてDNA分子によって作られた分子システムのためのシステマティックな設計論を確立することである.本研究領域の研究項目は多岐に渡っており,その研究成果も膨大であるため、本研究領域の主目的である,分子計算のための計算分子と分子反応の設計論および応用に関係する研究成果の中から,領域全体を通して主要なものを取捨選択し簡潔にまとめると,以下のようになる.
1.計算分子(DNA配列)の設計論(1-1)望ましくない構造を作らない配列の設計(1-2)望ましい構造を作る配列の設計(1-3)自在に構造変化する配列の設計(1-4)構造変化の数理モデルと実験的検証
2.分子反応の設計論(2-1)反応の並列化(2-2)反応の精密化(2-3)進化のための反応
3.計算論的ナノテクノロジー応用(3-1)DNAナノ構造の高信頼アセンブリ(3-2)4*4DNAタイルによるバイナリカウンタの実現(3-3)ヘアピンとバルジによる並行計算(3-4)光ライゲーションによる耐熱性DNAナノ構造体の構築
4.合成生物学応用(4-1)in vitro論理演算素子,発振素子の構築(4-2)in vivo論理演算素子の構築(4-3)大腸菌を用いたバクテリアコンピュータの開発(4-4)WetTDGAによるaaRSの基質改変
(1),(2)は基礎的な設計技術に関する理論および実験であり、主として研究期間の前半の成果である.特に(1)の配列設計は, DNAを計算分子とするすべての分子計算に共通した基礎的成果である。(3),(4)は,分子プログラミングの次世代の展開として重要視されている計算論的ナノテクノロジーおよび合成生物学への応用研究であり,研究期間の後半の成果である.

研究成果

• [雑誌論文] メタ戦略アルゴリズムに対するロバストな並列化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 石橋正裕, 小野廣隆, 朝廣雄一, 山下雅史
  • 雑誌名: 数理解析研究所講究録 1325 ページ: 1-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamics of an Abstract Chemical System with few molecular (2007)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki
  • 雑誌名: Proc. of the International Symposium on Artificial Life and Robotics 1 ページ: OS13-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Investigation Of The Brusselator On The Mesoscopic Scale (2007)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki
  • 雑誌名: International Journal of Parallel, Emergent and Distributed Algorithms 22 ページ: 91-102
  • 査読あり
• [雑誌論文] 純粋λ計算の階層グラフ書換えへのエンコーディング (2007)
  • 著者名/発表者名: 上田和紀
  • 雑誌名: 第9回プログラミングおよびプログラミング言語ワークショップ(PPL2007) 1 ページ: 221-232
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coupled Equilibrium Model of Hybridization Error for the DNA Microarray and Tag-Antitag Systems (2007)
  • 著者名/発表者名: John A. Rose, Russell J. Deaton, Masami Hagiya, Akira Suyama
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Nanobioscience Vol. 6, No. 1 ページ: 18-27
  • 査読あり
• [雑誌論文] Site-specific incorporation of non-natural amino acids into proteins in the mammalian cells with an expanded genetic code (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobumasa Hino, Akiko Hayashi, Kensaku Sakamoto, Shigeyuki Yokoyama
  • 雑誌名: Nature protocols 1 ページ: 2957-2962
  • 査読あり
• [雑誌論文] Site-specific functionalization of proteins by organopalladium reactions (2007)
  • 著者名/発表者名: Kodama, K., Fukuzawa, S., Nakayama, H., Sakamoto, K., Kigawa, T., Yabuki, T., Matsuda, N., Shirouzu, M., Takio, K., Yokoyama, S., Tachibana, K.
  • 雑誌名: Chembiochem 8 ページ: 232-238
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-fueled Approach to DNA Nano-robotics (2007)
  • 著者名/発表者名: A. Nishikawa, S. Yaegashi, K. Ohtake, M. Hagiya
  • 雑誌名: DNA13, Preliminary Proceedings 1 ページ: 162-171
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Coupled Equilibrium Model for Hybridization Error Estimation for the DNA Microarray and Tag-Antitag Systems (2007)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, R. J. Deaton, M. Hagiya, A. Suyama
  • 雑誌名: IEEE Transactions in NanoBioscience, Special Issueon Computational NanoBioscience 1 ページ: 1-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unravel four hairpins! (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya
  • 雑誌名: Natural Computing Vol. 7, No. 2 ページ: 287-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Memorty with 16.8M addresses (2007)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Satoshi Kashiwamura, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of the 13th International Meeting on DNA Computing 1 ページ: 19-29
  • 査読あり
• [雑誌論文] Combining Randomness and a High-capacity DNA Moemry (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kameda, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Masami Hagiya
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of the 13th International Meeting on DNA Computing 1 ページ: 261-269
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequence Design Support System for 4×4 DNA Tiles (2007)
  • 著者名/発表者名: Naoki Iimura, Masahito Yamamoto, Fumiaki Tanaka, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of the 13th International Meeting on DNA Computing 1 ページ: 270-278
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子計算のための一点から開始される探索法 (2007)
  • 著者名/発表者名: 染谷博司, 山村雅幸, 坂本健作
  • 雑誌名: 人工知能学会誌(J-STAGE) 22・4(採録)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Promising Search Regions of Crossover Operators for Function Optimization (2007)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Someya
  • 雑誌名: Proc. IEA/AIE 2007 1 ページ: 434-443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selection-by-function : efficient enrichment of cathepsin E inhibitors froma DNA library (2007)
  • 著者名/発表者名: Naimuddin M, Kitamura K., Kinoshita Y, Honda-Takahashi, Y., Murakami, M., Ito, M., Yamamoto, K., Hanada, K., Husimi, Y., Nishigaki, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Recognition, published online vol. 20, no1 ページ: 58-68
  • 査読あり
• [雑誌論文] Experimental Rugged Fitness Landscape in Protein Seguence Space (2007)
  • 著者名/発表者名: Hayashi, S., Aita, T., Toyota, H., Husimi, Y., Urabe, I., Yomo, T.
  • 雑誌名: PLoS ONE 1 ページ: 96
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting characteristic properties of fitness landscape from in vitro evolution : A case study on infectivity of fd phage to E. coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Aita, T., Hayashi, S., Toyota, H., Husimi, Y., Urabe, I, Yomo, T.
  • 雑誌名: J. Theor. Biol. 246 (3) ページ: 538-550
  • 査読あり
• [雑誌論文] Numerical study of Thou less-Anderson-Palmer metastable states in three-body Ising spin glasses (2007)
  • 著者名/発表者名: Y. Tonosaki, K. Takeda, Y. Kabashima
  • 雑誌名: Phys. Rev. B 75 ページ: 94405-94411
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spiking Neural P systems (2006)
  • 著者名/発表者名: M. Ionescue, G. Paun, T. Yokomori
  • 雑誌名: Fundamenta Informaticae 71 ページ: 279-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Probabilistic Inference in Test Tube and Its Application to Gene Expression Profiles (2006)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakakibara, T. Yokomori, S. Kobayashi, A. Suyama
  • 雑誌名: Formal Models, Languages And Applications (edited by Subramanian et al. ), World Scientific Pub. 1 ページ: 304-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Attempt to Analyze the Dynamics of Abstract Rewriting Systems on Multisets (2006)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki
  • 雑誌名: Pre-proceedings of Membrane Computing, International Workshop 1 ページ: 501-506
  • 査読あり
• [雑誌論文] 階層グラフ書き換え言語LMNtal処理系とその応用例 (2006)
  • 著者名/発表者名: 乾敦行, 原耕司, 水野謙, 上田和紀
  • 雑誌名: 第8回プログラミングおよびプログラミング言語ワークショップ(PPL2006) 1 ページ: 119-133
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分散プロセス計算のLMNtalへのエンコーディング (2006)
  • 著者名/発表者名: 上田和紀
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第23回大会論文集 1 ページ: 1A-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtal as a Unifying Declarative Language : Live Demonstration (2006)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda, Norio Kato, Koji Hara, Ken Mizuno
  • 雑誌名: Proc. 22nd Int. Conf. on Logic Programming (ICLP'06), LNCS, Springer-Verlag 4079 ページ: 457-458
  • 査読あり
• [雑誌論文] Constraint-Based Concurrency and Beyond (2006)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda
  • 雑誌名: Electronic Notes in Theoretical Computer Science 162 ページ: 327-331
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtal as a Unifying Declarative Language (2006)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda, Norio Kato, Koji Hara, Ken Mizuno
  • 雑誌名: Proc. Third Workshop on Constraint Handling Rules (CHR2006) 1 ページ: 1-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] Logic Programming and Concurrency : a Personal Perspective (2006)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda
  • 雑誌名: The ALP Newsletter 19(オンライン出版)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Probabilistic Model of DNA Conformational Change (2006)
  • 著者名/発表者名: M. Shiozaki, H. Ono, K. Sadakane, M. Yamashita
  • 雑誌名: Revised Selected Papers of the 12th International Meeting on DNA Computing (DNA12, LNCS) 4287 ページ: 274-285
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Sequence Design by Dynamic Neighborhood Searches (2006)
  • 著者名/発表者名: S. Kawashimo, H. Ono, K. Sadakane, M. Yamashita
  • 雑誌名: Revised Selected Papers of the 12th International Meeting on DNA Computing (DNA12, LNCS) 4287 ページ: 157-171
  • 査読あり
• [雑誌論文] 局所探索法に基づくDNA配列設計手法 (2006)
  • 著者名/発表者名: 川下優, 小野廣隆, 定兼邦彦, 山下雅史
  • 雑誌名: 冬のLAシンポジウム予稿(京都大学数理解析研究所講究録) 1 ページ: 250-257
  • 査読あり
• [雑誌論文] サイズ3の最小ブロック転送問題の近似困難性 (2006)
  • 著者名/発表者名: 朝廣雄一, 古川哲也, 池上佳一, 宮野英次
  • 雑誌名: 電気関係学会九州支部連合大会, 予稿集(CDROM) 1 ページ: 343
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple points of tilings associated with Pisot numeration systems (2006)
  • 著者名/発表者名: Taizo Sadahiro
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science 359 ページ: 133-147
  • 査読あり
• [雑誌論文] The number of orbits of periodic box-ball systems (2006)
  • 著者名/発表者名: A. Mikoda, S. Inokuchi, Y. Mizoguchi, M. Fujio
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 4135 ページ: 181-194
  • 査読あり
• [雑誌論文] On-Line Polygon Search by a Seven-State Boundary 1-Searcher (2006)
  • 著者名/発表者名: T. Kameda, M. Yamashita, I. Suzuki
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Robotics 22(3) ページ: 446-460
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Randomized l-Latent, Time-Adaptive and Safe Self-Stabilizing Mutual Exelusion Protocol (2006)
  • 著者名/発表者名: J. Kiniwa, M. Yamashita
  • 雑誌名: Parallel Processing Letters 16(1) ページ: 53-61
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nogood-based Asynchronous Distributed Optimization (ADOPT-ng) (2006)
  • 著者名/発表者名: Marius C. Silaghi, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Proc. of the 5th International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems (AAMAS-2006) 1 ページ: 1389-1396
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiply constrained distributed constraint optimization (2006)
  • 著者名/発表者名: Emma Bowring, Milind Tambe, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Proc. of the 5th International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems(AAMAS-2006) 1 ページ: 1413-1420
  • 査読あり
• [雑誌論文] Winning back the cup for distributed POMDPs : Planning over continuous belief spaces (2006)
  • 著者名/発表者名: Pradeep Varakantham, Ranjit Nair, Milind Tambe, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Proceedings of the Fifth International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems (AAMAS-2006) 1 ページ: 289-296
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Fault-Tolerant Content Addressable Network (2006)
  • 著者名/発表者名: D. Takemoto, S. Tagashira, S. Fujita
  • 雑誌名: IE ICE Trans. Inf. & Syst. E89-D(6) ページ: 1923-1930
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Localization Scheme for Sensor Networks Based on Wireless Communication with Anchor Groups (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Ochi, S. Tagashira, S. Fujita
  • 雑誌名: IEICE Trans. Inf. & Syst. E89-D (5) ページ: 1614-1621
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Generic Solver based on Functional Parallelism for Solving Conmbinatorial Optimization Problems (2006)
  • 著者名/発表者名: S. Tagashira, M. Mito, S. Fujita
  • 雑誌名: IEICE Trans. Inf. & Syst. E89-D(6) ページ: 1940-1947
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分散ネットワーク上の故障診断問題について (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤田聡
  • 雑誌名: 電子情報通信学会論文誌A J89-A(6) ページ: 430-437
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Local Search Based Barrier Height Estimation Algorithm for DNA Moleeular Transitions (2006)
  • 著者名/発表者名: T. Takeda, H. Ono, K. Sadakane, M. Yamashita
  • 雑誌名: DNA11, Lecture Notes in Computer Science 3892 ページ: 359-370
  • 査読あり
• [雑誌論文] 隠れマルコフモデルを用いたDNA配列設計 (2006)
  • 著者名/発表者名: 前村一哉, 小野廣隆, 定兼邦彦, 山下雅史
  • 雑誌名: 火の国情報シンポジウム2006 1 (予稿集, CD-ROM) ページ: 1-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unravel Four Hairpins (2006)
  • 著者名/発表者名: A. Kemada, M. Yamamoto, A. Ohuchi, S. Yaegashi, M. Hagiya
  • 雑誌名: DNA12, Preliminary Proceedings 1 ページ: 65-74
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards Robust DNA Logic Gates (2006)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya, Satsuki Yaegashi
  • 雑誌名: DNA12, Preliminary Proceedings 1 ページ: 413
  • 査読あり
• [雑誌論文] Azobenzene-tethered T7 promoter for Efficient Photoregulation of Transcription (2006)
  • 著者名/発表者名: M. Liu, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 128 ページ: 1009-1015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insertion of Two Pyrene Moieties to Oligodeoxyribonucleotides for the Efficient Detection of Insertion/Deletion Polymorphisms (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Kashida, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Chem. Commun. 1 ページ: 2768-2770
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exciplex Formation between Pyrene and N, N-Dimethylaniline in DNA for the Detection of One-base Deletion (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Kashida, M. Komiyama, H. Asanuma
  • 雑誌名: Chem. Lett. 35(8) ページ: 934-935
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhancement of RNA cleavage activity of 10-23 DNAzyme by covalently introduced intercalator (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, H. Hayashi, J. Zhao, X. Liang, A. Yamazawa, T. Kuramochi, D. Matsunaga, Y. Aiba, H. Kashida, M. Komiyama
  • 雑誌名: Chem. Commun. 1 ページ: 5062-5064
  • 査読あり
• [雑誌論文] Incorporation of methyl group on azobenzene for the effective photo-regulation of hybridization and suppression of thermal isomerization (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Nishioka, H. Kashida, M. Komiyama, X. Liang, H. Asanuma
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 50 50 ページ: 85-86
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activation of DNA enzyme 10-23 by tethering an intercalator to its backbone (2006)
  • 著者名/発表者名: H. Hayashi, X. Liang, J. Zhao, M. Komiyama, H. Asanuma
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 50 50 ページ: 167-168
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architecture into molecular computing (2006)
  • 著者名/発表者名: Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama, Masami Hagiya
  • 雑誌名: BioSysterns Vol. 83, No. 1 ページ: 18-25
  • 査読あり
• [雑誌論文] Experimental Validation of the statistical Thermodynamic Model for Prediction of the Behavior of Autonomous Molecular Computers Based on Hairpin Formation (2006)
  • 著者名/発表者名: Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya, Akira Suyama, John A. Rose
  • 雑誌名: DNA12, Preliminary Proceedings 1 ページ: 382-392
  • 査読あり
• [雑誌論文] Displacement Whiplash PCR : Optimized architecture and experimental validation (2006)
  • 著者名/発表者名: John A. Rose, Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA12, Preliminary Proceedings 1 ページ: 393-403
  • 査読あり
• [雑誌論文] An autonomous molecular computing system in cell-sized liposome (2006)
  • 著者名/発表者名: K. Shohda, D. Kiga, M. Takinoue, K. Yoshiyuki, T. Sugawara, A. Suyama
  • 雑誌名: Proceedings of NanoBio-Tokyo 2006 1 ページ: 357-358
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bionano clock based on an autonomous biomolecular computing system (2006)
  • 著者名/発表者名: M. Takinoue, D. Kiga, K. Shohda, A. Suyama
  • 雑誌名: Proceedings of NanoBio-Tokyo 2006 1 ページ: 361-362
  • 査読あり
• [雑誌論文] Turing machine using RRACS (2006)
  • 著者名/発表者名: Akira Suyama
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 12 1 ページ: 422
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autonomous DNA computer in small vesicle (2006)
  • 著者名/発表者名: D. Kiga, K. Shoda, M. Takinoue, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 12 1 ページ: 420
  • 査読あり
• [雑誌論文] A numerical analysis of an autonomous molecular computing system (2006)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Akira Suyama
  • 雑誌名: RTRACS. Preliminary proceedings of DNA 12 1 ページ: 411
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architecture into molecular computing (2006)
  • 著者名/発表者名: K. Komiya, K. Sakamoto, A. Kameda, M. Yamamoto, A. Ohuchi, D. Kiga, S. Yokoyama, M. Hagiya
  • 雑誌名: BioSystems Vol. 83, No. 1 ページ: 18-25
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cation-π interaction in triterpene biosynthesis revealed by incorporating unnatural amino acids into the catalytic site of a squalene cyclase (2006)
  • 著者名/発表者名: N. Morikubo, Y. Fukuda, K. Ohtake, N. Shinya, D. Kiga, K. Sakamoto, M. Asanuma, H. Hirota, S. Yokoyama, T. Hoshino
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 128 ページ: 13184-13194
  • 査読あり
• [雑誌論文] A New Protein Engineering Approach Combining Chemistry and Biology, Part I ; Site-Specific Incorporation of 4-Iodo-L-phenylalanine in vitro by Using Misacylated Suppressor tRNA (Phe) (2006)
  • 著者名/発表者名: Kodama K, Fukuzawa S, Sakamoto K, Nakayama H, Kigawa T, Yabuki T, Matsuda N, Shirouzu M, Takio K, Tachibana K, Yokoyama s.
  • 雑誌名: Chembiochem 7 ページ: 1577-1581
  • 査読あり
• [雑誌論文] Translation of' rare' Codons in a Cell-free Protein Synthesis System from Escherichia coli (2006)
  • 著者名/発表者名: Chumpolkulwong N, Sakamoto K, Hayashi A, Iraha F, Shinya N, Matsuda N, Kiga D, Urushibata A, Shirouzu M, Oki K, Kigawa T, Yokoyama S.
  • 雑誌名: J struct Funct Genomics 7 ページ: 31-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microfluidic Device for Droplet-based DNA-PNA Hybridization and Separation (2006)
  • 著者名/発表者名: S Kaneda, K. Somei, K. Ono, T. Yamamoto, T. Fujii
  • 雑誌名: Proc. μTAS2006 2 ページ: 1151-1153
  • 査読あり
• [雑誌論文] 微量液滴ハンドリングデバイスによる反応・分析操作 (2006)
  • 著者名/発表者名: 金田祥平, 染井康太郎, 小野航一, 山本貴富喜, 藤井輝夫
  • 雑誌名: 第13回化学とマイクロ・ナノシステム研究会予稿集 PC-039 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] マイクロ流体デバイスによるバイオ分析 (2006)
  • 著者名/発表者名: 金田祥平, 藤井輝夫
  • 雑誌名: 精密工学会誌 72 ページ: 937-976
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of DNA Relational Database and Data Manipulation Experiments (2006)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Yutaka Kita, Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA12), Lecture Notes in ComputerScience 4287 ページ: 418-427
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequence Design for stable DNA Tiles (2006)
  • 著者名/発表者名: Naoki Iimura, Masahito Yamamoto, Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA12), Lecture Notes in Computer Science 4287 ページ: 172-181
  • 査読あり
• [雑誌論文] Specificity of Hybridization between DNA Sequences Based on Free Energy (2006)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA11), Lecture Notes in Computer Science 3892 ページ: 371-379
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAタイル構造のための塩基配列設計支援システムの構築 (2006)
  • 著者名/発表者名: 飯村直記, 山本雅人, 田中文昭, 大内東
  • 雑誌名: 情報処理北海道シンポジウム2006 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAを用いたタイル構造における接着結合部の塩基配列設計 (2006)
  • 著者名/発表者名: 飯村直記, 山本雅人, 田中文昭, 大内東
  • 雑誌名: 第5回情報科学技術フォーラム(FIT2006) 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] stability evaluation method of DNA tile structure (2006)
  • 著者名/発表者名: Naoki Iimura, Masahito Yamamoto, Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: The Eleventh International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB11th) 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Data Manipulation of DNA Relational Database (2006)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Kita, Satoshi Kasbiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: The Eleventh International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 11th'06) 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAを用いた微小粒子のナノ位置決め (2006)
  • 著者名/発表者名: 初澤毅, 小山内寛, 柳田保子
  • 雑誌名: 精密工学会誌 Vol. 72, No. 11 ページ: 1407-1410
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Microfluidic Device for DNA Tile Self-Assembly (2006)
  • 著者名/発表者名: K. Somei, S. Kaneda, T. Fujii, S. Murata
  • 雑誌名: 11th International Workshop on DNA Computing, Revised Selected Papers (DNA11) LNCS 3892 ページ: 325-335
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hybridization in a Microfluidic Device for DNA Tile Self-Assembly (2006)
  • 著者名/発表者名: K. Somei, S. Kaneda, T. Fujii, S. Murata
  • 雑誌名: Proc. Foundations of Nanoscience, Self-Assembled Architectures and Devices (FNAN02006) 1 ページ: 148-152
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reversible Signal Amplification by Linear Hybridization Chain Reaction (2006)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Suzuki, Ken Komiya, Satoshi Murata
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of 12^<th> International Meeting on DNA Computing (DNA11) 1 ページ: 418
  • 査読あり
• [雑誌論文] Self-Assembling Systems (2006)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Murata
  • 雑誌名: 9^<th> Japanese-American Kavli Frontiers of Science Symposium, National Academy of Sciences (JAFoS) 1(CD-ROM)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computation by DNA Molecule (2006)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Murata
  • 雑誌名: SCIS&ISIS 2006 (invited session) 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photochemical Synthesis of R-Shaped DNA toward in vitro DNA Recombination and Processing (2006)
  • 著者名/発表者名: Masayuki Ogino, Kenzo Fujimoto
  • 雑誌名: Angewandte Chemie Int. Ed. 45 ページ: 7223-7225
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNP Genotyping using Photochemical Ligation (2006)
  • 著者名/発表者名: Shinzi Ogasawara, Kenzo Fujimoto
  • 雑誌名: Angewandte Chemie Int. Ed. 45 ページ: 4512-4515
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly selective and sensitive template-directed photoligation of DNA via 5-carbamoylvinyl-2-deoxyuridine (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshinaga Yoshimura, Daisuke Okamura, Masayuki Ogino, Kenzo Fujimoto
  • 雑誌名: Org. Lett. 8(22) ページ: 5049-5052
  • 査読あり
• [雑誌論文] Catalytic Repair of a Thymine Dimer in DNA via Carbazole Nucleoside (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshinaga Yoshimura, Kenzo Fujimoto
  • 雑誌名: Chem. Lett. 35(4) ページ: 386-389
  • 査読あり
• [雑誌論文] Template-directed DNA photoligation in rapid and selective detection of RNA point mutations (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshinaga Yoshimura, Yuuki Noguchi, Kenzo Fujimoto
  • 雑誌名: ChemBioChem 7(4) ページ: 598-601
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biofilm formation by a Bacillus subtilis strain that producesgamma-polyglutamate (2006)
  • 著者名/発表者名: Morikawa, M., Kagihiro, S., Haruki, M., Takano, K., Branda, S., Kolter, R., Kanaya, S.
  • 雑誌名: Microbiology 152 ページ: 2801-2807
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Hypertheriophilic Protein Acquires Function at the Cost of Stability (2006)
  • 著者名/発表者名: Mukaiyama, A., Haruki, M,. Ota, M., Koga, Y., Takano, K., Kanay, a S.
  • 雑誌名: Biochemistry 45 ページ: 12673-12679
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modified substrate specificity of pyrroloquinoline quinone glucose dehydrogenase by biased mutation-assembling with optimized amino acid substitution (2006)
  • 著者名/発表者名: Hamamatsu, N., Suzumura, A., Nomiya, Y., Sato, M., Aita, T., Nakajima, M., Husimi, Y., Shibanaka, Y.
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 73 ページ: 607-617
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accumulation of ami no acid substitutions for thermostabilization of lactate oxidase with less deterioration of catalytic activity (2006)
  • 著者名/発表者名: Hamamatsu, N., Nomiya, Y., Aita, T., Nakajima, M., Husimi, Y., Shibanaka, Y
  • 雑誌名: Protein Eng. Design and Selection 19 ページ: 483-489
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solid-phase translation and RNA-protein fusion : a novel approach for folding Quality control and direct immobilization of protein using anchored mRNA (2006)
  • 著者名/発表者名: Biyani, M., Husimi, Y., Nemoto, N.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Advanced publication online 1 ページ: On line
  • 査読あり
• [雑誌論文] 実験室内分子進化過程の熱力学的および情報論的解釈 (2006)
  • 著者名/発表者名: 相田拓洋, 伏見譲
  • 雑誌名: 生物物理 46 ページ: 137-143
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of CDMA systems that are characterized by eigenvalue spectrum (2006)
  • 著者名/発表者名: K. Takeda, S. Uda, Y. Kabashima
  • 雑誌名: Europhysics Letters 76 ページ: 1193-1199
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tutorial on Brain-Inspired Computing Part 5 : statistical Mechanics of Communication and Computation (2006)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima
  • 雑誌名: New Generation Computing 24 ページ: 403-420
  • 査読あり
• [雑誌論文] Survey propagation for the cascading Sourlas code (2006)
  • 著者名/発表者名: JPL. Hatchet, Y. Kabashima
  • 雑誌名: JOURNAL OF PHYSICS A-MATHEMATICAL AND GENERAL 39・34 ページ: 10659-10672
  • 査読あり
• [雑誌論文] 有望探索領域を重点探索する交叉と形質遺伝性を考慮した世代交代による実数値GA (2006)
  • 著者名/発表者名: 染谷博司
  • 雑誌名: 計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会2006講演論文集(計測自動制御学会システム・情報部門奨励賞) Nov ページ: 3-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stabilization of E. coli Ribonuclease HI by the 'stabilityprofile of mutant protein' (SPMP)-inspired random and non-random mutagenesis (2006)
  • 著者名/発表者名: Haruki, M., Saito, Y., Ota, M., Nishikawa, K., Kanaya, S.
  • 雑誌名: J. Biotechnol. 1 ページ: 512-522
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene cloning and in vivo characterization of a dibenzothiophene dioxygenase from Xanthobacter polyaromaticivorans (2006)
  • 著者名/発表者名: Hirano, S., Haruki, M., Takano, K., Imanaka, T., Morikawa, M., Kanaya, S.
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol 69 ページ: 672-681
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linearizer and Doubler : Two mappings to unify melocular computing models based on DNA complementarity (2005)
  • 著者名/発表者名: Kaoru Onodera, Takashi Yokomori
  • 雑誌名: Proceedings of 11th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 139-150
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient algorithm for testing structure freeness of finite set of biomolecular sequences (2005)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kijima, Satoshi Kobayashi
  • 雑誌名: Proceedings of 11th International Meeting on DNA BasedComputers 1 ページ: 278-288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of an in vivo computer based on Escherichia coli (2005)
  • 著者名/発表者名: H. Nakagawa, K. Sakamoto, Y. Sakakibara
  • 雑誌名: Proceedings of 11th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 68-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intensive in vitro experiments of implementing and executing finite automata in test tube (2005)
  • 著者名/発表者名: J. Kuramochi, Y. Sakakibara
  • 雑誌名: Proceedings of 11th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 59-67
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modeling p53 signaling pathways by using Multiset Processing (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki, H. Tanaka
  • 雑誌名: Applications of Membrane Computing 1 ページ: 203-214
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtal : a language model with links and membranes. (2005)
  • 著者名/発表者名: K. Ueda, N. Kato
  • 雑誌名: Proc. Fifth Int. Workshop on Membrane Computing (WMC2004), LNCS, Springer-Verlag 3365 ページ: 110-125
  • 査読あり
• [雑誌論文] Constraint-Based Concurrency and Beyond. (2005)
  • 著者名/発表者名: K. Ueda
  • 雑誌名: Proc. Workshop on Algebraic Process Calculi, The First Twenty Years (PA'05), BRICS Notes Series, NS-05-3 1 ページ: 227-230
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtal処理系におけるグラフ構造の操作機能の設計と実装 (2005)
  • 著者名/発表者名: 工藤晋太郎, 加藤紀夫, 上田和紀
  • 雑誌名: 情報科学技術レターズ LA-003 ページ: 9-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtalコンパイラにおける並び替えとグループ化を用いた命令列の最適化 (2005)
  • 著者名/発表者名: 櫻井健, 加藤紀夫, 水野謙, 上田和紀
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005) 1 ページ: 33-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] 階層グラフ書換え言語LMNtal処理系における非同期実行の実現 (2005)
  • 著者名/発表者名: 水野謙, 加藤紀夫, 原耕司, 上田和紀
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第22回大会講演論文集 1 ページ: 213-221
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modeling DNA Conformation Change and Theoretical Analysis on the Reaction Rate (2005)
  • 著者名/発表者名: M. Shiozaki, H. Ono, R. Sadakane, M. Yamashita
  • 雑誌名: Preproceedings of the 11th International Meeting on DNA Computing, DNA11 1 ページ: 408
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simple Greedy Methods for DNA Word Design (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Asahiro
  • 雑誌名: Proc. 9th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics III ページ: 186-191
  • 査読あり
• [雑誌論文] On Linkage Identification in EC for Solving Combinatorial Optimization Problems (2005)
  • 著者名/発表者名: S. Umezane, S. Fujita
  • 雑誌名: Proc. IEEE SMC Vol. 4(CD-ROM) ページ: 3071-3076
  • 査読あり
• [雑誌論文] Circuit Switched Broadcastings and Digit Tilings on Torus Networks (2005)
  • 著者名/発表者名: R. Okazaki, H. Ono, T. Sadahiro, M. Yamashita
  • 雑誌名: Proceedings of 4th Japanese-Hungarian Sympothium on Discrete Mathematics and Its Applications 1 ページ: 288-295
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tagged Choice Graph Transformations (Abstract) (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Mizoguchi, W. Kahl
  • 雑誌名: Proc. Of the 11th International Meeting on DNA computing 1 ページ: 405
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transversal Merge Operation : A Nondominated Coterie Construction Method for Distributed Mutual Exclusion (2005)
  • 著者名/発表者名: T. Harada, M. Yamashita
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems 16-2 ページ: 183-192
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Asynchronous Complete Method for Distributed Constraint Optimization (2005)
  • 著者名/発表者名: Pragnesh Jay Modi, Wei-Min Shen, Milind Tambe, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Artificial Intelligence Journal 161, 1-2 ページ: 149-180
  • 査読あり
• [雑誌論文] Secure Distributed Constraint Satisfaction : Reaching Agreement without Revealing Private Information (2005)
  • 著者名/発表者名: Makoto Yokoo, Koutarou Suzuki, Katsutoshi Hirayama
  • 雑誌名: Artificial Intelligence Journal 161, 1-2 ページ: 229-246
  • 査読あり
• [雑誌論文] Networked Distributed POMDPs : A Synthesis of Distributed Constraint Optimization and POMDPs (2005)
  • 著者名/発表者名: Ranjit Nair, Pradeep Varakantham, Milind Tambe, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Twentieth National Conference on Artificial Intelligence (AAAI-05) 1 ページ: 133-149
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子構造変化のモデル化と反応度の理論的解析 (2005)
  • 著者名/発表者名: 塩崎真史, 小野廣隆, 定兼邦彦, 山下雅史
  • 雑誌名: 2005年冬のLAシンポジウム, 数理解析研究所講究録1426 1 ページ: 232-237
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized partitioned quantum cellular automata and Quantization of classical CA (2005)
  • 著者名/発表者名: S. Inokuchi, Y. Mizoguchi
  • 雑誌名: International Journal of Unconventional Computing 1 ページ: 149-160
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computing with Hairpins and Secondary structures of DNA (2005)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya, Satsuki Yaegashi, Keiichiro Takahashi
  • 雑誌名: Science and Computation, Natural Computing Series 1 ページ: 293-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Minimum Basin Algorithm : An Effective Analysis Technique for DNA Energy Landscapes (2005)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Kubota, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA10, Lecture Notes in Computer Science 3384 ページ: 202-214
  • 査読あり
• [雑誌論文] バイオナノデバイスとしての人工DNA (2005)
  • 著者名/発表者名: 浅沼浩之
  • 雑誌名: 化学と教育 53 ページ: 12-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of Light-switchable Phage Promoter for Efficient Photo-regulation of Gene-expression (2005)
  • 著者名/発表者名: M. Liu, M. Komiyama, H. Asanuma
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. No. 49 49 ページ: 283-284
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clear-cut photo-regulation of the formation and dissociation of the DNA duplex by modified oligonucleotide involving Multiple azobenzenes (2005)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, D. Matsunaga, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. No. 49 49 ページ: 35-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Ratchetを用いたDNAタイルのエラーフリーアセンブリ (2005)
  • 著者名/発表者名: 小川賢一, 藤林健一, 村田 智
  • 雑誌名: 第17回自律分散システムシンポジウム資料 1 ページ: 147-152
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo- and Thermoregulation of DNA Nanomachines (2005)
  • 著者名/発表者名: Keiichiro Takahashi, Satsuki Yaegashi, Hiroyuki Asanuma, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA11 Preliminary Proceedings 1 ページ: 147-156
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chain Reaction Systems Based on Loop Dissociation of DNA (2005)
  • 著者名/発表者名: Keiichiro Takahashi, Satsuki Yaegashi, Atsushi Kameda, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA11 Preliminary Proceedings 1 ページ: 343-353
  • 査読あり
• [雑誌論文] A simple classifications of the volvocine algae by formal languages (2005)
  • 著者名/発表者名: H. Yoshida, T. Yokomori, A. Suyama
  • 雑誌名: Bull. Math. Biol. 67 ページ: 1339-1354
  • 査読あり
• [雑誌論文] DigiTag assay for multiplex single nucleotide polymorphism typing with highsuccess rate (2005)
  • 著者名/発表者名: K. Hashido, K. Hirayasu, M. Takasu, A. Suyama, K. Tokunaga
  • 雑誌名: Anal. Biochem. 346 ページ: 281-288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Methods for manipulating DNA molecules in a micrometer scale using optical techniques (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, T. Rawakami, F. Sumiyama, S. Irie, A. Suyama, J. Tanida
  • 雑誌名: Led. Notes Comput. Sc. 3384 ページ: 258-267
  • 査読あり
• [雑誌論文] Control of DNA molecules on a microscopic bead using optical techniques for photonic DNA memory (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, T. Beppu, M. Takinoue, A. Suyama, J. Tanida
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 11 1 ページ: 78-88
  • 査読あり
• [雑誌論文] Normalized molecular encoding method for quantitative gene expression profiling (2005)
  • 著者名/発表者名: O. Gotoh, Y. Sakai, Y. Mawatari, W. Gunji, Y. Murakami, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 11 1 ページ: 395
  • 査読あり
• [雑誌論文] Realization of RTRAC : Reverse transcription and Transcription-based Autonomous Computer (2005)
  • 著者名/発表者名: D. Kiga, T. Mochida, M. Takinoue, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 11 1 ページ: 397
  • 査読あり
• [雑誌論文] Amorphous DNA memory constructed with hairpin DNA immobilized on a soliud surface (2005)
  • 著者名/発表者名: M. Takinoue, Y. Hatano, Y. Endoh, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA 11 1 ページ: 410
  • 査読あり
• [雑誌論文] Programmable step-by-step assembly of DNA nanostructures (2005)
  • 著者名/発表者名: M. Tagawa, D. Kiga, T. Yoshinobu, H. Iwasaki, A. Suyama
  • 雑誌名: Proc. Foundations of Nanoscience 2005 1 ページ: 192
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞の中で働くコンピュータ(前編) (2005)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: BIONICS 7月号 ページ: 58-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞の中で働くコンピュータ(後編) (2005)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: BIONICS 8月号 ページ: 54-56
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAエンコード技術を用いた発現解析 (2005)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 50(16) ページ: 2300
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein photo-cross-linking in mammalian cells by site-specific incorporation of a photoreactive amino acid (2005)
  • 著者名/発表者名: Hino N., Okazaki Y., Kobayashi T., Hayashi A., Sakamoto K., Yokoyama s.
  • 雑誌名: Nature Methods 2 2 ページ: 201-206
  • 査読あり
• [雑誌論文] structural basis of nonnatural amino acid recognition by an engineered aminoacyl-tRNA synthetase for genetic code expansion (2005)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi T, Sakamoto K, Takimura T, Sekine R, Vincent K, Kamata K, Nishimura s, Yokoyama s.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 120 ページ: 1366-1371
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural snapshots of the KMSKS loop rearrangement for amino acid activation by bacterial tyrosyl-tRNA synthetase (2005)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi T, Takimura T, Sekine R, Vincent K, Kamata K, Sakamoto K, Nishimura S, Yokoyama S.
  • 雑誌名: J Mol. Biol. 346 346 ページ: 105-117
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生きた細胞で超タンパク質を作る (2005)
  • 著者名/発表者名: 坂本健作, 横山茂之
  • 雑誌名: 化学 60 (4) ページ: 70-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] 人工的なアミノ酸をタンパク質に導入することによる動物細胞内での光クロスリンク法 (2005)
  • 著者名/発表者名: 樋野展正, 坂本健作, 横山茂之
  • 雑誌名: 実験医学 23(13) ページ: 2047-2051
  • 査読あり
• [雑誌論文] 二次構造の解離に基づく汎用分子システム (2005)
  • 著者名/発表者名: 萩谷昌己
  • 雑誌名: シミュレーション Vol. 24, No. 4 ページ: 21-24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discrete state Transition Systems on Continuous Space-Time : A Theoretical Model for Amorphous Computing (2005)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 3699 ページ: 117-129
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータ制御コードの最適化 (2005)
  • 著者名/発表者名: 阿部正佳, 萩谷昌己, 瀬川修
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第22回大会論文集 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Retargetable Code Generator for the Generic Intermediate Language in COINS (2005)
  • 著者名/発表者名: Seika Abe, Masami Hagiya, Ikuo Nakata
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Programming Vol. 46, No. SIG14 ページ: 12-29
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aqueous Computing with DNA Hairpin-Based RAM (2005)
  • 著者名/発表者名: Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computers (DNA10), Lecture Notes in Computer Science 3384 ページ: 355-364
  • 査読あり
• [雑誌論文] Specificity of Hybridization between DNA Sequences Based on Free Energy (2005)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of DNA11 1 ページ: 366-375
  • 査読あり
• [雑誌論文] Experimental Challenge of Scaled-up Hierarchical DNA Memory (2005)
  • 著者名/発表者名: S. Kashiwamura, M. Yamamoto, A. Kameda, A. Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of DNA11 1 ページ: 396
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAタイルによる自己組織的ナノ構造制御 (2005)
  • 著者名/発表者名: 山本 雅人
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005), イベント企画チュートリアル「分子計算の仕組み」 1 ページ: 7-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自由エネルギーを用いたDNAナノ構造形成のための塩基配列設計 (2005)
  • 著者名/発表者名: 飯村直記, 山本 雅人, 田中文昭, 亀田充史, 大内 東
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005) 1 ページ: 371-373
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自由エネルギーに基づいた塩基配列設計に関する研究 (2005)
  • 著者名/発表者名: 田中文昭, 亀田充史, 山本雅人, 大内東
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005) 1 ページ: 375-377
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAを記憶素子として用いた分子メモリの開発と大容量化に関する検討 (2005)
  • 著者名/発表者名: 柏村 聡, 山本 雅人, 亀田 充史, 大内 東
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005) 1 ページ: 367-369
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA分子を利用したリレーショナルデータベースの開発 (2005)
  • 著者名/発表者名: 北 豊, 柏村 聡, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
  • 雑誌名: 第4回情報科学技術フォーラム(FIT2005) 1 ページ: 21-23
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAタイル構造の安定性評価法 (2005)
  • 著者名/発表者名: 飯村 直記, 山本 雅人, 田中 文昭, 亀田 充史, 大内 東
  • 雑誌名: 北海道情報処理シンポジウム 1 ページ: 126-127
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAタイルによる計算論的ナノテクノロジー (2005)
  • 著者名/発表者名: 山本 雅人, 飯村 直記, 田中 文昭, 亀田 充史, 大内 東
  • 雑誌名: 第98回日本分子生物学会年会 シンポジウム「ナノバイオテクノロジー・分析から構築の科学へ」 ページ: 40-40
  • 査読あり
• [雑誌論文] Potential for enlarging DNA memory : the validity of experimental operations of scaled-up nested primer molecular memory (2005)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Biosystems Vol. 80, No. 1 ページ: 99-112
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of nucleic acid seguences for DNA computing based on a thermodynamic approach (2005)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research Vol. 33, No. 3 ページ: 903-911
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of Soccer-ball-shape DNA Molecules and Preliminary Experiments in Vitro (2005)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Kita, Atsushi Rameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of The 10th International Symposiumon Artificial Life and Robotics 1 ページ: 563-566
  • 査読あり
• [雑誌論文] P-cats : Prediction of catalytic residues in proteins from the tertiary structures (2005)
  • 著者名/発表者名: K. Kinoshita, M. *Ota
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 3570-3571
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8 : X-ray crystallographic analysis and calorimetry (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Asada, M. Sawano, K. Ogasahara J. Nakamura, M. Ota, C. Kuroishi, M. Sugahara, K. Yutani, N. Kunishima
  • 雑誌名: J Biochem 138 ページ: 343-353
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of lambda Cro Fold : Solution Structure of a Monomeric Variant of the De Novo Protein (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Isogai, Y. Ito, T. Ikeya, I, Shiro, M. Ota
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 354 ページ: 801-814
  • 査読あり
• [雑誌論文] Security and Reliability of LDPC Based Public-Key Cryptosysterns (2005)
  • 著者名/発表者名: D. Saad, N. Skantzos, Y. *Kabashima
  • 雑誌名: Prog. Theor. Phys. 157 ページ: 229-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical Mechanics of Source Coding with a Fidelity Criterion (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima, T. Hosaka
  • 雑誌名: Prog. Theor. Phys. 157 ページ: 197-204
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Exact Analytic Continuation to Complex Replica Number in the Discrete Random Energy Model of Finite System Size (2005)
  • 著者名/発表者名: K. Ogure, Y. Kabashima
  • 雑誌名: Prog. Theor. Phys. 157 ページ: 103-106
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replicated Bethe Free Energy : A Variational Principle behind Survey Propagation (2005)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima
  • 雑誌名: J. Phys. Soc. Jpn. 74 ページ: 2133-2136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical Mechanical Development of a Sparse Bayesian Classifier . (2005)
  • 著者名/発表者名: S. Uda, Y. Kabashima
  • 雑誌名: J. Phys. Soc. Jpn. 74 ページ: 2233-2242
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biased mutation-assembling : an efficient method for rapid directed evolution through simultaneous mutation accumulation (2005)
  • 著者名/発表者名: Hamamatsu N., Aita T., Nomiya Y., Uchiyama H., Nakajima M., HusimiY., Shibanaka Y.
  • 雑誌名: Protein Eng. Design & Selection 18(6) ページ: 265-271
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamical Interpretation of Evolutionary Dynamics on a Fitness Landscape in an Evolution Reactor, II (2005)
  • 著者名/発表者名: Aita T., Morinaga S., Husimi Y.
  • 雑誌名: Bulletin of Mathematical Biology 67(3) ページ: 613-661
  • 査読あり
• [雑誌論文] マルコフ連鎖モンテカルロ法の分子計算による実現の一検討 (2005)
  • 著者名/発表者名: 染谷博司, 山村雅幸, 坂本健作
  • 雑誌名: 電気学会電子・情報・システム部門大会2005論文集 OS3-4 ページ: 466-469
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Robust Real-Coded Evolutionary Algorithm with Toroidal Search Space Conversion (2005)
  • 著者名/発表者名: Someya, H. Yamamura, M.
  • 雑誌名: Soft Computing Vol. 9, No. 4 ページ: 254-269
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子コンピューティングの現状と新展開 (2005)
  • 著者名/発表者名: 山村雅幸, 萩谷昌己
  • 雑誌名: 日本建築学会第28回情報・システム・利用・技術シンポジウム論文集 1 ページ: 286-293
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピューティングのための配列設計 (2004)
  • 著者名/発表者名: 小林聡
  • 雑誌名: 情報処理 4 5 ページ: 164-169
  • 査読あり
• [雑誌論文] Testing Structure Freeness of Regular Sets of Biomolecular Sequences (2004)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kobayashi
  • 雑誌名: Proceedings of 10th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 395-404
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluating Biomolecular Sequences Using Hydrogen Bond Network Graph (2004)
  • 著者名/発表者名: Kazuya Nagatsu, Atsushi Kijima, Satoshi Kobayashi
  • 雑誌名: Proceedings of 10th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 441
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA計算のための配列集合評価アルゴリズム (2004)
  • 著者名/発表者名: 小林聡
  • 雑誌名: 第52回数理モデル化と問題解決研究会予稿集 MPS-52 ページ: 89-92
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子計算の理論モデル (2004)
  • 著者名/発表者名: 小林聡, 榊原康文, 横森貴
  • 雑誌名: 「分子コンピュータの現状と展望」(萩谷編), サイエンス社 1 ページ: 32-40
  • 査読あり
• [雑誌論文] A DNA-based Computational Model using a Specific Type of Restriction Enzymes (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakakibara, H. Imai
  • 雑誌名: Journal of Automata, Languages and Combinatorics 9・1 ページ: 111-119
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子コンピューティングの新しいモデル (2004)
  • 著者名/発表者名: 榊原康文
  • 雑誌名: 「分子コンピュータの現状と展望」(萩谷編), サイエンス社 1 ページ: 84-90
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the Power of Membrane Division in P Systems (2004)
  • 著者名/発表者名: Gh. Paun, Y. Suzuki, H. Tanaka, T. Yokomori
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science 324 ページ: 61-85
  • 査読あり
• [雑誌論文] Emergence of auto-catalytic structure in stochastic self-reinforcing reaction networks (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki, P. Davis, H. Tanaka
  • 雑誌名: Journal of Artificial Life and Robotics 7 ページ: 210-213
  • 査読あり
• [雑誌論文] Toward a novel computational framework for molecular computing : chemical reactionas computation (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki, D. Besozzi, C. Zandron, H. Tanaka, G. Mauri
  • 雑誌名: Preproceedings of DNA10 1 ページ: 455
  • 査読あり
• [雑誌論文] 言語モデルLMNtal (2004)
  • 著者名/発表者名: 上田和紀, 加藤紀夫
  • 雑誌名: コンピュータソフトウェア 21 ページ: 44-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtalにおけるルールセット不変性の検査 (2004)
  • 著者名/発表者名: 圷弘明, 加藤紀夫, 上田和紀
  • 雑誌名: 第6回プログラミングおよびプログラミング言語ワークショップ(PPL2004)論文集 1 ページ: 211-216
  • 査読あり
• [雑誌論文] 並行言語モデルLMNtalにおけるプロセス構造の解析 (2004)
  • 著者名/発表者名: 加藤紀夫, 上田和紀
  • 雑誌名: 第6回プログラミングおよびプログラミング言語ワークショップ(PPL2004)論文集 1 ページ: 217-222
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pseudorandomness of SPN-Type Transformations (2004)
  • 著者名/発表者名: W. Lee, M. Nandi, P. Sarkar, D. Chang, S. Lee, K. Sakurai
  • 雑誌名: Information Security and Privacy : 9th Australasian Conference, ACISP 2004, LNCS 3108 ページ: 212-223
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA計算における局所探索法による反応障壁近似計算 (2004)
  • 著者名/発表者名: 武田勉, 小野廣隆, 定兼邦彦, 山下雅史
  • 雑誌名: 信学技報, vol. 104, no. 339, COMP2004-49 1 ページ: 41-46
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Improved Heuristic for Solving TSP Based on the Evolution of Easy Instances (2004)
  • 著者名/発表者名: S. Fujita, S. Umezane
  • 雑誌名: Proc. International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2004) 1 ページ: 324-330
  • 査読あり
• [雑誌論文] Advantages of Backward Searching --- Efficient Secondary Memory and Distributed Implementation of Compressed Suffix Arrays (2004)
  • 著者名/発表者名: V. Makinen, G. Navarro, K. Sadakane
  • 雑誌名: Algorithms and Computation, 15th International Symposium, ISAAC 2004 1 ページ: 681-692
  • 査読あり
• [雑誌論文] Compressed Index for Dynamic Text (2004)
  • 著者名/発表者名: W. K. Hon, T. W. Lam, K. Sadakane, W. R. Sung, S. M. Yiu
  • 雑誌名: IEEE Data Compression Conference (DCC 2004) 1 ページ: 102-111
  • 査読あり
• [雑誌論文] グラフの集合を表現するラベル付グラフについて (2004)
  • 著者名/発表者名: 溝口佳寛, 森雅生
  • 雑誌名: 火の国情報シンポジウム2004 1 (予稿集CD-ROM) ページ: A-2-4,22
  • 査読あり
• [雑誌論文] ランダムタイリングの数値シミュレーション (2004)
  • 著者名/発表者名: 貞廣泰造
  • 雑誌名: 数理解析研究所講究録 1381 ページ: 182-189
  • 査読あり
• [雑誌論文] k-Coteries for Tolerating Network 2-Partition (2004)
  • 著者名/発表者名: T. Harada, M. Yamashita
  • 雑誌名: IEEE Trans. Parallel and Distributed Systems 15-7 ページ: 666-672
  • 査読あり
• [雑誌論文] Communication for Improving Policy Computation in Distributed POMDPs (2004)
  • 著者名/発表者名: Ranjit Nair, Tambe Milind, Maayan Roth, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Third International Joint Conference on Autonomous Agents and Multi-Agent Systems (AAMAS2004) 3 ページ: 1098-1105
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiagent Planning as Control Synthesis (2004)
  • 著者名/発表者名: Kiam Tian Seow, Chuan Ma, Makoto Yokoo
  • 雑誌名: Third International Joint Conference on Autonomous Agents and Multi-Agent Systems (AAMAS2004) 1 ページ: 972-979
  • 査読あり
• [雑誌論文] High Speed Formations of Reconfigurable Modular Robotic Systems (2004)
  • 著者名/発表者名: A. Dumitrescu, I. Suzuki, M. Yamashita
  • 雑誌名: Int'l Journal on Robotic Research 23(6) ページ: 583-593
  • 査読あり
• [雑誌論文] Motion Planning for Metamorphic Systems : Feasibility, Decidability and Distributed Reconfiguration (2004)
  • 著者名/発表者名: A. Dumitrescu, I. Suzuki, M. Yamashita
  • 雑誌名: IEEE Trans. Robotics and Automation 20(3) ページ: 409-418
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards Molecular Programming - a Personal Report on DNA8 and Molecular Computing (2004)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya
  • 雑誌名: Natural Computing Series 1 ページ: 125-140
  • 査読あり
• [雑誌論文] Minimum Basin Algorithm : An Effective Analysis Technique for DNA Energy Landscapes (2004)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Kubota, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA10, Preliminary Proceeding 1 ページ: 202-213
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Nanorobotics and Sequence Design (2004)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya
  • 雑誌名: Proc. SICE Annual Conference 1 ページ: 2774-2778
  • 査読あり
• [雑誌論文] On Computation of Minimum Free Energy and Partition Function of Multiple Nucleic Acid Seguences (2004)
  • 著者名/発表者名: Keiichiro Takahashi, Masami Hagiya
  • 雑誌名: Proc. FIT2004 Vol. 1 ページ: 91-92
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preliminary Experiments on Hairpin Structure Dissociation for Constructing Robust DNA Machines (2004)
  • 著者名/発表者名: Keiichiro Takahashi, Masami Hagiya
  • 雑誌名: Proc. of the 2004 IEEE 1 ページ: 285-290
  • 査読あり
• [雑誌論文] 光機能性DNAの設計と応用 (2004)
  • 著者名/発表者名: 浅沼浩之, 樫田啓
  • 雑誌名: 高分子加工 53(1) ページ: 37-43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo-regulation of RNA Digestion by RNase H with Azobenzene-Tethered DNA (2004)
  • 著者名/発表者名: D. Matsunaga, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 126 ページ: 11452-11453
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photoregulation of in vitro transcription/translation of GFP by tethering an azobenzene to T7 promoter (2004)
  • 著者名/発表者名: J. Zhao, J. Zhou, M. Liu, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 4 1 ページ: 199-200
  • 査読あり
• [雑誌論文] Real time monitoring of the interaction of T7 RNA polymerase with azobenzene-tethered T7 promoter by affinity biosensor (2004)
  • 著者名/発表者名: M. Liu, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 4 1 ページ: 221-222
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interstrand H aggregation of cationic dyes for narrowing the absorption spectra and stabilizing the duplex (2004)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, H. Kashida, M. Komiyama
  • 雑誌名: Supramol. Chem. 16 ページ: 459-464
  • 査読あり
• [雑誌論文] Azobenzene-tethered DNA towards the photo-regulation of molecular machine (2004)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, D. Matsunaga, M. Komiyama
  • 雑誌名: DNA10, Preliminary Proceedings 1 ページ: 434
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternating hetero H-aggregation of different dyes by interstrand stacking from two DNA-dye conjugates (2004)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, H. Kashida, M. Komiyama
  • 雑誌名: Angew. Chem. Int. Ed. Engl 43 ページ: 6522-6525
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Method of Error Suppression for Self-Assembling DNA Tiles (2004)
  • 著者名/発表者名: K. Fujibayashi, S. Murata
  • 雑誌名: Proc. DNA10 1 ページ: 284-293
  • 査読あり
• [雑誌論文] Self-Assembling DNA Tiles -Mechanisms of Error Suppression (2004)
  • 著者名/発表者名: S. Murata
  • 雑誌名: Proc. SICE Annual Conference 1 ページ: 2764-2767
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of AFM Anodic Oxidation to Patterning of Biomolecules on Si (2004)
  • 著者名/発表者名: T. Yoshinobu, W. -C. Moon, A. Nishikawa, J. Suzuki, H. Iwasaki
  • 雑誌名: Sensors and Materials 16 ページ: 421-428
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autonomous biomolecular computer modeled after retroviral replication (2004)
  • 著者名/発表者名: N. Nitta, A. Suyama
  • 雑誌名: Lect. Notes Comput. Sc. 2943 ページ: 03-212
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parallel translation of DNA clusters by VGSEL array trapping and temperature control with laser illumination (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, T. Kawakami, F. Sumiyama, A. Suyama, J. Tanida
  • 雑誌名: Lect. Notes Comput. Sc. 2943 ページ: 1-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータとナノテクノロジー (2004)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 23(2) ページ: 241-246
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータの現状と将来 (2004)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 臨時別冊・数理科学 SGCライブラリ 31 ページ: 129-135
  • 査読あり
• [雑誌論文] バイオコンピュータ・DNAデバイス (2004)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 新訂版・表面科学の基礎と応用, 日本表面科学会編 1 ページ: 1365-1367
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA二重らせんの安定性を解く-その理論と応用 (2004)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, 陶山明
  • 雑誌名: 東京大学バイオインフォマティクス集中講義 1 ページ: 60-67
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular reactions for a molecular memory based on hairpin DNA (2004)
  • 著者名/発表者名: M. Takinoue, A. Suyama
  • 雑誌名: CBI J. 4(3) ページ: 112-120
  • 査読あり
• [雑誌論文] Equilibrium Model of DNA Chip Hybridization Error (2004)
  • 著者名/発表者名: John A. Rose, Masami Hagiya, Akira Suyama
  • 雑誌名: The 15^<th> International Conference on Genome Informatics 1 ページ: 1-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] ソフトリソグラフィーを用いたマイクロ・ナノ構造の製作技術 (2004)
  • 著者名/発表者名: 金田祥平, 藤井輝夫
  • 雑誌名: 高分子 53 ページ: 341
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Microfluidic Device of Write-in and Read-out Operations of a Molecular Memory (2004)
  • 著者名/発表者名: K. Mogi, S. Kaneda, K. Ono, T. Fukuba, T. Fujii
  • 雑誌名: Proc. ・ TAS 2004 1 ページ: 569-571
  • 査読あり
• [雑誌論文] 整数線形計画法を用いたDNAコンピュータ制御コードの生成 (2004)
  • 著者名/発表者名: 阿部正佳, 萩谷昌己
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌プログラミング Vol. 45, No. SIG9 ページ: 1-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Code Generation for a DNA Computer by Integer Linear Programming (2004)
  • 著者名/発表者名: Seika Abe, Masami Hagiya, Takao Nakajima
  • 雑誌名: Proceedings of the 2004 IEEE Conference on Cybernetics and Intelligent Systems 1 ページ: 268-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamic Parameters, Based on a Nearest-Neighbor Model for DNA Seauences with a Single-Bulge Loop (2004)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Biochemistry Vol. 43, No. 22 ページ: 7143-7150
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-step Search for DNA Sequence Design, IEICE TRANSACTIONS on Fundamentals of Electronics (2004)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Communications and Computer Sciences Vol. E87-A, N0. 6 ページ: 1446-1453
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development, Evaluation and Benchmarking of Simulation Software for Biomolecule-based Computing (2004)
  • 著者名/発表者名: S. -Y. Shin, B. -T. Zhang, S. Kashiwamura. M. Yamamoto, A. Kameda, A. Ohuchi
  • 雑誌名: Natural Computing Vol. 3, No. 4 ページ: 427-442
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational Addressing Using the Hairpin structure of Single-Strand DNA (2004)
  • 著者名/発表者名: A. Kameda, M. Yamamoto, H. Uejima, M. Hagiya, R. Sakamoto, A. Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computers (DNA9), LNCS Vol. 2943 ページ: 219-224
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aqueous Computing with DNA hairpin-based RAM (2004)
  • 著者名/発表者名: Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of DNA10 1 ページ: 50-59
  • 査読あり
• [雑誌論文] Probabilistic state Transition Model based on PCR (2004)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kameda, Keisuke Hashimoto, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of DNA10 1 ページ: 448-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] サッカーボール型DNA分子の設計と基礎実験 (2004)
  • 著者名/発表者名: 北 豊, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
  • 雑誌名: 情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集 1 ページ: 14-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAヘアピンを利用したRAMによるアクエアスコンピューティング (2004)
  • 著者名/発表者名: 高橋 直人, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
  • 雑誌名: 情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集 1 ページ: 16-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nearest-Neighbor Thermodynamics of DNA Seauences with Single Bulge Loop (2004)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA9), LNCS 2943 ページ: 170-179
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational Addressing Using the Hairpin structure of Single-Strand DNA (2004)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Kensaku Sakamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: 9th International Workshop on DNA Based Computers(DNA9) 2943 ページ: 219-224
  • 査読あり
• [雑誌論文] General Protocol for Evaluating the Degree of Occurrence of Mis-Hybridization (2004)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the Ninth International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 9th'04) 1 ページ: 303-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction and Verification of DNA Hairpin-based RAM (2004)
  • 著者名/発表者名: Naoto Takahashi, Atsushi Kaieda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the Ninth International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 9th'04) 2 ページ: 388-391
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピューティングと最適化 (2004)
  • 著者名/発表者名: 山本 雅人, 大内 東
  • 雑誌名: 平成16年電気学会全国大会講演論文集 Vol. 4-S19 ページ: 13-16
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子プログラミング大容量分子メモリと分子 (2004)
  • 著者名/発表者名: 萩谷昌己, 山本雅人, 亀田充史
  • 雑誌名: 臨時別冊・数理科学SGCライブラリー31 分子コンピュータの現状と展望-分子プログラミングへの展開- 1 ページ: 112-118
  • 査読あり
• [雑誌論文] The crystal structure of the tryptophan synthase beta subunit from the hyperthermophile Pyrococcus furiosus (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Hioki, K. Ogasahara K, S. Lee, J. Ma, M. Ishida, Y. Yamagata, Y. Matsuura, M. Ota, M. Ikeguchi, S. Kuramitsu, K. Yutani
  • 雑誌名: Eur. J. Biochem 271 ページ: 2624-2635
  • 査読あり
• [雑誌論文] Possible involvement of an FKBP family member protein from a psychrotrophic bacterium Shewanella sp. SIB1 in cold-adaptation (2004)
  • 著者名/発表者名: Suzuki., Y, Haruki, M., Takano, K., Morikawa, M., Kanaya, S.
  • 雑誌名: Eur J Biochem 271 ページ: 1372-81
  • 査読あり
• [雑誌論文] A design for cellular evolutionary computation by using bacteria (2004)
  • 著者名/発表者名: Wakabayashi K., Yamamura M.
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of 10^<th> International Meeting on DNA based computers (DNA10) 1 ページ: 304-313
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質工学のための遺伝的アルゴリズムの設計 (2004)
  • 著者名/発表者名: 坂本健作, 山村雅幸, 染谷博司
  • 雑誌名: 電気学会電子・情報・システム部門大会2004講演論文集 OS5 ページ: 10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Toward "Wet" Implementation of Genetic Algorithm for Protein Engineering (2004)
  • 著者名/発表者名: K. Sakamoto, M. Yamamura, H. Someya
  • 雑誌名: In Preliminary Proceedings of 10th international Workshop on DNA-Based Computers 3384 ページ: 308-318
  • 査読あり
• [雑誌論文] statistical mechanics of low-density parity-check, codes (2004)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima, D. Saad
  • 雑誌名: J. Phys. A37, R1 ページ: R1-R43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamic Interpretation of evolutionary dynamics on a Mt. Fuji-type fitness landscape (2004)
  • 著者名/発表者名: Aita T., Husimi Y.
  • 雑誌名: Bulletin Math. Biology 66 ページ: 1371-1403
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the computational power of Insertion-Deletion Systems (2003)
  • 著者名/発表者名: A. Takahara, T. Yokomori
  • 雑誌名: Natural Computing 2 ページ: 321-336
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting Globally Structure Free Sequences by Local Structure Freeness (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Kobayashi. T. Kondo. K. Okuda, E. Tomita
  • 雑誌名: Proc. of9th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 206
  • 査読あり
• [雑誌論文] A method for extracting globally structure free set of sequences (2003)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kobayashi, Tomohiro Kondo, Kohei Okuda, Etsuji Tomita
  • 雑誌名: Technical Report of IEICE COMP2003-16 ページ: 1-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure Free Sequences for Biomolecular Computing (2003)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kobayashi
  • 雑誌名: The 990th American. Mathematical Society Fall EasternSectional Meeting 1 ページ: 80
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Algorithm for Testing Structure Freeness of Biomolecular Sequences (2003)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kobayashi, Takashi Yokomori, Yasubumi Sakakibara
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 2950 ページ: 266-277
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子計算のための配列設計(招待講演) (2003)
  • 著者名/発表者名: 小林聡
  • 雑誌名: 第6回情報論的学習理論ワークショップ予稿集 1 ページ: 307-314
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA-based Algorithms for Learning Boolean Formulae (2003)
  • 著者名/発表者名: Yasubumi Sakakibara
  • 雑誌名: Natural Computing 2 ページ: 153-171
  • 査読あり
• [雑誌論文] In Vitro Translation-based Computations (2003)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakakibara, T. Hohsaka
  • 雑誌名: Proceedings of 9th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 175-179
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA・分子コンピュータ (2003)
  • 著者名/発表者名: 榊原康文
  • 雑誌名: 「ナノテクノロジーハンドブック」, オーム社 1 ページ: 196-199
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子コンピュータを用いた計算と学習アルゴリズム(招待講演) (2003)
  • 著者名/発表者名: 榊原康文
  • 雑誌名: 第6回情報論的学習理論ワークショップ予稿集 1 ページ: 29-306
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modeling p53 signaling pathways by using P Systems (2003)
  • 著者名/発表者名: Y. Suzuki, S. Ogishima, H. Tanaka
  • 雑誌名: Preproceedings of the Workshop on Membrane Computing 1 ページ: 449-454
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Language Model LMNtal (2003)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda, Norio Kato
  • 雑誌名: Proc. Nineteenth Int. Conf. on Logic Programming(ICLP'03), LNCS, Springer-Verlag 2916 ページ: 517-518
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtalプロセスの振舞いの定式化 (2003)
  • 著者名/発表者名: 加藤紀夫, 上田和紀
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第20回大会論文集 1 ページ: 16-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] LMNtalプロトタイプ処理系の設計と実装 (2003)
  • 著者名/発表者名: 矢島伸吾, 永田貴彦, 加藤紀夫, 上田和紀
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第20回大会論文集 1 ページ: 21-25
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Combinatorial Auction among Versatile Experts and Amateurs (2003)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Ito, Makoto Yokoo, Shigeo Matsubara
  • 雑誌名: Third International Joint Conference on Autonomous Agents and Multi-Agent Systems (AAMAS2004) 8 ページ: 69-74
  • 査読あり
• [雑誌論文] Independent and Cooperative Parallel Search Methods for the Generalized Assignment Problem (2003)
  • 著者名/発表者名: M. Ishibashi, Y. Asahiro, M. Yamashita
  • 雑誌名: Optimization Methods and Software 18(2) ページ: 129-141
  • 査読あり
• [雑誌論文] 局所情報を用いたランダムウォークの拡張 (2003)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, 定兼邦彦, W. K. Sung, 塩崎真史, 山下雅史
  • 雑誌名: IPSJ SIG Notes, SIGAL-92-3 110 ページ: 17-23
  • 査読あり
• [雑誌論文] New Text Indexing Functionalities of the Compressed Suffix Arrays (2003)
  • 著者名/発表者名: K. Sadakane
  • 雑誌名: Journal of Algorithms 48(2) ページ: 292-313
  • 査読あり
• [雑誌論文] Breaking a Time-and-Space Barrier in Constructing Full-Text Indices (2003)
  • 著者名/発表者名: W. K. Hon, K. Sadakane, W. K. Sung
  • 雑誌名: Proc. IEEE FOCS 1 ページ: 251-260
  • 査読あり
• [雑誌論文] Constructing Compressed Suffix Arrays with Large Alphabets (2003)
  • 著者名/発表者名: W. K. Hon, T. W. Lam, K. Sadakane, W. K. Sung
  • 雑誌名: Proc. ISAAC, LNCS 2906 1 ページ: 240-249
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Vehicle Scheduler for On-Demand Bus Systems Based on a Heuristic Cost Estimation (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Fujita, A. Nakatani
  • 雑誌名: IEEE 2003 International Conference on Intelligent Transportation Systems (ITS 2003) 1 ページ: 1194-1199
  • 査読あり
• [雑誌論文] 巡回型量子セルオートマトンの挙動について (2003)
  • 著者名/発表者名: 井口修一, 溝口佳寛
  • 雑誌名: 応用数学合同研究集会報告集(2003/12) 1 ページ: 85-88
  • 査読あり
• [雑誌論文] Graph transformation approach for the shortest path search and lengthcalculation (2003)
  • 著者名/発表者名: M. Mori, Y. MIzoguchi
  • 雑誌名: Bull. of Informatics and Cybernetics 35, 5 ページ: 7-67
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proposal and Evaluation of Obfuscation Scheme for Java Source Codes by Partial Destruction of Encapsulation (2003)
  • 著者名/発表者名: K. Fukushima, T. Tabata, K. Sakurai
  • 雑誌名: International Symposium on Information Science and Electrical Engineering 2003 (ISEE 2003) 1 ページ: 389-392
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Software Fingerprinting Scheme for Java Using Classfiles Obfuscation (2003)
  • 著者名/発表者名: K. Fukushima, K. Sakurai
  • 雑誌名: Proc. of the 4th International Workshop on Information Security Applications (WISA2003) 1 ページ: 337-350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impact of Local Topological Information on Random Walks on Finite Graphs (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Ikeda, I. Kubo, N. Okumoto, M. Yamashita
  • 雑誌名: Proc. 30th International Colloquiunm on Automata, Languages and Programming (ICALP2003) 1 ページ: 1054-1067
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reducing the Hitting and the Cover Times of Random Walks on Finite Graphs by Local Topological Information (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Ikeda, I. Kubo, M. Yamashita
  • 雑誌名: The 2003 International Conference on VLSI(VLSI' 03) 1 ページ: 203-207
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transversal Merge Operation and Nondominated Grid Coteries (2003)
  • 著者名/発表者名: T. Harada, M. Yamashita
  • 雑誌名: Proc. 15th IASTED International Conference Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2003) 1 ページ: 128-133
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Computing (2003)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya, Azuma Ohichi
  • 雑誌名: DNA8 Lecture Notes in Computer Science Vol. 2568 ページ: 231-246
  • 査読あり
• [雑誌論文] Branching DNA Machines Based on Transitions of Hairpin structures (2003)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Kubota, Kazumasa Ohtake, Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Masami Hagiya
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03) 1 ページ: 2542-2548
  • 査読あり
• [雑誌論文] Secondary structure Design of Multi-State DNA Machines Based on Sequential Structure Transitions (2003)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Uejima, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA9 Preliminary Proceedings 1 ページ: 80-91
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analyzing Secondary Structure Transition Paths of DNA/RNA Molecules (2003)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Uejima, Masami Hagiya
  • 雑誌名: DNA9 Preliminary Proceedings 1 ページ: 92-96
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational Addressing using the hairpin structure of single-strand DNA (2003)
  • 著者名/発表者名: A. Kameda, M. Yamamoto, H. Uejima, M. Hagiya, K. Sakamoto, A. Ohuchi
  • 雑誌名: DNA9 Preliminary Proceedings 1 ページ: 197-201
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA-Dye conjugates for controllable H*aggregation (2003)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, T. Takarada, K. Shirasuka, M. Komiyama
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 125 ページ: 2217
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAの光機能化 (2003)
  • 著者名/発表者名: 浅沼浩之
  • 雑誌名: 高分子 52(3) ページ: 139
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo-regulation of DNA function by azobenzene-tethered oligonucleotides (2003)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, D. Matsunaga, M. Liu, X. Liang, J. Zhao, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 3 1 ページ: 117-118
  • 査読あり
• [雑誌論文] Eifective photo-regulation of transcription reaction by SP6RNA polymerase with modified DNA tethering multiple azobenzenes (2003)
  • 著者名/発表者名: M. Liu, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 3 1 ページ: 265-266
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMR study on the Photo-responsive DNA Tethering an Azobenzene. Assignment of the Absolute Configuration of Two Diastereomers and structure Determination of their Duplexes in the trans-Form. (2003)
  • 著者名/発表者名: X. Liang, H. Asanuma, H. Kashida, A. Takasu, T. Sakamoto, G. Kawai, M. Komiyama
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 125 ページ: 16408-16415
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synergistic Effect of the Two Azobenzenes in the Promoter on the Photo-Regulation of Transcription Reaction with SP6 RNA Polymerase (2003)
  • 著者名/発表者名: M. Liu, D. Tamaru, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Chem. Lett. 32(12) ページ: 1174-1175
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA-Naphthyl Red conjugate as a visualizing probe of DNA hybridization (2003)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, H. Kashida, M. Komiyama
  • 雑誌名: Chem. Commun. 1 ページ: 1536-1537
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a probe DNA which accompanies color change by hybridization (2003)
  • 著者名/発表者名: H. Kashida, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple. 3 1 ページ: 143-144
  • 査読あり
• [雑誌論文] 遺伝子発現の人工的制御 (2003)
  • 著者名/発表者名: 浅沼浩之
  • 雑誌名: バイオマテリアル-生体材料 21(4) ページ: 289-296
  • 査読あり
• [雑誌論文] AFM Fabrication of Oxide Patterns and Immobilization of Biomolecules on Si Surface (2003)
  • 著者名/発表者名: T. Yoshinobu, J. Suzuki, H. Kurooka, W. C. Moon, H. Iwasaki
  • 雑誌名: Electrochimica Acta 48 ページ: 3131-3135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biomolecules Patterning on Si Surface by AFM Oxidation (2003)
  • 著者名/発表者名: W. C. Moon, *T. Yoshinobu, A. Nishikawa, H. Iwasaki
  • 雑誌名: Proc. ISSIN-2003 1 ページ: 1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Patterned Surface as a Template for DNA-Based Nanotechnology (2003)
  • 著者名/発表者名: W. C. Moon, A. Nishikawa, T. Yoshinobu, H. Iwasaki
  • 雑誌名: proc. CEC 2003 vol. 4 ページ: 2727-2732
  • 査読あり
• [雑誌論文] 超並列コンピュータの誕生 : エーデルマンの実験 (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(1) ページ: 75-79
  • 査読あり
• [雑誌論文] 汎用型DNAコンピュータを目指して (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(3) ページ: 348-352
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autonomous biomolecular computer modeled after retroviral reprication (2003)
  • 著者名/発表者名: N. Nitta, A. Suyama
  • 雑誌名: Proc. of DNA9 1 ページ: 180-189
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parallel translation of DNA clusters by VCSEL array trapping and temperature control with laser illumination (2003)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, T. Kawakami, F. Sumiyama, A. Suyama, J. Tanida
  • 雑誌名: Proc. of DNA9 1 ページ: 19-27
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータとその応用 (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: ゲノム医学 3(2) ページ: 223-228
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータ, 薄膜・表面物理セミナー「有機分子ナノテクノロジー」AP032326 (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 応用物理学会 1 ページ: 53-58
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自律的に動作するin vivo DNAコンピュータ (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(11) ページ: 3
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータで生命の謎を解く (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(8) ページ: 882-886
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生命体は分子コンピュータである (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(5) ページ: 570-572
  • 査読あり
• [雑誌論文] 超並列DNAコンピュータの誕生 : エーデルマンの実験 (2003)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 22(1) ページ: 75-79
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Fidelity of the Tag-Antitag System 2 : Reconciliation with the Stringency Picture (2003)
  • 著者名/発表者名: John A. Rose, Masami Hagiya, Akira Suyama
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03) 1 ページ: 2740-2747
  • 査読あり
• [雑誌論文] A DNA-computing-based genetic program for in vitro protein evolution via constrained pseudomodule shuffling (2003)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, M. Takano, M. Hagiya, A. Suyama
  • 雑誌名: Genetic Programming and Evolvable Machines 4 1 ページ: 139-152
  • 査読あり
• [雑誌論文] A PNA-mediated whiplash PCR-based program for in vitro protein evolution (2003)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, M. Takano, A. Suyama
  • 雑誌名: LNCS 2568 ページ: 47-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Combining Droplet-Based Liquid Handling and On-Chip Capillary Electrophoresis With a New Sample Injection Method (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Kaneda, T. Fujii
  • 雑誌名: Proc. ・TAS 2003 1 ページ: 1279-1282
  • 査読あり
• [雑誌論文] マイクロ生化学システムにおける表面技術 (2003)
  • 著者名/発表者名: 金田祥平, 藤井輝夫
  • 雑誌名: 表面技術 54 ページ: 319-314
  • 査読あり
• [雑誌論文] Small Volume Droplet-Based Liquid Handling Device for DNA Identification and Quantification by Electrophoretic Separation (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Kaneda, K. Ono, T. Yamamoto, T. Fujii
  • 雑誌名: Proc Nanotech 2003 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] マイクロ生化学システムの新展開 (2003)
  • 著者名/発表者名: 金田祥平, 小野航一, 藤井輝夫
  • 雑誌名: 第9回創発システム・シンポジウム資料 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hierarchical DNA Memory Based on Nested PCR (2003)
  • 著者名/発表者名: S. Kashiwamura, M. Yamamoto, A. Kameda, T. Shiba, A. Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA8), LNCS 2568 ページ: 2568
  • 査読あり
• [雑誌論文] study of the Efficient Parameter Setting based on Mahalanobis-Taguchistrategy (2003)
  • 著者名/発表者名: Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-step Search for DNA Seauence Design (2003)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] State Transition Model Based on DNA Polymerization (2003)
  • 著者名/発表者名: Keisuke Hashimoto, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of DNA Hairpin-based RAM (2003)
  • 著者名/発表者名: Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Effect on a Bonding strength by the Freedom of Movement of a DNA Strand on a Solid Support in DNA Computing (2003)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of the 2003 International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications 1 ページ: 1-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation and Benchmarking (2003)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuehi
  • 雑誌名: Proceedings of Workshop on Simulation Tools for Biomolecular Computing in 2003 Congress on Evolutionary Computation 1 ページ: 22-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] 相互作用科学シリーズ生命複雑系からの計算パラダイム (2003)
  • 著者名/発表者名: 大内東, 山本雅人, 川村秀憲, 柴肇一, 高柳俊明, 常闇愛晃, 遠藤聡志
  • 雑誌名: 森北出版株式会社 1 ページ: 1-220
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Effect of the Bulge Loop upon the Hybridization Process in DNA Computing (2003)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: The 5th International Conference on Evolvable Systems : From Biology to Hardware LNCS 2606 ページ: 446-456
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of catalytic residues in enzymes based on known tertiary structure, stability profile, and sequence conservation (2003)
  • 著者名/発表者名: M. Ota, K. Kinoshita, K. Nishikawa
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 327 ページ: 1053-1064
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of the conserved protein TT1542 from Thermus thermophilus HB8 (2003)
  • 著者名/発表者名: N. Handa, T. Terada, Y. Kamewari, H. Hamana, J. R. H. Tame, S. -Y. Park, K. Kinoshita, M. Ota, H. Nakamura, S. Kuramitsu, M. Shirouzu, S. Yokoyama
  • 雑誌名: Protein Sci 12 ページ: 1621-1632
  • 査読あり
• [雑誌論文] Propagating beliefs in spin glass models (2003)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima
  • 雑誌名: Phys. Soc. Jpn 72 ページ: 1645
  • 査読あり
• [雑誌論文] Average and reliability error exponents in low-density parity-check codes (2003)
  • 著者名/発表者名: N. Skanzos, J. van Mourik, D. Saad, Y. Kabashima
  • 雑誌名: J. Phys. A36 ページ: 11131
  • 査読あり
• [雑誌論文] A CDMA multiuser detection algorithm on the basis of belief propagation (2003)
  • 著者名/発表者名: Y. Kabashima
  • 雑誌名: J. Phys. A36 ページ: 11111
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of common attacks in public-key cryptosystems based on low-density parity-check codes (2003)
  • 著者名/発表者名: N. Skanzos, D. Saad, Y. Kabashima
  • 雑誌名: Phys. Rev. E68 ページ: 056125
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamical Instenterpretation of Adaptive Walk on a Mt. Fuji-type Fitness Landscape : Einstein's Relation-like Formula holds in a Stochastic Evolution (2003)
  • 著者名/発表者名: Aita T., Husimi Y.
  • 雑誌名: J. Theor. Biol. 225 ページ: 215-228
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode Caenorhabditis elegans (2003)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Bioinformatics 19(6) ページ: 704-716
  • 査読あり
• [雑誌論文] GA-based Generic Method for Protein structure Comparison (2003)
  • 著者名/発表者名: Park, S. J. *Yamamura, M.
  • 雑誌名: Proc. 2003 Congress on Evolutionary Computation(CEC 2003) 1 ページ: 1528-1535
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-layer Protein Structure Comparison (2003)
  • 著者名/発表者名: Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura
  • 雑誌名: Proc. 15th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2003) 1 ページ: 435-440
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-Line Split DNA Synthesis : a combinatorial method to make a high quality peptide library (2003)
  • 著者名/発表者名: Tabuchi I., Soramoto S., Ueno s., Husimi Y.
  • 雑誌名: BMC Biotech 4. 19 ページ: 1186
  • 査読あり
• [雑誌論文] In vitro virusと進化分子工学 (2003)
  • 著者名/発表者名: 伏見譲, 田渕一郎
  • 雑誌名: 蛋白質・核酸・酵素(特集 : 化学と生物学の接点がつくるNEWバイオテクノロジー) 48, (11) ページ: 1481-1487
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intramolecular Fluorescent Resonance Energy Transfer (FRET)by BODIPY Chemical Modification of Cysteine-engineered Mutants of Green Fluorescent Protein (2003)
  • 著者名/発表者名: Suzuki M., Ito Y., Savage H. E., Husimi Y., Douglas K. T.
  • 雑誌名: Chem. Lett. 32 ページ: 306-307
  • 査読あり
• [雑誌論文] An in silico exploration of neutral network in protein sequence space (2003)
  • 著者名/発表者名: Aita T., Ota M., *Husimi Y.
  • 雑誌名: J. Theor. Biol. 221 ページ: 599-623
  • 査読あり
• [雑誌論文] グリッド環境に適した遺伝的アルゴリズムに関する考察とその実現 (2003)
  • 著者名/発表者名: 染谷博司
  • 雑誌名: 電気学会電子・情報・システム部門大会2003講演論文集 OS7-3 ページ: 435-439
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetases for genetic code expansion (2003)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi T, Nureki 0, Ishitani R, Yaremchuk A, Tukalo M, Cusack S, Sakamoto K, Yokoyama S.
  • 雑誌名: Nature Structural Biology 10 ページ: 425-432
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Magic Pot : Self-assembly computation revisited (2002)
  • 著者名/発表者名: T. Yokomori, Y. Sakakibara, S. Kobayashi
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 2300 ページ: 418-429
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the computational power of Insertion-Deletion Systems (2002)
  • 著者名/発表者名: A. Takahara, T. Yokomori
  • 雑誌名: Proc. of DNA Based Computers (DNA8) 1 ページ: 139-150
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular computing paradigm-toward freedom from Turing's charm (2002)
  • 著者名/発表者名: Takashi Yokomori
  • 雑誌名: Natural Computing 4 ページ: 333-390
  • 査読あり
• [雑誌論文] P-systems on Grraphs of restricted forms (2002)
  • 著者名/発表者名: Gh. Paun, Y. Sakakibara, T. Yokomori
  • 雑誌名: Publ. Math Debrecen 60 ページ: 635-660
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Sequence Design Using Templates (2002)
  • 著者名/発表者名: M. Arita, S. Kobayashi
  • 雑誌名: New Generation Computing 20 ページ: 263-277
  • 査読あり
• [雑誌論文] On Template Method for DNA Sequence Design (2002)
  • 著者名/発表者名: S. Kobayashi, T. Kondo, M. Arita
  • 雑誌名: Proc・of DNA Based Computers (DNA8) 1 ページ: 115-124
  • 査読あり
• [雑誌論文] バルジ・内部ループを形成しないDNA配列セットの設計 (2002)
  • 著者名/発表者名: 奥田講平, 小林聡
  • 雑誌名: 情報処理学会研究報告 2002-MPS-42 ページ: 99-102
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Pure Meta-Interpreter for Flat GHC, A Concurrent Constraint Language (2002)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda
  • 雑誌名: Computational Logic : Logic Programming and Beyond(A. C. Kakas, F. Sadri, Eds. ), LNAI, Springer-Verlag 2407 ページ: 138-161
  • 査読あり
• [雑誌論文] Programming with Logical Links : Design of the LMNtal language (2002)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Ueda, Norio Kato
  • 雑誌名: Proc. 3rd Asian Workshop on Programming Languages and Systems (APLAS 2002) 1 ページ: 115-126
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequentiality Analysis for Concurrent Logic Programs (2002)
  • 著者名/発表者名: Norio Kato, Kazunori Ueda
  • 雑誌名: Proc. 6th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (SCI 2002) 11 ページ: 329-336
  • 査読あり
• [雑誌論文] Programming with Logical Links (2002)
  • 著者名/発表者名: 上田和紀, 加藤紀夫
  • 雑誌名: 日本ソフトウェア科学会第19回大会論文集 1 ページ: 3A-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Kima : an Automated Error Correction System for Concurrent Logic Programs (2002)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Ajiro, Kazunori Ueda
  • 雑誌名: Automated Software Engineering 9 ページ: 67-94
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parallelization of a Local Search Method for the Generalized Assignment Problem (2002)
  • 著者名/発表者名: M. Ishibashi, Y. Asahiro, M, Yamashita
  • 雑誌名: Proc. of the Second Japanese-Sino Optimization Meeting (JSOM 2002) 1 ページ: 85
  • 査読あり
• [雑誌論文] On-Line Grid Packing with a Single Active Grid (2002)
  • 著者名/発表者名: S. Fujita
  • 雑誌名: Information Processing Letters 85, 4, 28 ページ: 199-204
  • 査読あり
• [雑誌論文] Location-Aware Buffering Schemes for Road Vehicle Communication Systems (2002)
  • 著者名/発表者名: S. Tagashira, Y. Wang, s. Fujita
  • 雑誌名: Proc. IASTED Int'l Conf. Networks, Parallel and Distributed Processing and Applications (NPDPA 2002) 1 ページ: 99-104
  • 査読あり
• [雑誌論文] 自己相似タイル貼り構成の計算例 (2002)
  • 著者名/発表者名: 貞広泰造, 櫻井幸一
  • 雑誌名: 数理解析研究所講究録, 数学解析の計算機上での理論的展開とその遂行可能性 1286 ページ: 119-130
  • 査読あり
• [雑誌論文] 有限遷移系の木表現式からの遷移図の自動作成 (2002)
  • 著者名/発表者名: 井口修二, 溝口佳寛, 河原康雄
  • 雑誌名: 応用数学合同研究集会報告集(2002/12) 1 ページ: 25-30
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fair Circulation of a Token (2002)
  • 著者名/発表者名: S. Ikeda, N. Okumoto, I. Kubo, M. Yamashita
  • 雑誌名: IEEE Trans. Parallel and Distributed Systems 13(4) ページ: 367-372
  • 査読あり
• [雑誌論文] Uniform and Self-Stabilizing Fair Mutual Exclusion on Unidirectional Rings with Unfair Distributed Daemon (2002)
  • 著者名/発表者名: H. Kakugawa, M. Yamashita
  • 雑誌名: Journal of Parallel and Distributed Computing 62 ページ: 885-898
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complexity analysis of the SATengine : DNA algorithms as probabilistic algorithms (2002)
  • 著者名/発表者名: Masami Hagiya, John A. Rose, Ken Komiya, Kensaku Sakamoto
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science Vol. 287 ページ: 59-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Horn Clause Computation by Self-Assembly of DNA Molecules (2002)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Satoshi Kobayashi
  • 雑誌名: DNA7 Lecture Notes in Computer Science Vol. 2340 ページ: 308-320
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo-Regulation of DNA-Triplex Formation by Azobenzene (2002)
  • 著者名/発表者名: X. Liang, H. Asanuma, M. Komiyama
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 124 ページ: 1877-1883
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo-Regulation of Transcription Reaction by T7 RNA Polymerase by Tethering an Azobenzene in the Promoter (2002)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, D. Tamaru, A. Yamazawa, M. Liu, M. Komiyama
  • 雑誌名: CHEMBIOCHEM 1 ページ: 786-789
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photo-regulation of transcription by RNA polymerase with azobenzene-tethered promoter (2002)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, M. Liu, D. Tamaru, X. Liang, M. Komiyama
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Supple 2 1 ページ: 75-76
  • 査読あり
• [雑誌論文] H-Aggregation of Methyl Reds by the Hybridization of DNA-Dye conjugates (2002)
  • 著者名/発表者名: H. Asanuma, R. Shirasuka, M. Komiyama
  • 雑誌名: Chem. Lett. 1 ページ: 490-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] Self-Organizing Formation Algorithm for Active Elements (2002)
  • 著者名/発表者名: K. Fujibayashi, S. Murata, K. Sugawara, M. Yamamura
  • 雑誌名: Proc. 21^<st> IEEE Symposium on Reliable Distributed Systems 1 ページ: 416-421
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced nano-oxidation on a SC1-treated Si surface using atomic force microscopy (2002)
  • 著者名/発表者名: W. C. Moon, T. Yoshinobu, H. Iwasaki
  • 雑誌名: Jpn. J. Appl. Phys. 41 ページ: 4754-4-757
  • 査読あり
• [雑誌論文] AFM Fabrication of Oxide Patterns and Immobilization of Biomolecules on Si Surface (2002)
  • 著者名/発表者名: T. Yoshinobu, J. Suzuki, W. C. Moon, H. Kurooka, H. Iwasaki
  • 雑誌名: 53rd Annual Meeting of the International Society of Electrochemistry, EMNT2002 1 ページ: 3131-3135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards DNA patterning on silicon surface--consideration on basic methods-- (2002)
  • 著者名/発表者名: A. Nishikawa, H. Kurooka, S. Antoranz Contera, W. C. Moon, T. Yoshinobu, H. Iwasaki
  • 雑誌名: Preliminary proceedings of DNA8 1 ページ: 334
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子計算の現状--DNA8の話題から (2002)
  • 著者名/発表者名: 西川明男
  • 雑誌名: Computer Today 第19巻5号 ページ: 17-21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Programmable DNA computer with application to mathematical and biological problems (2002)
  • 著者名/発表者名: A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary Proc. of The Eighth International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 91
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly specific and Quantitative gene expression profiling based on DNA computing (2002)
  • 著者名/発表者名: N. Nishida, M. Wakui, Y. Hatta-Ohashi, T. Tokunaga, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary Proc. of The Eighth International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 79
  • 査読あり
• [雑誌論文] Automated processing system for gene expression profiling based on DNA computing technologies (2002)
  • 著者名/発表者名: N. Morimoto, M. Kiyohara, N. Sugiura, S. Karaki, T. Nakajima, T. Makino, N. Nishida, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary Proc. of The Eighth International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 331
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solving a 10-variable 43-clause instance of 3-SAT problems on DNA computer automatically executing a basic instruction set (2002)
  • 著者名/発表者名: T. Nakajima, Y. Sakai, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary Proc. of The Eighth International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 332
  • 査読あり
• [雑誌論文] ハイブリッドDNAコンピュータのハードウェア (2002)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 電気学会誌 122(3) ページ: 160-163
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAコンピュータの現状と将来 (2002)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: Computer Today 109 ページ: 11-16
  • 査読あり
• [雑誌論文] 実用化されはじめたDNAコンピューター (2002)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 日経サイエンス 5月号 ページ: 114
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子生物学の教科書に隠されていたDNAコンピュータ. (2002)
  • 著者名/発表者名: 陶山明
  • 雑誌名: 細胞工学 21(11) ページ: 1346-1349
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Equilibrium Analysis of the Efficiency of an Autonomous Molecular Computer (2002)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, E. J. Deaton, M. Hagiya, A. Suyama
  • 雑誌名: Physical Review E Vol. 65, No. 2-1 ページ: 1-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Fidelity of the Tag-Antitag System, DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: John A. Rose, Russell J. Deaton, Masami Hagiya, Akira Suyama
  • 雑誌名: DNA7, LNCS 2340 ページ: 138-149
  • 査読あり
• [雑誌論文] PNA-mediated Whiplash PCR, DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: John. A. Rose, Russell J. Deaton, Masami Hagiya, Akira Suyama
  • 雑誌名: DNA7, LNCS 2340 ページ: 104-116
  • 査読あり
• [雑誌論文] A DNA-based in vitro Genetic Program (2002)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, M. Hagiya, R. J. Deaton, A. Suyama
  • 雑誌名: J. Biol. Phys. 28 ページ: 493-498
  • 査読あり
• [雑誌論文] A PNA-mediated whiplash PCR-based program for in vitro protein evolution (2002)
  • 著者名/発表者名: J. A. Rose, M. Takano, A. Suyama
  • 雑誌名: Preliminary Proc. of The Eighth International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 5-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] PDMS glass hybrid microreactor array with embedded temperature controldevice. Application to cell-free protein synthesis (2002)
  • 著者名/発表者名: Takatoki Yamamoto, Teruo Fujii, Takahiko Nojima
  • 雑誌名: Lab on a Chip 2 ページ: 197-202
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards a High Reliability of the PCR Amplification Process in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Masashi Nakatsugawa, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: International Journal of Computational Intelligence and Applications Vol. 2, No. 4 ページ: 423-432
  • 査読あり
• [雑誌論文] Local Search by Concentration Controlled DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: International Journal of Computational Intelligence and Applications Vol. 2, No. 4 ページ: 447-455
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Security System for Personal Genome Information at DNA level (2002)
  • 著者名/発表者名: Yumi Kawazoe, Toshikazu Shiba, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of IEEE Computer Society Bioinfomation Conference 1 ページ: 314-320
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Analysis of Computational Efficiency of DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Unconventional Models of Computation, Lecture Notes in Computer Science 2509 ページ: 2509
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Separation Method for DNA Computing Based on Concentration Control (2002)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Atsushi kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: New Generation Computing 20 ページ: 251-261
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards Optimization of PCR Protocol in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA7), LNCS 2340 ページ: 14-22
  • 査読あり
• [雑誌論文] Developing Support System for Sequence Design in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: The 7th International Meeting on DNA Computing, LNCS 2340 ページ: 129-137
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solutions of Shortest Path Problems by Concentration Control (2002)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: DNA Computing (DNA7), LNCS 2340 ページ: 203-212
  • 査読あり
• [雑誌論文] Towards a General Purpose Sequence Design System in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Tanaka, Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation 1 ページ: 73-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simulation Analysis of Hybridization Process for DNA Computing with Concentration Control (2002)
  • 著者名/発表者名: Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation 1 ページ: 85-90
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of a PCR Protocol for Improving Reliability of PCR in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation 1 ページ: 91-96
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improvement of the Reliability of Experiments in DNA Computing (2002)
  • 著者名/発表者名: Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Preliminary Proceedings of 8th International Meeting on DNA Based on Computings 1 ページ: 333
  • 査読あり
• [雑誌論文] Constructions of Security System for Information Encoded by DNA (2002)
  • 著者名/発表者名: Yumi Kawazoe, Toshikazu Shiba, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of 8th International Meeting on DNA Based on Computings 1 ページ: 337-337
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hierarchical DNA Memory based on Nested PCR (2002)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
  • 雑誌名: Proceedings of 8th International Meeting on DNA Based Computers 1 ページ: 231-240
  • 査読あり
• [雑誌論文] 解説 DNAコンピューテイングパラダイム-その原理と工学応用への課題 (2002)
  • 著者名/発表者名: 山本雅人, 柴肇二,大内東
  • 雑誌名: システム/制御/情報 5 ページ: 260-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimization of Noisy Fitness Functions by means of Genetic Algorithms using History. of Search with Test of Estimation (2002)
  • 著者名/発表者名: Yasuhito Sano, Hajime Kita
  • 雑誌名: Proc. CEC2002 1 ページ: 360-365
  • 査読あり
• [雑誌論文] 探索履歴を利用した遺伝的アルゴリズムによる不確実関数の最適化 (2002)
  • 著者名/発表者名: 佐野泰仁, 喜多一
  • 雑誌名: 電気学会論文誌 Vol. 122-C, No. 6 ページ: 1001-1008
  • 査読あり
• [雑誌論文] GTOP : a database of protein structures predicted from genome sequences (2002)
  • 著者名/発表者名: T. Kawabata, S. Fukuchi, K. Honmma, M. Ota, J. Araki, T. Ito, N. Ichiyoshi, K. Nishikawa
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 30 ページ: 294-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome (2002)
  • 著者名/発表者名: K. Homma, S. Fukuchi, T. Kawabata, M. Ota, K. Nishikawa
  • 雑誌名: Gene 294 ページ: 25-33
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of amino acids involved in protein structural uniqueness : Implication for de novo protein design (2002)
  • 著者名/発表者名: Y. Isogai, M. Ota, A. Ishii, M. Ishida, K. Nishikawa
  • 雑誌名: Protein Vol. 15, No. 7 ページ: 555-560
  • 査読あり
• [雑誌論文] A statistical-mechanical approach to CDMA multiuser detection : propagating beliefs in a densely connected graph (2002)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Kabashima
  • 雑誌名: cond-mat/0210535 A36 ページ: 11111-11121
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust Evolutionary Algorithms with Toroidal Search Space Conversion for Function Optimization (2002)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Someya, Masayuki Yamamura
  • 雑誌名: In Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference 2002 (GECCO-2002) 1 ページ: 553-560
  • 査読あり
• [雑誌論文] 探索オペレータの機能分担を考慮した進化型計算による関数最適化 (2002)
  • 著者名/発表者名: 染谷博司, 山村雅幸
  • 雑誌名: 電気学会論文誌C Vol. 122-C, No. 3 ページ: 363-373
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design of Various High Quality Random Libraries for in vitro Protein Evolution (2002)
  • 著者名/発表者名: Soramoto, S., Ueno, S., Tabuchi, I., Husimi, Y.
  • 雑誌名: Genome Informatics 13 ページ: 527-528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary molecular engineering and the evolvability of biopolymers (2002)
  • 著者名/発表者名: Husimi, Y.
  • 雑誌名: 7th International Symposium on Bio-Nanoelectronics : Creation of Nano-Micro structures in Bioscience & Technology 7 ページ: 14-28
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of block shuffled libraries of DNA for evolutionary protein engineering : Y-ligation based block shuffling (2002)
  • 著者名/発表者名: Kitamura, K., Kinoshita Y., Narasaki, Nemoto, N., Husimi, Y., Nishigaki, K.
  • 雑誌名: Protein Engineering 15 ページ: 843-853
  • 査読あり
• [雑誌論文] An efficient ligation in the making of in vitro virus for in vitro protein evolution (2002)
  • 著者名/発表者名: Tabuchi I., Soramoto S., Suzuki M., Nemoto, N., Husimi, Y.
  • 雑誌名: Biological Proc On-Line 4 ページ: 49-54
  • 査読あり
• [雑誌論文] Correlated Flexible Molecular Coding and Molecular Evolvability (2002)
  • 著者名/発表者名: Husimi Y., Aita T., Tabuchi I.
  • 雑誌名: J. Biol. Phys. 28 ページ: 499-507
  • 査読あり
• [雑誌論文] Surveying a Local Fitness Landscape of a Protein with Epistatic Sites for the study of Directed Evolution (2002)
  • 著者名/発表者名: Aita T., Hamamatsu N., Nomiyama Y., Uchiyama, N., Shibanaka, Y., Husimi, Y.
  • 雑誌名: Biopolymers 64 ページ: 95-105
  • 査読あり
• [雑誌論文] An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germ cell-tree system (2002)
  • 著者名/発表者名: Kiga, D., Sakamoto, K., Kodama, K., Kigawa, T., Matsuda, T., Yabuki, T., Shirouzu, M., Harada, Y., Nakayama, H., Takio, K., Hasegawa, Y., Endo, Y., Hirao, I., Yokoyama, S.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99 ページ: 9715-9720
  • 査読あり
• [雑誌論文] Site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in mammalian cells (2002)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto, K., Hayashi, A., Sakamoto, A., Kiga, D., Nakayama, H., Soma, A., Kobayashi, T., Kitabatake, M., Takio, I, Saito, K., Shirouzu, M., Hirao, I., Yokoyama, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 30 ページ: 4692-4699
  • 査読あり
• [雑誌論文] How to pack directed acyclic graphs into small blocks
  • 著者名/発表者名: Y. Asahiro, T. Furukawa, K. Ikegami, E. Miyano
  • 雑誌名: Proc. 6th International Conference on Algorithms and Complexity(ClAC 2006), Lecture Notes in Computer Science 3998 2006 ページ: 272-283
  • 査読あり
• [図書] 岩波科学ライブラリ (2007)
  • 著者名/発表者名: 西川明男, 萩谷昌己
  • 出版者: 『DNAマシン----分子が動く, 計算する』
• [図書] 12^<th> International Meeting on DNA Computing, DNA12, Lecture Notes in Computer Science (2006)
  • 著者名/発表者名: Chengde Mao, Takashi Yokomori
  • 総ページ数: 440
  • 出版者: Springer-Verlag
• [図書] 進化・情報・かたち-"生命知"のパースペクティブ, 4-2 生物の形-システムの生成と進化の観点から (2006)
  • 著者名/発表者名: 村田 智(分担執筆)
  • 総ページ数: 156-170
  • 出版者: 培風館
• [産業財産権] Apparatus and method for fabricating Nanoconstruct (2006)
  • 発明者名: 村田智, 染井康太郎
  • 権利者名: 東京工業大学
  • 産業財産権番号: PCT(国際出願)JP2006/311237
  • 出願年月日: 2006-12-17
  • 外国