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2006 年度 実績報告書

機能性タンパク質の動力学と折り畳み

研究課題

研究課題/領域番号 15076208
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

片岡 幹雄  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)

研究分担者 山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助手 (40332770)
キーワード生物物理 / 蛋白質 / 動力学 / 折り畳み / 中性子非弾性散乱 / CH / π相互作用
研究概要

機能性タンパク質の折り畳みおよび機能発現に伴う動力学に関する研究を行った。動力学に関しては、中性子非弾性散乱を用いた測定を系統的に行っている。中性子非弾性散乱を用いたタンパク質動力学研究は、世界的には重要視されているが、日本では我々のグループだけが行っている。
1.イェロープロテインのF6とK123が構造保持、光反応に重要な相互作用を担っていることを、部位特異的置換を用いて明らかにした。F6の変異体の構造安定性および光反応速度の詳細な測定から、F6の位置にはフェニル基が重要であることが示された。K123Aは、ホロタンパク質を再構成できず、K123L、 K123Eは、や静方と同様の安定性および光反応を示した。この結果は、123位には、正電荷は重要でなく、むしろ長鎖アルキル基が本質的であることを示している。これらから、F6とK123の間にはCH/π相互作用が働いていることが示唆された。この相互作用は、静電相互作用(F6E)や、疎水相互作用(F6L)では代用することができないことも明らかにした。
2.単純な規則によりアミノ酸配列における情報の重複を解消することをもくろみ、配列の単純化を行った。前年度までに全長にわたる単純化は不可能であることが示されている。野生型および同種タンパク質で保存されている残基と疎水性残基以外を単純化した変異体(sPYPIII)のキメラを用いて、部分的単純化に成功した。その結果、C末のβ構造が構造保持に重要であることが示された。
3.SNaseの水和状態を変えた試料に対する中性子非弾性散乱実験を行い、ボソンピークに影響が出ることを明瞭に示した。また、MDシミュレーションを用いて、中性子非干渉性弾性散乱に現れる非ガウス性の起源が、非調和性ではなく、動的不均一性であることを明らかにした。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2007 2006

すべて 雑誌論文 (12件)

  • [雑誌論文] Attempt to Simplify the Amino-Acid Sequence of Photoactive Yellow Protein with a Set of Simple Rules2007

    • 著者名/発表者名
      K.Shirai
    • 雑誌名

      Proteins : Structu. Funct. Bioinformat. (in press)

  • [雑誌論文] Characterization of the solution structure of the M intermediate of photoactive yellow protein using high-angle solution x-ray scattering2007

    • 著者名/発表者名
      H.Kamikubo
    • 雑誌名

      Biophys. J. (in press)

  • [雑誌論文] Secondary-Structure Analysis of Denatured Proteins by Vacuum-Ultraviolet Circular Dichroism Spectroscopy2007

    • 著者名/発表者名
      K.Matsuo
    • 雑誌名

      Biophys. J. (in press)

  • [雑誌論文] Structure and photoreaction of photoactive yellow protein, a structural prototype of the PAS domain superfamily2007

    • 著者名/発表者名
      Y.Imamoto
    • 雑誌名

      Photochem. Photobiol. (in press)

  • [雑誌論文] Array of aromatic amino acid side chains located near the chromophore of photoactive yellow protein2007

    • 著者名/発表者名
      T.Morishita
    • 雑誌名

      Photochem. Photobiol. (in press)

  • [雑誌論文] Preparation of large crystal of photoactive yellow protein for neutron and high resolution crystal structure analysis2007

    • 著者名/発表者名
      S.Yamaguchi
    • 雑誌名

      Photochem. Photobiol. (in press)

  • [雑誌論文] Time-resolved thermodynamics : Heat capacity change of transient species during photo-reaction of PYP2006

    • 著者名/発表者名
      J.S.Kahn
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 128

      ページ: 1002-1008

  • [雑誌論文] Stilbene analogs in Hula-twist photoisomerization2006

    • 著者名/発表者名
      L.-Y.Yang
    • 雑誌名

      Photochem. Photobiol. Sci. 5

      ページ: 874-882

  • [雑誌論文] A single CH/π weak hydrogen bond governs stability and photocycle of photoactive yellow protein2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Imamoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 128

      ページ: 10646-10647

  • [雑誌論文] Conformational preference of polyglycine in solution to elongated structure2006

    • 著者名/発表者名
      S.Ohnishi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 128

      ページ: 16338-16344

  • [雑誌論文] Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations2006

    • 著者名/発表者名
      H.Nakagawa
    • 雑誌名

      Materials Science and Engineering A 442

      ページ: 356-360

  • [雑誌論文] Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering2006

    • 著者名/発表者名
      H.Nakagawa
    • 雑誌名

      Physica B 385-386

      ページ: 871-873

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公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

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