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本研究は，琵琶湖産魚類を対象に，群集レベルで生じた新規環境（湖沼）への適応進化の遺伝的基盤を，集団遺伝解析，生物情報解析，行動生理学的実験を通じて明らかにすることを目的とした．本研究では，酸素呼吸機能を通じて運動能力や低酸素耐性等に影響を与えると想定されるミトコンドリア機能関連遺伝子に注目した．
しかしながら、当初計画にて予定していたミトコンドリア関連の核遺伝子解析，行動生理実験については，博士論文の取りまとめ状況，および試料の準備の問題などのために完了することができなかった．したがって第２年度は，研究目的に沿った研究成果を最大化するために，琵琶湖産魚類の群集レベルの系統進化・集団遺伝解析結果の公表，および集団ミトゲノミクス分析の取りまとめを中心に研究を進めた．現在までに、本研究に関連した琵琶湖の魚類についての論文を国際学術誌に発表した。また、本研究の主題である集団ミトゲノミクス解析は見込んだとおりに進捗が見られ、その成果を国際会議で発表し、論文の投稿準備も間もなく完了する見込みである。
本年度はサンプルの収集が困難となり，計画どおり完遂できなかった核遺伝子解析についても、しかし，一部の対象種群については，RNA-seq法により十分量の基礎データを取得することができた．また，Capture-on-beadsおよびDouble indexing法の基礎実験を進め，プロトコルの最適化を行った．今後，これらをもとに，ミトコンドリア機能に関するミトコンドリアおよび核ゲノムの適応と相互作用に関する研究を展開していく予定である．
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