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2004 年度 実績報告書

DNAコンピューティングを利用した個人遺伝子情報のセキュリティーに関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 14380152
研究機関北海道大学

研究代表者

大内 東  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50002308)

研究分担者 山本 雅人  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (40292057)
川村 秀憲  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 助手 (60322830)
キーワードDNAコンピューティング / 個人遺伝子情報 / ダミーDNA / PCR / キープライマー / セキュリティー
研究概要

個人遺伝子情報保存のためのセキュアなデバイスとしてDNAを用い,必要な際に鍵の情報を知る場合にのみ情報を取り出すことのできるシステムの構築を目指して研究を行った.
DNAの塩基配列として,個人遺伝子情報をコード化し,複数の鍵として機能するDNA断片(キープライマー)を階層的に結合した形でデータを保存する.悪意のある者からデータを保護するため,実際の鍵となるデータ以外には,ダミーの情報をコード化したDNAを膨大な数用意する.データの読み込みには,複数のキープライマーを用いたNested PCRを行うことで実行する.
本年度は,保存したいデータ以外のダミーDNAをランダムに大量生成するための方法として,DNAコンピューティングの基本技術であるParallel Overlapping Assemblyを利用することで,65,536種類のダミーDNAを生成することに成功した.
さらに,目的とするDNAのみを取り出し遺伝子情報などのデータを取り出せることが可能であることを示すために,情報を簡略化してデータ0とデータ1の2種類を用意した実験系を構築した.ダミーDNAには人工的にデータ1をコード化して格納し,目的とするDNAには人工的にデータ0を格納しておく.目的とするデータは,それに対応するキープライマーを用いたNested PCRによってデータを取り出す.目的とするデータに対応するキープライマーを用いた4階層のNested PCRを行って,1に対応するデータが適切に読み出せることを確認した.目的としないデータに対するPCRでは,データ1が取り出せないこともいくつかのプライマーを用いることで確認した.しかしながら,成功率は100%ではなく,一部,正しくデータ1が読み出せると判断することが困難な例も見られたことから,さらなる成功率の向上が今後の課題である.

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2005 2004

すべて 雑誌論文 (9件)

  • [雑誌論文] Design of nucleic acid sequences for DNA computing based on a thermodynamic approach2005

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 印刷中

  • [雑誌論文] Hairpin-Based State Machine and Conformational Addressing : Design and Experiment2005

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Kensaku Sakamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing 印刷中

  • [雑誌論文] Potential for Enlarging DNA Memory : Validity of Experimental Operations of Scaled-up Nested Primer Molecular Memory2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      BioSystems, Journal of Biological and Information Processing Science 印刷中

  • [雑誌論文] Development, Evaluation and Benchmarking of Simulation Software for Biomolecule-based Computing2005

    • 著者名/発表者名
      Derrel Blain, Max Garzon, Soo-Yong Shin, Byoung-Tak Zhang, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsuhi Kameda, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing 印刷中

  • [雑誌論文] Two-Step Search for DNA Sequence Design2004

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      IEICE E87-A

      ページ: 1446-1553

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Aqueous Computing with DNA Hairpin-based RAM2004

    • 著者名/発表者名
      Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of the Tenth International Meeting on DNA Based Computers

      ページ: 50-59

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Thermodynamic Parameters Based on a Nearest-Neighbor Model for DNA Sequences with a Single-Bulge Loop2004

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Biochemistry 43・22

      ページ: 7143-7150

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNAヘアピンを利用したRAMによるアクエアスコンピューティング2004

    • 著者名/発表者名
      高橋 直人, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
    • 雑誌名

      情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集

      ページ: 16-17

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] サッカーボール型DNA分子の設計と基礎実験2004

    • 著者名/発表者名
      北 豊, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
    • 雑誌名

      情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集

      ページ: 14-15

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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