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§HuSNPチップを用いたCHCの発症進展を規定する遺伝子多型のゲノムワイドな解析
学内倫理委員会に研究計画を提出し許可を得た後に、充分なインフォームドコンセントを行い了解が得られたCHC活動症例、ASC症例、健常人各30例から得たDNAを用いて検討した。HuSNPチップにはヒトゲノムワイドに認められる約1500箇所のSNPsを含むオリゴヌクレオチドがブロットされ、これらSNPsは1〜2.77cMの間隔で位置し染色体上の位置が判明している。患者より採取したDNAを用いチップ付属プライマーでPCRを行い50〜300bp程度の増幅産物を得て増幅産物からビオチン標識プライマーを用いビオチン標識プローブ(1本鎖DNA)を作成しチップ上でハイブリダイズし染色、専用スキャナーでスキャンし各SNPのハイブリダイズ蛍光強度を測定した。
得られた蛍光強度を検量線上で対照しalleleの存在頻度を算出、患者群・健常人群間でのalleleの出現頻度差をカイ2乗検定で検定し、疾患特異的な多型が認められる遺伝子を同定を試みている。現在のところ、CHCと健常人では全染色体にわたり100個以上(各染色体で5から15個)の遺伝子型が異なるSNPが存在していることが明らかとなった。またCHC活動例とASC症例でも全染色体にわたり30個以上の遺伝子型が異なるSNPが存在していることが明らかとなった。
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