蛋白質相互作用予測に向けた基盤情報の組織的収集

2003 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 15014213
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 伊藤 隆司 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90201326)
• 研究分担者: 住本 英樹 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (30179303)
• キーワード: 蛋白質間相互作用 / 相互作用ドメイン / 2ハイブリッド法 / 蛋白質核酸相互作用 / 転写開始点 / 出芽酵母

研究概要

蛋白質間相互作用に関しては、下記の2点を中心に研究を進めた。
(1)2ハイブリッド応用法による相互作用領域同定とそれに基づく相互作用予測
精度の向上を図る為に、保証付き逆2ハイブリッド法により得られる相互作用を障害する変異に加えて、変異導入後に通常の2ハイブリッド選択で同定した中立変異を合わせて判断する方法を考案して試みた。変異導入率を調整する条件を様々に設定することで併用方の効果を認めた。
(2)質量分析を用いた蛋白質複合体およびユビキチン化の動態解析技術の開発
前者に関しては分子架橋法を用いた新規タンデムアフィニティ精製法を開発し、架橋依存的にしか検出出来ないLSB1とBMH1との相互作用を見出した。更にLSB1がユビキチン化を受けることを見出していた為に、BMH1との相互作用がユビキチン化に及ぼす影響を検討し、相互作用がユビキチン化を負に制御することを見出した。相互作用、ユビキチン化ともにその変動を追跡することを目指している。
遺伝子間相互作用の基礎となる蛋白質核酸相互作用に関しては下記を中心に研究を進めた。
(1)ゲノムワイド遺伝子断片絶対定量システムを用いた蛋白質-核酸相互作用解析
これに適したクロマチン免疫沈降試料調製法に検討を加えた。
(2)蛋白質核酸相互作用解析の基礎データとしての酵母遺伝子転写開始点の組織的決定
G-キャップ法によるcDNAライブラリー作成に検討を加え、この方法が転写開始点の決定に適しているかの評価を進めた。来年度はこのライブラリーの配列決定を行い、転写開始点の大規模決定を行う予定である。

研究成果

• [文献書誌] Ago, T.et al.: "Phosphorylation of p47^<phox> directs PX domain from SH3 domain toward phosphoinositides, leading to activation of the phagocyte NADPH oxidase."Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100. 4474-4479 (2003)
• [文献書誌] Kubota, H. et al.: "Rapamycin-induced translational derepression of GCN4 mRNA involves a novel mechanism for activation of the eIF2α kinase GCN2"J.Biol.Chem.. 278. 20457-20460 (2003)
• [文献書誌] Yoshinaga, S. et al.: "The PB1 domain and the PC motif-containing region are structurally similar protein binding modules"EMBO J.. 22. 4888-4897 (2003)
• [文献書誌] Noda, Y. et al.: "Molecular recognition in dimerization between PB1 domains"J.Biol.Chem.. 278. 43516-43524 (2003)
• [文献書誌] Feng, S.-Y.et al.: "A yeast one-hybrid system to detect methylation-dependent DNA-protein interactions"Biochem.Biophys.Res.Commun.. 313. 922-925 (2004)
• [文献書誌] Yamada, Y. et al.: "A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q"Genome Res.. 14. 247-266 (2004)