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2002 年度 実績報告書

イネ萎縮ウイルスの全立体構造決定

研究課題

研究課題/領域番号 14380319
研究種目

基盤研究(B)

研究機関大阪大学

研究代表者

中川 敦史  大阪大学, たんぱく質研究所, 助教授 (20188890)

研究分担者 山下 栄樹  大阪大学, たんぱく質研究所, 助手 (00294132)
キーワード生体超分子複合体 / 多波長異常分散法 / シンクロトロン放射光 / X線結晶構造解析 / タンパク質複合体
研究概要

分子量7000万の二重殻ウイルスの一種である,イネ萎縮ウイルス(RDV)の全立体構造決定のために,X線結晶構造解析および低温電子顕微鏡を用いた構造解析を進めた.構造決定のアプローチには,3つの方法を用いた.1つめは,ウイルス粒子の結晶を用いた構造解析である.これまでに,3.5Å分解能の回折強度データを用い,低温電子顕微鏡の低分解能像を用いた分子置換平均化法による位相改良・拡張により得られた電子密度図に基づいて,2重殻の構造を原子レベルで明らかにしているが,さらにその内側,正二重面体の5回軸近くに,RNA結合タンパク質と考えられているP7の構造の一部を同定した.また.5回軸付近には.P7の残りの領域およびRNAポリメラーゼであるP1と思われる電子密度が現れている.しかし,原子構造を明らかにできるものではなく,また,分解能を拡張するに従って,この領域の電子密度は弱くなってしまった.2つめのアプローチは,低温電子顕微鏡による低分解能の構造解析である.低温電子顕微鏡では,5回軸周りにはっきりとしたタンパク質サブユニットと考えられる電子密度,および,殻構造を形成しているRNAの構造に由来する電子密度が得られている.X線による構造と比較することにより,5回軸周りに存在する転写複合体およびRNAの液晶構造が明らかになってきた.3つめのアプローチとしては,各タンパクサブユニットを大量発現させ,単体での構造解析を進めた.RNAポリメラーゼであるP1およびキャッピング酵素であるP5の大量発現系を構築し,タンパク質の発現を確認したが,現時点ではサンプルの大量調製および結晶化に成功していない.

  • 研究成果

    (6件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (6件)

  • [文献書誌] A.Ogawa, Y.Takayama, H.Sakai, K.T.Chong, S.Takeuchi, A.Nakagawa, S.Nada, M.Okada, T.Tsukihara: "Structure of the Carboxyl-terminal Src Kinase, Csk"The Journal of Biological Chemistry. 277. 14351-14354 (2002)

  • [文献書誌] 中川敦史: "ウイルスのSPring-8利用による生体超分子複合体の構造決定"蛋白質核酸酵素. 47(8). 1131-1136 (2002)

  • [文献書誌] A.Nakagawa, N.Miyazaki, J.Taka, H.Naitow, A.Ogawa, Z.Fujimoto, H.Mizuno, T.Higashi, Y.Watanabe, T.Omura, R.H.Cheng, T.Tsukihara: "The Atomic Structure of a Double Shelled Virus, Rice Dwarf Virus"Acta Crystallographica. A58. C12 (2002)

  • [文献書誌] S.Toma, A.Nakagawa, T.Tsukihara, S.Inouye, O.Shimomura: "The Crystal Structure of Semi-Synthetic Aequorins"Acta Crystallographica. A58. C114 (2002)

  • [文献書誌] N.Miyazaki, J.Taka, H.Naitow, A.Ogawa, A.Nakagawa, Z.Fujimoto, H.Mizuno, T.Higashi, Y.Watanabe, T.Omura, R.H.Chen, T.Tsukihara: "Assembly Mechanism of a Double-shelled Virus, Rice Dwarf Virus"Acta Crystallographica. A58. C385 (2002)

  • [文献書誌] Eiki Yamashita, Masaki Yamamoto, Atsushi Nakagawa, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara: "IPR Beamline(BL44XU)for Macromolecular Assemblies at SPring-8"Acta Crystallographica. A58. C388 (2002)

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公開日: 2004-04-07   更新日: 2016-04-21  

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