• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2006 年度 実績報告書

自律的分散型計算としての分子計算

研究課題

研究課題/領域番号 14085204
研究機関九州大学

研究代表者

山下 雅史  九州大学, 大学院システム情報科学研究院, 教授 (00135419)

研究分担者 横尾 真  九州大学, 大学院システム情報科学研究院, 教授 (20380678)
定兼 邦彦  九州大学, 大学院システム情報科学研究院, 助教授 (20323090)
溝口 佳寛  九州大学, 大学院・数理学研究院, 助教授 (80209783)
朝廣 雄一  九州産業大学, 情報科学部, 助教授 (40304761)
貞廣 泰造  熊本県立大学, 総合管理学部, 助教授 (00280454)
キーワード分子計算 / 分散計算 / ランダムウォーク / 配列設計 / タイリング / 分子形態変化
研究概要

分子計算には計算過程の物理的拘束や選択的ランダム性など,自律性が由来すると期待される魅力的な側面を有するものの,現在の所は,ごく大雑把に言えば,塩基間の相補性を計算規則とする超並列シラミ潰し探索に留まっている.そこで,分子計算の特徴を生かした分子プログラムの設計論の開発が焦眉の課題であり,これが本特定領域研究を行う目的の一つであった.中間評価では各班間の共同研究の重要性が指摘されており,我々もその重要性を認識してそれ以降は共同研究に務めてきた.たとえば,局所探索に基づく配列設計アルゴリズムを改良し,萩谷班の創案した4連ヘアピン構造を実現する配列の設計に取り組んだ.
一方,本研究の題目「自律分散型計算としての分散計算」が示すように,分散計算の理論計算科学的立場からの検討も重要な課題であった.我々は分散計算という範疇から見たときの分子計算の特殊性として,匿名性に注目した.匿名システムとは計算主体が名前を持たないような分散システムのことである.事実,分子計算では,同じ構造を持つ分子は同じ働きをし,当然のことながら,それぞれの分子が異なる名前を持つことはない.このような,匿名システムの計算能力について,特に,自律分散ロボットシステムのフォーメーション問題すなわち,あるパターンを形成する問題を詳しく解析した.さらに,昨年度からの継続として,乱歩に利用する情報の質と効率の関連を検討した.なお(特にギブス分布に基づく)乱歩が分子の2次構造変化のモデルとして有用であることが昨年度までに行われた研究から明らかになっていた.

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2006

すべて 雑誌論文 (17件)

  • [雑誌論文] A Probabilistic Model of DNA Conformational Change2006

    • 著者名/発表者名
      M.Shiozaki, H.Ono, K.Sadakane, M.Yamashita
    • 雑誌名

      Revised Selected Papers of the 12th International Meeting on DNA Computing (DNA12, LNCS) 4287

      ページ: 274-285

  • [雑誌論文] DNA Sequence Design by Dynamic Neighborhood Searches2006

    • 著者名/発表者名
      S.Kawashimo, H.Ono, K.Sadakane, M.Yamashita
    • 雑誌名

      Revised Selected Papers of the 12th International Meeting on DNA Computing (DNA12, LNCS) 4287

      ページ: 157-171

  • [雑誌論文] 局所探索法に基づくDNA配列設計手法2006

    • 著者名/発表者名
      川下優, 小野廣隆, 定兼邦彦, 山下雅史
    • 雑誌名

      冬のLAシンポジウム予稿(京都大学数理解析研究所講究録)

  • [雑誌論文] How to pack directed acyclic graphs into small blocks2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Asahiro, T.Furukawa, K.Ikegami, E.Miyano
    • 雑誌名

      Proc. 6th International Conference on Algorithms and Compl exity(CIAC 2006), Lecture Notes in Computer Science 3998

      ページ: 272-283

  • [雑誌論文] サイズ3の最小ブロック転送問題の近似困難性2006

    • 著者名/発表者名
      朝廣雄一, 古川哲也, 池上佳一, 宮野英次
    • 雑誌名

      電気関係学会九州支部連合大会,予稿集 (CDROM)

  • [雑誌論文] Multiple points of tilings associated with Pisot numeration systems2006

    • 著者名/発表者名
      Taizo Sadahiro
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science 359

      ページ: 133-147

  • [雑誌論文] The number of orbits of periodic box-ball systems2006

    • 著者名/発表者名
      A.Mikoda, S.Inokuchi, Y.Mizoguchi, M.Fujio
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 4135

      ページ: 181-194

  • [雑誌論文] On-Line Polygon Search by a Seven-State Boundary 1-Searcher2006

    • 著者名/発表者名
      T.Kameda, M.Yamashita, I.Suzuki
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Robotics 22 (3)

      ページ: 446-460

  • [雑誌論文] A Randomized 1-Latent, Time-Adaptive and Safe Self-Stabilizing Mutual Exclusion Protocol2006

    • 著者名/発表者名
      J.Kiniwa, M.Yamashita
    • 雑誌名

      Parallel Processing Letters 16 (1)

      ページ: 53-61

  • [雑誌論文] Nogood-based Asynchronous Distributed Optimization (ADOPT-ng)2006

    • 著者名/発表者名
      Marius C.Silaghi, Makoto Yokoo
    • 雑誌名

      Proc. of the 5th International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems (AAMAS-2006)

      ページ: 1389-1396

  • [雑誌論文] Multiply constrained distributed constraint optimization2006

    • 著者名/発表者名
      Emma Bowring, Milind Tambe, Makoto Yokoo
    • 雑誌名

      Proc. of the 5th International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems (AAMAS-2006)

      ページ: 1413-1420

  • [雑誌論文] Winning back the cup for distributed POMDPs : Planning over continuous belief spaces2006

    • 著者名/発表者名
      Pradeep Varakantham, Ranjit Nair, Milind Tambe, Makoto Yokoo
    • 雑誌名

      Proceedings of the Fifth International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems (AAMAS-2006)

      ページ: 289-296

  • [雑誌論文] A Fault-Tolerant Content Addressable Network2006

    • 著者名/発表者名
      D.Takemoto, S.Tagashira, S.Fujita
    • 雑誌名

      IEICE Trans. Inf. & Syst. E89-D(6)

      ページ: 1923-1930

  • [雑誌論文] A Localization Scheme for Sensor Networks Based on Wireless Communication with Anchor Groups2006

    • 著者名/発表者名
      H.Ochi, S.Tagashira, S.Fujita
    • 雑誌名

      IEICE Trans. Inf. & Syst. E89-D(5)

      ページ: 1614-1621

  • [雑誌論文] A Generic Solver based on Functional Parallelism for Solving Combinatorial Optimization Problems2006

    • 著者名/発表者名
      S.Tagashira, M.Mito, S.Fujita
    • 雑誌名

      IEICE Trans. Inf. & Syst. E89-D(6)

      ページ: 1940-1947

  • [雑誌論文] 分散ネットワーク上の故障診断問題について2006

    • 著者名/発表者名
      藤田聡
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌A J89-A(6)

      ページ: 430-437

  • [雑誌論文] A Local Search Based Barrier Height Estimation Algorithm for DNA Molecular Transitions2006

    • 著者名/発表者名
      T.Takeda, H.Ono, K.Sadakane, M.Yamashita
    • 雑誌名

      DNA11, Lecture Notes in Computer Science 3892

      ページ: 359-370

URL: 

公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi