2003 年度実績報告書

配列情報からの規則性の発見

研究課題

研究課題/領域番号	15013209
研究機関	東京大学
研究代表者	中井謙太東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
研究分担者	坂内英夫東京大学, 医科学研究所, 助手 (20323644)
キーワード	転写データベース / モチーフ抽出 / 比較ゲノム学
研究概要	枯草菌の転写因子情報(DNA結合配列など)を文献から収集したデータベースDBTBSの情報を大幅に更新し、新機能として、既知の枯草菌転写因子の認識配列が、他の細菌ゲノムでも保存されているかどうかを網羅的に調査した。すなわち、枯草菌転写因子が結合する遺伝子のオーソログ遺伝子の上流配列中にモチーフが存在するかどうかをデータベースで閲覧できるように拡張した。このデータを用いて、転写制御システムの進化を解明することが今後の課題である。東大医科研の菅野研究室との共同研究で、構築してきた転写開始点のデータベースDBTSSを大幅に拡張した。たとえば、従来はヒト遺伝子情報だけだったのを、マウスなど、他生物種の情報も加えた。これによって、ヒトとマウスのオーソロガス遺伝子におけるプロモーターの大規模な比較解析が可能になった。比較解析の結果、保存されている領域はブロック状で存在することがわかった。この結果はプロモーター配列の進化を考える上で興味深い。いわゆるマイクロアレイ実験などで、発現パターンが類似している遺伝子の上流配列には、共通の転写因子の認識配列が存在することが期待される。そのため、与えられた複数本の塩基配列中に存在する(ミスマッチを許した)共通パターンをコンピュータで探索するプログラムがいくつか発表されている。しかし、それらのプログラムのパラメータを問題の性質によって、どのように調整したら良いかの指針はこれまで知られていなかった。そこで、我々はGibbs samplerとMEMEというプログラムで網羅的なパラメーター解析を行い、実用の参考となるデータを得た。

研究成果

(7件)

すべてその他

すべて文献書誌 (7件)

[文献書誌] Gardy, J.L., Nakai, K., Brinkman, F.S.L.: "PSORT-B : improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria"Nucleic Acids Research. 31(13). 3613-3617 (2003)
[文献書誌] Yamashita, R., Suzuki, Y., Nakai, K., Sugano, S.: "Small open reading frames in 5' untranslated regions of mRNAs"Comptes Rendus Biologies. 326(10-11). 987-991 (2003)
[文献書誌] Makita, Y., Nakao, M., Ogasawara, N., Nakai, K.: "DBTBS: Database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis and its contribution to comparative genomics"Nucleic Acids Research. 32. D75-D77 (2004)
[文献書誌] Suzuki, Y., Yamashita, R., Sugano, S., Nakai, K.: "DBTSS (DataBase of Transcriptional Start Sites) : Progress Report 2004"Nucleic Acids Research. 32. D78-D81 (2004)
[文献書誌] Ota, T., Nakai, K., Sugano, S.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nature Genetics. 36(1). 40-45 (2004)
[文献書誌] Poluliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.: "Parameter landscape analysis for commmon motif discovery programs"Proc.1st Ann.RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics. (In press).
[文献書誌] Horton, P., Mukai, Y., Nakai, K.: "Chapter 14, (Wong, L.ed.) Practical Bioinformatician"World Scientific Publishing Co.(In press).

2003 年度 実績報告書

配列情報からの規則性の発見

研究代表者

中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)

研究成果

[文献書誌] Gardy, J.L., Nakai, K., Brinkman, F.S.L.: "PSORT-B : improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria"Nucleic Acids Research. 31(13). 3613-3617 (2003)

[文献書誌] Yamashita, R., Suzuki, Y., Nakai, K., Sugano, S.: "Small open reading frames in 5' untranslated regions of mRNAs"Comptes Rendus Biologies. 326(10-11). 987-991 (2003)

[文献書誌] Makita, Y., Nakao, M., Ogasawara, N., Nakai, K.: "DBTBS: Database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis and its contribution to comparative genomics"Nucleic Acids Research. 32. D75-D77 (2004)

[文献書誌] Suzuki, Y., Yamashita, R., Sugano, S., Nakai, K.: "DBTSS (DataBase of Transcriptional Start Sites) : Progress Report 2004"Nucleic Acids Research. 32. D78-D81 (2004)

[文献書誌] Ota, T., Nakai, K., Sugano, S.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nature Genetics. 36(1). 40-45 (2004)

[文献書誌] Poluliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.: "Parameter landscape analysis for commmon motif discovery programs"Proc.1st Ann.RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics. (In press).

[文献書誌] Horton, P., Mukai, Y., Nakai, K.: "Chapter 14, (Wong, L.ed.) Practical Bioinformatician"World Scientific Publishing Co.(In press).

2003 年度実績報告書

中井謙太東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)