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2005 年度 研究成果報告書概要

イネ萎縮ウイルスの全立体構造決定

研究課題

研究課題/領域番号 14380319
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関大阪大学

研究代表者

中川 敦史  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (20188890)

研究分担者 山下 栄樹  大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (00294132)
研究期間 (年度) 2002 – 2005
キーワード生体超分子複合体 / シンクロトロン放射光 / ウイルス / ウイルスの構造構築 / X線結晶構造解析 / ウイルスの感染機構 / ウイルスの自己複製機構
研究概要

X線結晶構造解析およびクライオ電子顕微鏡と分子生物学的手法を組み合わせ,レオウイルス属に属する分子量7500万の二重殻ウイルスであるイネ萎縮ウイルス(RDV)の全体構造を明らかにするための研究を行った
研究は,主として精製過程でP2タンパク質が欠如した粒子を用いて行い,X線結晶構造解析による3.5Åの電子密度を基に,内殻を構成するP3タンパク質と外殻を構成するP8タンパク質のほぼ完全な原子構造とP7タンパク質の一部の原子構造を明らかにした.さらにこの原子構造から二重殻構造を構成する2種類900個のタンパク質間の相互作用を検討することにより,P3およびP8タンパク質が互いを認識しながら自己会合により二重殻構造を形成する階層的な構造構築機構を提案した.このモデルはP3タンパク質のN末端欠損変異体の作製やRGDV(Rice gall dwarf virus)とのキャプシドタンパク質の交換実験など,様々な生化学的手法により,その妥当性を示した.
RDV粒子内部の構造解析は,クライオ電子顕微鏡法を用いた単粒子解析とX線結晶構造解析を組み合わせて行った.いずれの結果からもウイルス粒子の5回軸付近に転写複合体と考えられる明瞭な分子構造と,粒子内側のRNAの構造を確認することができた.特にX線結晶構造解析の結果と合わせることによりP7タンパク質と考えられる分子領域を特定することができた.RNAの構造に関しては,3層目までは比較的整列した構造を取っており,特に1層目と2層目にdsRNAに相当するロッド上の構造が液晶様構造にパッケージングされている様子が明らかになった.
構造タンパク質の高分解能での構造解析を目指して,RDV粒子からの各構造タンパク質の単離・精製と結晶化を行った他,それぞれの発現系の構築を行い,P2タンパク質の発現系の構築に成功した.
さらにP2タンパク質の粒子上での会合様式を明らかにするための研究を進め,P2タンパク質を保持した状態でのRDV粒子の単離・精製,結晶化に成功した

  • 研究成果

    (52件)

すべて 2006 2005 2004 2003 2002

すべて 雑誌論文 (46件) 図書 (5件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of rat SHPS-12006

    • 著者名/発表者名
      Aki Nagata
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F62

      ページ: 189-191

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of rat SHPS-12006

    • 著者名/発表者名
      Aki Nagata
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, sect.F 62

      ページ: 189-191

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a chitin-binding domain of hyperthermophilic chitinase from Pyrococcus furiosus2005

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Nakamura
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F61

      ページ: 476-478

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of hyperthermophilicl L-threonine dehydrogenase from the archaeon Pyrococcus furiosus2005

    • 著者名/発表者名
      Noriko Higashi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica F61

      ページ: 432-434

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystal structure of lipoate-protein ligase A from Escherichia coli : Determination of the lipoic acid-binding site2005

    • 著者名/発表者名
      Kazuko Fujiwara
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280

      ページ: 33645-33651

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystal structure of human T-protein of glycine cleavage system at 2.0Å resolution and its implication for understanding non-ketotic hyperlycnemia.2005

    • 著者名/発表者名
      Kazuko Okamura-Ikeda
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 351

      ページ: 1146-1159

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Using cryoloops for X-ray data collection from protein crystals at room temperature : A simple applicable method2005

    • 著者名/発表者名
      Shu Jie Li
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 281

      ページ: 592-595

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Ab initio crystal structure determination of spherical viruses that exhibit a centrosymmetric location in the unit cell2005

    • 著者名/発表者名
      Junichiro Taka
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect. D 61

      ページ: 1099-1106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Expression and molecular characterization of spherical particles derived from the genome of the hyperthermophilic euryarchaeote, Pyrococcus furiosus2005

    • 著者名/発表者名
      Kazunori Namba
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 138

      ページ: 193-199

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] A solubility and B-factor minimum of hen egg-white lvsozvme crystals at 0.5 M concentration NiCI_22005

    • 著者名/発表者名
      Shu Jie Li
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 276

      ページ: 222-229

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The crystal structures of semi-synthetic aequorins2005

    • 著者名/発表者名
      Sachiko Toma
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 409-416

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Transcapsidation and the conserved interactions of two maior structural Proteins of a pair of phytoreoviruses confirm the mechanism of assembly2005

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyazaki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 345

      ページ: 229-237

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Preliminary crystallographic analysis of the antibiotic discharge outer membrane lipoprotein OprM of Pseudomonas aeruginosa with an wxceptionally long unit cell and complex lattice structure2005

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Akama
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Sect. F 61

      ページ: 131-133

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 緑膿菌薬剤排出蛋白質群の立体構造解析2005

    • 著者名/発表者名
      赤間浩之
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 47

      ページ: 396-402

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] イネ萎縮ウイルスの自己組織化機構2005

    • 著者名/発表者名
      大村敏博
    • 雑誌名

      蛋白質核酸酵素 50(10)

      ページ: 1349-1354

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a chitin-binding domain of hyperthermophilic chitinase from Pyrococcus furiosus2005

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Nakamura
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, sect.F 61

      ページ: 476-478

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of hyperthermophilic L-threonine dehydrogenase from the archaeon Pyrococcus furiosus2005

    • 著者名/発表者名
      Noriko Higashi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, sect.F 61

      ページ: 432-434

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystal structure of human T-protein of glycine cleavage system at 2.0Å resolution and its implication for understanding non-ketotic hyperglycinemia.2005

    • 著者名/発表者名
      Kazuko Okamura-Ikeda
    • 雑誌名

      Journal of Molecualr Biology 351

      ページ: 1146-1159

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Ab initio crystal structure determination of spherical viruses that exhibit a centrosymmetric location in the unit cell2005

    • 著者名/発表者名
      Junichiro Taka
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Sect.D 61

      ページ: 1099-1106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A solubility and B-factor minimum of hen egg-white lysozyme crystals at 0.5 M concentration NiCl_22005

    • 著者名/発表者名
      Shu Jie Li
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 276

      ページ: 222-229

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Transcapsidation and the conserved interactions of two major structural proteins of a pair of phytoreoviruses confirm the mechanism of assembly2005

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyazaki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 345

      ページ: 229-237

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Preliminary crystallographic analysis of the antibiotic discharge outer membrane lipoprotein OprM of Pseudomonas aeruginosa with an exceptionally long unit cell and complex lattice structure2005

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Akama
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Sect.F 61

      ページ: 131-133

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The three-dimensional structure of aspergiloglutamic peptidase from Aspergillus niger2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sasaki
    • 雑誌名

      Proceedings of the Japan Academy 80(B)

      ページ: 435-438

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystal structure of the drug-discharge outer membrane protein, OprM, of Pseudomonas aeruginosa : Dual modes of membrane anchoring and occluded2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Akama
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 279

      ページ: 52816-52819

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Ni2^+ binds to active site of hen egg-white lysozyme and quenches fluorescence of Trp62 and Trp1082004

    • 著者名/発表者名
      S.J.Li
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications 324

      ページ: 529-533

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Structure of human erythrocyte NADH-cytochrome b_5 reductase2004

    • 著者名/発表者名
      S.Bando
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect. D 60

      ページ: 1929-1934

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystal Structure of the Hemolytic Lectin CEL-III Isolated from the Marine Invertebrate Cucumaria echina2004

    • 著者名/発表者名
      T.Uchida
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 279

      ページ: 37133-37141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystal Structure of the Membrane Fusion Protein, MexA, of the Multidrug Transporter in Pseudomonas aeruginosa2004

    • 著者名/発表者名
      H.Akama
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 279

      ページ: 25939-25942

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Structure of rat monoamine oxidase A and its specific recognitions for substrates and inhibitors2004

    • 著者名/発表者名
      J.Ma
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 338

      ページ: 103-114

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of rat monoamine oxidase A complexed with clorgyline2004

    • 著者名/発表者名
      J.Ma
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect. D 60

      ページ: 317-319

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The amino-terminal region of major capsid protein P3 is essential for self-assembly of single-shells core-like particles of Rice dwarf virus2004

    • 著者名/発表者名
      Kyoji Hagiwara
    • 雑誌名

      Journal of Virology 78

      ページ: 3145-3148

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] イネ萎縮ウイルスの立体構造決定2004

    • 著者名/発表者名
      内藤久志
    • 雑誌名

      Photon Factory News 22

      ページ: 11-17

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 大阪大学蛋白質研究所附属プロテオミクス総合研究センター超分子構造解析学研究系(研究室紹介)2004

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 雑誌名

      生産と技術 56(1)

      ページ: 33-35

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] イネ萎縮ウイルスの立体構造2004

    • 著者名/発表者名
      宮崎直幸
    • 雑誌名

      BioMedical Quick Review Net 4028

      ページ: -

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The three-dimensional structure of aspergilloglutamic peptidase from Aspergillus niger2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Sasaki
    • 雑誌名

      Proceedings of the Japan Academy 80(B)

      ページ: 435-438

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Structure of human erythrocyte NADH-cytochrome b_5 reductase2004

    • 著者名/発表者名
      S.Bando
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect.D 60

      ページ: 1929-1934

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of rat monoamine oxidase A complexed with clorgyline2004

    • 著者名/発表者名
      J.Ma
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect.D 60

      ページ: 317-319

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The Structure of Importin-b Bound to SREBP-2: Nuclear Import of a Transcription Factor2003

    • 著者名/発表者名
      Soo Jae Lee
    • 雑誌名

      Science 302

      ページ: 1571-1575

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of importin-b-SREBP-2 complex2003

    • 著者名/発表者名
      Soo Jae Lee
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect. D 59

      ページ: 1866-1868

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The Atomic Structure of Rice dwarf Virus reveals the Self-Assembly Mechanism of Component Proteins2003

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakagawa
    • 雑誌名

      Structure 11

      ページ: 1227-1238

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 脳・神経系の構造ゲノム科学2003

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 雑誌名

      バイオイメージング 12

      ページ: 156-161

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 「タンパク3000プロジェクト」個別的解析プログラム(脳・神経系)2003

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 雑誌名

      文部科学時報 1530(10)

      ページ: 46-47

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The Structure of Importin-β Bound to SREBP-2 : Nuclear Import of a Transcription Factor2003

    • 著者名/発表者名
      Soo Jae Lee
    • 雑誌名

      Science 302

      ページ: 571-575

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of importin-β-SREBP-2 complex2003

    • 著者名/発表者名
      Soo Jae Lee
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica, Sect.D 59

      ページ: 1866-1868

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Structure of the Carboxyl-terminal Src Kinase, Csk2002

    • 著者名/発表者名
      Akira Ogawa
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 277

      ページ: 14351-14354

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] ウイルスのSPring-8利用による生体超分子複合体の構造決定2002

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 雑誌名

      蛋白質核酸酵素 47(8)

      ページ: 1131-1136

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] タンパク質のかたちから生命の謎を解く 生物マシーナリー構造生物学の最前線2005

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 総ページ数
      232
    • 出版者
      クバプロ
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] バイオ高性能機器・新技術利用マニュアル2004

    • 著者名/発表者名
      松浦孝範
    • 総ページ数
      1974
    • 出版者
      共立出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] ゲノミクス・プロテオミクスの新展開-生物情報の解析と応用-2004

    • 著者名/発表者名
      中川敦史
    • 総ページ数
      1958
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] タンパク質がわかる2004

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 総ページ数
      133
    • 出版者
      羊土社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [図書] 注目のプロテオミクスの全貌を知る!2004

    • 著者名/発表者名
      宮崎直幸
    • 総ページ数
      242
    • 出版者
      羊土社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [産業財産権] 球状粒子を形成する新規タンパク質、およびそのタンパク質をコードする新規遺伝子2003

    • 発明者名
      中川敦史, 山下栄樹, 田中秀明, 月原冨武, 石野良純
    • 権利者名
      科学技術振興事業団
    • 産業財産権番号
      特 4-229612
    • 出願年月日
      2003-01-31
    • 取得年月日
      2004-08-19
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より

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公開日: 2007-12-13  

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