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2004 年度 実績報告書

蛋白質分子認識過程における水和構造ダイナミクス

研究課題

研究課題/領域番号 15076210
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

中迫 雅由  慶應義塾大学, 理工学部, 助教授 (30227764)

研究分担者 岡 俊彦  慶應義塾大学, 理工学部, 助手 (60344389)
キーワード蛋白質立体構造 / 蛋白質水和構造 / X線回折・散乱 / 結晶構造 / 光受容蛋白質 / 時間相関
研究概要

本研究では、機能発現における蛋白質水和構造変化の追跡を目指し、X線散乱・回折実験と分子動力学計算などを通じて以下の成果を得た。
(1)グルタミン酸脱水素酵素単斜晶系結晶の分解能を1.9Åまで拡張し、詳細な水和構造変化解析を可能にした。また、正方晶系での結晶構造を分解能2.9Åで決定した。正方晶系結晶の回折パターンではドメイン運動由来の散漫散乱が顕著であり、今後その解析を行う。ハプテン結合状態抗体Fvの結晶構造を1.8Åで決定し、ハプテン結合に伴う大規模構造変化を明らかにすると共に、ごく少数の水分子が構造変化を制御することを見出した。シタロン脱水酵素の変異体について、結晶構造解析とCD測定を行い、基質結合時のC末端領域構造形成メカニズムを推定した。その他にも酵素および膜蛋白質の結晶化と結晶構造解析を試みた。
(2)分子動力学計算によって得られるトラジェクトリーに関して、蛋白質固定座標系を設定し、長時間平均して得られる水和構造を解析した。蛋白質周囲の水素結合形成確率と水素結合ネットワークは低温結晶構造解析で見出された水和構造の静的特徴と良い一致を示した。
(3)PAS (Per/Arnt/Sim)ドメイン含有し、植物の光形態形成で主要な役割を担う光受容蛋白質Phototropin1 and 2,PhytochromeA, FKF1のフラグメントの高次構造をX線小角散乱実験によって解析した。幾つかのフラグメントにおいて光照射による大規模な構造変化を検出した。
(4)高干渉性X線による蛋白質分子の時間相関関数測定を目指し、測定方法の開発を進めた。金コロイドとグルタミン酸脱水素酵素結晶の時間分割X線散乱・回折データを取得し、データ取得に悪影響を及ぼす諸機械要因を洗い出すとともに、時間相関解析のための計算コードを作成した。また、サブゼロ温度領域でのX線散乱・回折実験に向けた試料槽を試作している。
(5)原子間力顕微鏡によって蛋白質の運動を直接測定する技術の開発を試みている。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2005 2004

すべて 雑誌論文 (11件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Hydrogen-bond patterns in the hydration structure of a protein.2005

    • 著者名/発表者名
      Yokomizo, T., Nakasako, M., Yamazaki, T., Shindo, H., Higo, J.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 401

      ページ: 332-336

  • [雑誌論文] Structural transition of bacteriorhodopsin is preceded by deprotonation of Schiff base : Microsecond time-resolved X-ray diffraction study of purple membrane.2005

    • 著者名/発表者名
      Oka, T., Inoue, K., Kataoka, M., Yagi, N.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 88

      ページ: 436-442

  • [雑誌論文] Light-induced global structural changes of phytochrome A regulating photomorphogenesis in plants.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakasako, M., Iwata, T., Inoue, K., Tokutomi, S.
    • 雑誌名

      The FEBS Journal 272

      ページ: 603-612

  • [雑誌論文] Quaternary structure of LOV-domain containing polypeptides of Arabidopsis FKF1 protein.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakasako, M., Matsuoka, D., Zikihara, K., Tokutomi, S.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 579

      ページ: 1067-1071

  • [雑誌論文] Enzymatic characterization of scytalone dehydratase Val75Met variant found in melanin biosynthesis inhibitor (MBI) resistant strains of the rice blast fungus.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamada, N., Motoyama, T., Nakasako, M., Kagabu, S., Kudo, S., Yamaguchi, I.
    • 雑誌名

      Bioscience Biotechnology and Biochemistry 68

      ページ: 615-621

  • [雑誌論文] Water-protein interactions from high-resolution protein crystallography.2004

    • 著者名/発表者名
      Nakasako, M.
    • 雑誌名

      Philosophical Transaction B Royal Society London 359

      ページ: 1191-1206

  • [雑誌論文] Light-induced structural changes of LOV-domain containing polypeptides from Arabidopsis phototropin 1 and 2 studied by small-angle X-ray scattering.2004

    • 著者名/発表者名
      Nakasako, M., Iwata, T., Matsuoka, D., Tokutomi, S.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 14881-14890

  • [雑誌論文] X-ray imaging microscopy using Fresnel zone plate objective and quasi-monochromatic undulator radiation.2004

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Y., Takeuchi, A., Takano, H., Uesugi, K., Oka, T., Inoue, K.
    • 雑誌名

      Review of Scientific Instruments 75

      ページ: 1155-1157

  • [雑誌論文] Picometer-scale dynamical observations of individual membrane proteins : the case of bacteriorhodopsin.2004

    • 著者名/発表者名
      Okumura, Y., Oka, T., Kataoka, M., Taniguchi, Y., Sasaki, Y.C.
    • 雑誌名

      Physical Review E 70

      ページ: 021917/1-021917/7

  • [雑誌論文] Microsecond Time-resolved Diffraction and Scattering Measurements System Using Semi-monochromatic X-ray Pulse at SPring-8 BL40XU.2004

    • 著者名/発表者名
      Oka, T., Inoue, K., Yagi, N.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 8-th International Conference on Synchrotron Radiation Instrumentation

      ページ: 1197-1200

  • [雑誌論文] 30年後の放射光生命科学実験に期待すること-生きた細胞を原子分解能でリアルタイムに観察する2004

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 雑誌名

      日本放射光学会誌"放射光" 17

      ページ: 268

  • [図書] タンパク質の結晶化(坂部ら編)第9章 結晶を冷却する2005

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 出版者
      京都大学出版会(印刷中)
  • [図書] "Light Sensing in Plants" Tertiary and Quaternary Structures of Phytochrome A.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakasako, M., Tokutomi, S.
    • 出版者
      Springer Verlag(印刷中)

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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