フローアレイを用いた多数SNPs(1塩基多型)同時タイピングシステムの開発

2002 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 14370071
• 研究機関: 山口大学
• 研究代表者: 佐々木 功典 山口大学, 医学部, 教授 (80116722)
• 研究分担者: 小賀 厚徳 山口大学, 医学部, 助手 (90243633) ; 河内 茂人 山口大学, 医学部, 講師 (80284511)
• キーワード: SNPs / フローサイトメトリー / DNA / ゲノム / フローアレイ / 蛍光

研究概要

テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms (SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、特殊機器が必要であったりという問題点もある。我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。
本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にsingle laser搭載のフローサイトメーターで解析しようとするものである。現時点においては、表面に短い合成DNAを固定させた直径5μmから15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中、ゲノムDNA中の1箇所のSNPsを検出することに成功している。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測し、SNPsのタイピングを行うことができた(平成14年、第12回日本サイトメトリー学術集会シンポジウムにて発表)。サンプルDNAは合成DNAでも、ゲノムDNAでも同じようにタイピングは可能であった。さらに、合成DNAにおいては同時に3種類までのSNPs箇所のタイピングを行うことにも、成功しており、今後は研究の最終段階としてゲノムDNAでの複数箇所、同時SNPsタイピング法を検討していく予定である。

研究成果

• [文献書誌] Harada T.: "Detection of genetic alterations in pancreatic cancers by comparative genomic hybridization coupled with tissue microdissection and degenerate oligonucleotide primed polymerase chain reaction"Oncology. 62(3). 251-258 (2002)
• [文献書誌] Umayahara K.: "Comparative geomic hibridization detects genetic alterations during early stages of cervical cancer progression"Genes, Chromosomes & Cancer. 33. 98-102 (2002)
• [文献書誌] Ueno T.: "Gain of 5p15 detected by comparative genomic hybridization as an independent marker of poor prognosis in patients with esophageal squamous cell carcinoma"Clinical Cancer Research. 8(2). 526-533 (2002)
• [文献書誌] Harada T.: "Interglandular cytogenetic heterogeneity detected by comparative genomic hybridization in pancreatic cancer"Cancer Research. 62(3). 835-839 (2002)
• [文献書誌] Kusano N.: "Chromosomal inbalances detected by comparative genomic hybridization are associated with outcome of patients with hepatocellular carcinoma"Cancer. 94(3). 746-751 (2002)
• [文献書誌] Izumi H.: "High telomerase activity correlates with the stabilities of genome and DNA ploidy in renal cell carcinoma"Neoplasia. 4(2). 103-111 (2002)