| 研究課題/領域番号 |
15013227
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
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| 研究分担者 |
川島 秀一 東京大学, 医科学研究所, 助手 (50314274)
片山 俊明 東京大学, 医科学研究所, 助手
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| キーワード | ゲノムデータベース / バイオインフォマティクス / システム生物学 / マイクロアレイ解析 / 比較ゲノム解析 / パスウェイ解析 |
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| 研究概要 |
ゲノムから生命システムの理解を目指した新しい研究の流れの中で、データベースの役割も大きく変化しつつある。第1にデータベースの内容として、配列や立体構造といった個々の分子レベルの情報だけでは不十分であり、相互作用ネットワークや細胞プロセスといった高次レベルの情報を提供できなければならない。第2にデータベースの構築法として、著者が配列データや立体構造データをサブミットするやり方では不十分であり、研究コミュニティの知識が継続的にデータベースに反映される形態をとる必要がある。本研究は枯草菌とシアノバクテリアを主な対象として、遺伝子・分子レベルのデータや知識から細胞・個体レベルでの機能情報を見いだすための統合データベースを構築し、同時に研究コミュニティの知識を集約・共有するコミュニティアノテーションシステムの開発を行った。平成16年度は2年計画の最終年度であり、以下のようにとりまとめを行った。(1)枯草菌データベースBSORFではマイクロアレイ解析を充実させ、シアノバクテリアデータベースCYORFでは比較ゲノム解析の充実と複数生物種の同時アノテーション機能の実現を行った。(2)前年度に開発したオーソログクラスター同定法に、各ゲノム上での遺伝子クラスター(オペロン構造など)の情報を加え、保存された遺伝子クラスターを系統的に見いだす方法を開発し、実用的な検索システムを提供した。(3)ゲノム比較により、KEGGのオーソログ遺伝子グループKEGG Orthology (KO)を自動的に付与する方法を開発し、ゲノム中の遺伝子アノテーションとKEGGパスウェイマップの再構築を自動化し、ドラフトゲノム解析に適用した。
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