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2004 年度 研究成果報告書概要

DNAコンピューティングを利用した個人遺伝子情報のセキュリティーに関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 14380152
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 知能情報学
研究機関北海道大学

研究代表者

大内 東  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50002308)

研究分担者 山本 雅人  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (40292057)
川村 秀憲  北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 助手 (60322830)
研究期間 (年度) 2002 – 2004
キーワードDNAコンピューティング / 個人遺伝子情報 / ダミーDNA / PCR / キープライマー / セキュリティー
研究概要

(1)ダミーDNAを用いた情報のロック,アンロックに関する実験
個人遺伝子情報の保護を行うための基礎技術として,修飾物質を用いたダミーDNAによる情報のロックを行いシークエンシングによる塩基配列決定が困難であることを実験によって示した.また,修飾物質の除去によって,オリジナルのDNAのみのシークエンスが可能となり,オリジナルDNAの塩基配列が可能となることを実験によって確かめた.さらに,ダミーDNAを修飾せず,オリジナルDNAのみにアニールするキープライマーを用いて,情報をロック,アンロックする系を作成し,実際に情報のロック,アンロックが可能であることを実験的に確認した.
(2)個人遺伝子情報保存のためのセキュアな階層的アドレス型DNAメモリの開発
個人遺伝子情報保存のためのセキュアなデバイスとしてDNAを用い,必要な際に鍵の情報を知る場合にのみ情報を取り出すことのできるシステムの構築を目指して研究を行った.DNAの塩基配列として,個人遺伝子情報をコード化し,複数の鍵として機能するDNA断片(キープライマー)を階層的に結合した形でデータを保存する.悪意のある者からデータを保護するため,実際の鍵となるデータ以外には,ダミーの情報をコード化したDNAを膨大な数用意する.データの読み取りには,複数のキープライマーを用いたNested PCRを行うことで実行する.
研究期間の前半では,27種類の異なるデータを含むDNA分子から目的のデータの取り出しが正確に行えることを実験によって示し,各段階でのデータの取り出しを観察する実験系を構築し,各段階でのエラーを抑えるための実験プロトコルの最適化を行った.その後,保存したいデータ以外のダミーDNAをランダムに大量生成するための方法を考案し,65,536種類のダミーDNAを生成することに成功した.さらに,目的とするデータに対応するキープライマーを用いた4階層のNested PCRを行って,対応するデータが適切に読み出せることを確認した.目的としないデータに対するPCRでは,データが取り出せないこともいくつかのプライマーを用いることで確認した.

  • 研究成果

    (51件)

すべて 2005 2004 2003 2002

すべて 雑誌論文 (49件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Design of nucleic acid sequences for DNA computing based on a thermodynamic approach2005

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Hairpin-Based State Machine and Conformational Addressing : Design and Experiment2005

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Kensaku Sakamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Potential for Enlarging DNA Memory : Validity of Experimental Operations of Scaled-up Nested Primer Molecular Memory2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      BioSystems, Journal of Biological and Information Processing Science (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Development, Evaluation and Benchmarking of Simulation Software for Biomolecule-based Computing2005

    • 著者名/発表者名
      Derrel Blain, Max Garzon, Soo-Yong Shin, Byong-Tak Zhang, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsuhi Kameda, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Design of nucleic acid sequences for DNA computing based on a thermodynamic approach2005

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research (to appear)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Hairpin-based State Machine and Conformational Addressing Design and Experiment2005

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Kensaku Sakamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing (to appear)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Potential for Enlarging DNA Memory : Validity of Experimental Operations of Scaled-up Nested Primer Molecular Memory2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      BioSystems, Journal of Biological and Information Processing Science (to appear)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Development, Evaluation and Benchmarking of Simulation Software for Biomolecule-based Computing2005

    • 著者名/発表者名
      Derrel Blain, Max Garzon, Soo-Yong Shin, Byoung-Tak Zhang, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsuhi Kameda, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Natural Computing (to appear)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Two-Step Search for DNA Sequence Design2004

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      IEICE E87-A

      ページ: 1446-1553

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Aqueous Computing with DNA Hairpin-based RAM2004

    • 著者名/発表者名
      Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of the Tenth International Meeting on DNA Based Computers

      ページ: 50-59

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Thermodynamic Parameters Based on a Nearest-Neighbor Model for DNA Sequences with a Single-Bulge Loop2004

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Biochemistry 43・22

      ページ: 7143-7150

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNAヘアピンを利用したRAMによるアクエアスコンピューティング2004

    • 著者名/発表者名
      高橋 直人, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
    • 雑誌名

      情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集

      ページ: 16-17

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] サッカーボール型DNA分子の設計と基礎実験2004

    • 著者名/発表者名
      北 豊, 亀田 充史, 山本 雅人, 大内 東
    • 雑誌名

      情報処理北海道シンポジウム2004講演論文集

      ページ: 14-15

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Construction and Verification of DNA Hairpin-based RAM2004

    • 著者名/発表者名
      Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the Ninth International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 9th '04)

      ページ: 388-391

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] General Protocol for Evaluating the Degree of Occurrence of Mis-Hybridization2004

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the Ninth International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 9th '04)

      ページ: 303-308

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNAコンピューティングと最適化2004

    • 著者名/発表者名
      山本雅人, 大内 東
    • 雑誌名

      平成16年電気学会全国大会講演論文集 4-S19

      ページ: 13-16

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNA Computing, Optimizations (in Japanese)2004

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the annual conference of The Institute of Electrical Engineers of Japan 2004 Vol.4-S19

      ページ: 13-16

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Thermodynamic Parameters Based on a Nearest-Neighbor Model for DNA Sequences with a Single-Bulge Loop2004

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Biochemistry Vol.43, No.22

      ページ: 7143-7150

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Conformational Addressing using the Hairpin Structure of Single-strand DNA2003

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Hiroki Uejima, Masami Hagiya, Kensaku Sakamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 9th International Meetings on DNA Based Computers (DNA9)

      ページ: 197-201

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Nearest-Neighbor Thermodynamics of DNA Sequences with Single Bulge Loop2003

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 9th International Meetings on DNA Based Computers (DNA9)

      ページ: 150-159

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The Effect of the Bulge Loop upon the Hybridization Process in DNA Computing2003

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      LNCS(ICES2003:The 5th International Conference on Evolvable Systems : From Biology to Hardware) 2943

      ページ: 170-179

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The Effect on a Bonding Strength by the Freedom of Movement of a DNA strand on a Solid Support in DNA Computing2003

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1901-1904

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Construction of DNA Hairpin based RAM2003

    • 著者名/発表者名
      Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1897-1900

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] State Transition Model Based on DNA Polymerization2003

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Hashimoto, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1889-1892

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Two Step Search for DNA Sequence Design2003

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1815-1818

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Study of the Efficient Parameter Setting based on Mahalanobis-Taguchi Strategy2003

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the international Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 640-643

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Study of the Efficient Parameter Setting based on Mahalanobis-Taguchi Strategy, Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems2003

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 640-643

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Two Step Search for DNA Sequence Design, Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems2003

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1815-1818

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] State Transition Model Based on DNA Polymerization, Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems2003

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Hashimoto, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1889-1892

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Construction of DNA Hairpin based RAM, Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems2003

    • 著者名/発表者名
      Naoto Takahashi, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1897-1900

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The Effect on a Bonding Strength by the Freedom of Movement of a DNA strand on a Solid Support in DNA Computing2003

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC03)

      ページ: 1901-1904

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The Effect of the Bulge Loop upon the Hybridization Process in DNA Computing2003

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      LNCS(ICES2003 : The 5th International Conference on Evolvable Systems : From Biology to Hardware) Vol.2943

      ページ: 170-179

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A Separation Method for DNA Computing Based on Concentration Control2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      New Generation Computing 2

      ページ: 251-261

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Constructions of Security System for Information Encoded by DNA2002

    • 著者名/発表者名
      Yumi Kawazoe, Toshikazu Shiba, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8)

      ページ: 337-337

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Improvement of the Reliability of Experiments in DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8)

      ページ: 333-333

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Hierarchical DNA Memory based on Nested PCR2002

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8)

      ページ: 231-240

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] An Analysis of Computational Efficiency on DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 3rd International Conference on Unconventional Models of Computation (UMC'02)

      ページ: 191-198

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] A Security System for Personal Genome Information at DNA level2002

    • 著者名/発表者名
      Yumi Kawazoe, Toshikazu Shiba, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of IEEE Computer Society Bioinformatics Conference

      ページ: 314-320

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Towards a High Reliability of the PCR Amplification Process in DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      The International Journal of Computational Intelligence and Applications (IJCIA) 2(4)

      ページ: 423-432

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Local Search by Concentration Controlled DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      The International Journal of Computational Intelligence and Applications (IJCIA) 2(4)

      ページ: 447-456

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Design of a PCR Protocol for Improving Reliability of PCR in DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation (CEC2002)

      ページ: 91-96

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Simulation Analysis of Hybridization Process for DNA Computing with Concentration Control2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation (CEC2002)

      ページ: 85-90

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Towards a General-Purpose Sequence Design System in DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Tanaka, Masashi Nakatsugawa, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2002 Congress on Evolutionary Computation (CEC2002)

      ページ: 73-78

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNAコンピューティングパラダイム-その原理と工学応用への課題2002

    • 著者名/発表者名
      山本 雅人, 柴 肇一, 大内 東
    • 雑誌名

      システム/情報/制御 46(5)

      ページ: 260-268

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] DNA Computing Paradigm-Its Principle and Applications, Systems2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Control and Information (in Japanese) Vol.46, No.5

      ページ: 260-268

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Local Search by Concentration Controlled DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      The International Journal of Computational Intelligence and Applications (IJCIA) Vol.2, No.4

      ページ: 447-456

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Towards a High Reliability of the PCR Amplification Process in DNA Computing2002

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nakatsugawa, Satoshi Kashiwamura, Masahito Yamamoto, Toshikazu Shiba, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      The International Journal of Computational Intelligence and Applications (IJCIA) Vol.2, No.4

      ページ: 423-432

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Constructions of Security System for Information Encoded by DNA2002

    • 著者名/発表者名
      Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8)

      ページ: 337

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A Separation Method for DNA Computing Based on Concentration Control2002

    • 著者名/発表者名
      Masahito Yamamoto, Atsushi Kameda, Nobuo Matsuura, Toshikazu Shiba, Yumi Kawazoe, Azuma Ohuchi
    • 雑誌名

      New Generation Computing Vol.20

      ページ: 251-261

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] 相互作用科学シリーズ 生命複雑系からの計算パラダイム2003

    • 著者名/発表者名
      大内 東, 他6名
    • 総ページ数
      201
    • 出版者
      森北出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] Computational paradigm inspired by Complex/life systems (in Japanese)2003

    • 著者名/発表者名
      Azuma Ohuchi, et al.
    • 総ページ数
      201
    • 出版者
      Morikita Shuppan
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

URL: 

公開日: 2006-07-11  

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